Gli esperti e le risorse del SIB stanno partecipando allo sforzo globale volto a sviluppare servizi dedicati ai dati, strumenti di analisi, offerte formative e a migliorare la condivisione delle conoscenze per combattere la pandemia di COVID-19. Queste risorse sono accessibili anche da Expasy, il portale svizzero di risorse bioinformatiche.
Servizi dati dedicati
- Cellosaurus - Pagina informativa aggiornata frequentemente sulle linee cellulari utili per lo studio del SARS-CoV-2, fornita da: CALIPHO Group
- Corona OMA Browser - Sito web con tutte le funzionalità dell'OMA Browser, ma per 119 specie di Nidovirales, inclusi i virus SARS umani, ma anche altri coronavirus e altri virus a RNA a singolo filamento, fornito da: Laboratorio di Biologia Evolutiva Computazionale
- COVID-19 Integrated Knowledgebase - Endpoint SPARQL che fornisce l'accesso a dati integrati provenienti da varie fonti rilevanti per la ricerca sul SARS-CoV-2, fornito da: Swiss-Prot Group
- Set di dati bibliografici COVID - Corpus bibliografico annotato automaticamente relativo al COVID-19, fornito da: Gruppo BioMeXT
- Set di dati sui social media relativi al COVID - Set di dati sulle conversazioni su Twitter con classificazione automatizzata, fornito da: Gruppo BioMeXT
- Archivio di letteratura clinicamente rilevante sul COVID - Lo scopo principale di questa risorsa è semplificare l'accesso alla letteratura sul COVID-19 per i professionisti del settore medico nel mondo di lingua spagnola, fornito da: BioMeXT Group
- CovidTriage - un motore di ricerca sviluppato nell'ambito di SIBiLS per classificare la letteratura sul COVID-19 (Medline, PMC, Cord-19) secondo i 9 assi dell'ontologia COVoc, fornito da: Gruppo Text Mining
- COVoc - Vocabolario controllato a supporto della selezione della letteratura sul COVID-19, fornito da: Text Mining Group
- GlyConnect - Informazioni sulla glicosilazione della proteina spike del COVID-19 prodotta da proteine ricombinanti (qui e qui | guarda il corso), fornito da: Proteome Informatics Group
- HAMAP - Profili di famiglia e regole di annotazione per il rilevamento e l'annotazione dei betacoronavirus, fornito da: Swiss-Prot Group
- neXtProt - Informazioni sulle proteine umane che si legano al SARS-CoV-2 (qui e qui), fornite da: CALIPHO Group
- PROSITE - Profili e modelli per il rilevamento e l'annotazione delle proteine SARS-CoV-2 e dei loro omologhi (JA Sigrist C et al. Antiviral Research 2020), forniti da: Swiss-Prot Group
- SIBiLS/COVoc - Servizi di ricerca e text mining a supporto della selezione della letteratura relativa ai contenuti correlati al coronavirus, forniti da: Gruppo Text Mining
- SWISS-MODEL - Modelli di omologia tridimensionali e collegamenti a strutture sperimentali in PDB per le proteine SARS-CoV-2 (aggiornati settimanalmente - per saperne di più), forniti da: Gruppo di biologia strutturale computazionale
- UniProtKB/Swiss-Prot - Conoscenza delle sequenze proteiche SARS-CoV-2 e del loro funzionamento in una versione speciale anticipata, fornita da: Swiss-Prot Group
- ViralZone - Approfondimenti biologici, compreso un confronto dettagliato con il genoma del virus SARS e collegamenti incrociati a risorse complementari (guarda il corso), forniti da: Gruppo Swiss-Prot
Strumenti di analisi dedicati
- BEAST2: Utilizzo di EpiEstim per quantificare le dinamiche epidemiologiche in tempo reale sulla base dei genomi virali e dei dati relativi ai casi confermati, fornito da: Computational Evolution Group
- Covid-19 Scenarios - Strumento di pianificazione della sanità pubblica per le epidemie di COVID-19 nelle comunità di tutto il mondo, fornito da: Microbial Evolution Group
- covSPECTRUM - Piattaforma interattiva che mira ad aiutare gli scienziati a studiare e identificare le varianti del SARS-CoV-2, fornita da: Microbial Evolution Group
- ISMARA - Risultati sintetici della risposta dell'espressione genica all'infezione da SARS-CoV-2, forniti da: Genome Systems Biology Group
- Nextstrain - Monitoraggio in tempo reale dell'evoluzione del genoma del coronavirus e rapporti periodici, fornito da: Gruppo Microbial Evolution
- OGER web API - API per l'annotazione automatica di testi, compreso il vocabolario specifico per il COVID, fornita da: Gruppo BioMeXT
- STRING - Nuova versione orientata al COVID-19 che consente agli utenti di esplorare il lato ospite della malattia, mantenendo l'attenzione sulle proteine umane che interagiscono con il COVID-19, fornita da: Gruppo di bioinformatica/biologia dei sistemi
- SPSP Swiss Pathogen Surveillance Platform - Piattaforma collaborativa e sicura che centralizza tutte le sequenze SARS-CoV-2 in Svizzera e le invia a ENA e GISAID (per saperne di più), fornita da: Clinical Bioinformatics Group
- V-pipe - Rilevamento della variazione genetica del SARS-CoV-2 all'interno dell'ospite dai dati NGS virali, fornito da: Gruppo di biologia computazionale
Iniziativa di raccolta dati
Covid19Survey - Raccolta di dati sulla popolazione nazionale relativi ai sintomi correlati al COVID-19, forniti da: Gruppo di Informatica Biomedica
E altro ancora...
- Database ABCD - Sequenze di anticorpi che si legano al SARS-CoV-2 e alle proteine dell'ospite, fornite da: Geneva Antibody Facility (UNIGE) con il supporto dello Swiss-Prot Group
- SwissDrugDesign - Ampia raccolta di strumenti basati sul web a supporto di tutti gli aspetti della progettazione di farmaci assistita da computer (CADD) e che possono essere utilizzati per affrontare il COVID-19, forniti da: Molecular Modeling Group
Ulteriori informazioni sono disponibili sulla pagina web dedicata di ELIXIR
