Il SIB fornisce supporto specialistico nella gestione dei dati di ricerca a livello internazionale grazie a varie collaborazioni europee su larga scala che coinvolgono istituzioni accademiche e l'industria, guidate in particolare dal gruppo Vital-IT – Computational biology. Questi progetti affrontano importanti questioni di salute pubblica come il diabete, l'obesità, il cancro o le malattie reumatiche. Il nostro ruolo spazia dall'attività di Data Coordination Centre allo sviluppo di soluzioni innovative per sfruttare i dati sensibili e promuovere l'adozione dei principi FAIR.
Un attore chiave per i grandi partenariati pubblico-privati europei che affrontano importanti questioni di salute pubblica
In qualità di Data Coordination Centre o fornitore di competenze bioinformatiche all'avanguardia (ad esempio analisi integrativa dei dati, sviluppo di database e web), il SIB è un attore chiave in una dozzina di grandi progetti europei che mirano a sfruttare la potenza dei big data per combattere i problemi di salute pubblica. Esplora alcuni di essi qui sotto e scopri quali competenze offriamo in ciascuno di essi.
Il SIB è leader o partecipa a oltre
10
Progetti europei, che abbracciano
20
paesi e ciascuno comprende circa
20
istituzioni pubbliche e
5
aziende farmaceutiche
Cancro
IMMUcan
Tipo: Iniziativa sui medicinali innovativi, programma Horizon 2020 dell'Unione europea
Obiettivo: Comprendere l'interazione tra sistema immunitario e tumori e l'impatto degli interventi terapeutici
Il nostro ruolo: Sistema di gestione delle conoscenze; pipeline di elaborazione dei dati per il sequenziamento dell'esoma; analisi integrativa delle omiche
Tra le aziende coinvolte:
- MERCK
- ABBVIE INC
- BAYER
- ELI LILLY
- GLAXOSMITHKLINE
- JANSSEN PHARMACEUTICA NV
- SANOFI-AVENTIS RECHERCHE & DEVELOPPEMENT
Malattie cardiovascolari
iCARE4CVD
Tipo: Iniziativa sui farmaci innovativi
Obiettivo: Comprendere meglio le malattie cardiovascolari e personalizzarne la prevenzione e il trattamento futuri
Il nostro ruolo: contribuire con la nostra esperienza nella gestione e armonizzazione dei dati per creare database federati e consentire l'analisi supportata dall'intelligenza artificiale di più coorti.
Tra le aziende coinvolte:
- Novo Nordisk
- Astra Zeneca
- Lilly
- Catalyze
- IMEC
- DECENTRIQ
- Huawei
- Philips
- Human Technopole
Diabete e complicanze
BEAt-DKD
Tipo: Iniziativa sui medicinali innovativi, programma Horizon 2020 dell'Unione Europea
Obiettivo: fornire una visione olistica della medicina sistemica della patogenesi della malattia renale diabetica (DKD), per identificare i meccanismi e i percorsi bersagliabili alla base dell'insorgenza e della progressione della malattia, applicando una nuova sottoclassificazione del diabete. Identificare e convalidare i biomarcatori della progressione della malattia e delle risposte al trattamento, che rappresentano i primi passi verso la medicina di precisione nella gestione della DKD.
Il nostro ruolo: coordinamento delle attività di bioinformatica; creazione di una banca dati federata per l'analisi remota dei dati; analisi dei dati -omici
Tra le aziende coinvolte:
- ASTELLAS PHARMA EUROPE BV
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- Bayer Pharma AG
- NOVO NORDISK A/S
- BOEHRINGER INGELHEIM INTERNATIONAL GMBH
CARDIATEAM
Tipo: Iniziativa sui medicinali innovativi, programma Horizon 2020 dell'Unione Europea
Obiettivo: valutare l'unicità della cardiomiopatia diabetica rispetto ad altre forme di insufficienza cardiaca utilizzando approcci di mappatura fenotipica imparziali
Il nostro ruolo: Centro di coordinamento dei dati, integrazione multi-omica, analisi statistica
Tra le aziende coinvolte:
- BAYER AKTIENGESELLSCHAFT
Hypo-RESOLVE
Tipo: Iniziativa sui medicinali innovativi, programma Horizon 2020 dell'Unione europea
Obiettivo: studiare l'ipoglicemia e il suo impatto sul diabete
Il nostro ruolo: integrazione dei dati e armonizzazione dei dati clinici di 96 studi clinici; creazione di un database sicuro e di un server di analisi remoto
Tra le aziende coinvolte:
- NOVO NORDISK A/S
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- ABBOTT DIABETES CARE
- MEDTRONIC INTERNATIONAL TRADING SARL
RHU QUID-NASH
Tipo: Ricerca ospedaliero-universitaria (Francia)
Obiettivo: Sviluppare una biopsia epatica virtuale (non invasiva) per la diagnosi e la stadiazione della steatoepatite non alcolica (NASH) in pazienti con diabete di tipo 2
Il nostro ruolo: Centro di coordinamento dati; integrazione multiomica
RHAPSODY
Tipo: Iniziativa sui medicinali innovativi, programma Horizon 2020 dell'Unione europea
Descrizione: Utilizzo di approcci di medicina di precisione che tengono conto delle caratteristiche biologiche del paziente per ottimizzare la prevenzione e il trattamento del diabete di tipo 2.
Il nostro ruolo: creazione di una banca dati federata per l'analisi remota dei dati; analisi dei dati multiomici; scoperta di biomarcatori
Tra le aziende coinvolte:
- INSTITUT DE RECHERCHES SERVIER
- JANSSEN PHARMACEUTICA NV
- NOVO NORDISK A/S
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
Obesità
OBELISCO
Tipo: Azionidi ricerca e innovazione
Obiettivo: Migliorare la nostra comprensione dei meccanismi molecolari attraverso i quali i fattori causali interagiscono per determinare (o prevenire) il passaggio dal peso normale all'obesità durante l'infanzia.
Il nostro ruolo: Creazione di una banca dati federata di coorti di obesità infantile ed esecuzione di analisi multi-omiche integrative per il raggruppamento dei pazienti e l'individuazione di biomarcatori
SOPHIA
- Tipo: Iniziativa sui medicinali innovativi, programma Horizon 2020 dell'Unione europea
Obiettivo: consentire agli operatori sanitari di prevedere in modo affidabile le complicanze dell'obesità e chi risponderà al trattamento
Il nostro ruolo: creazione di una banca dati federata per l'analisi remota dei dati
Tra le aziende coinvolte:
- NOVO NORDISK A/S
- BOEHRINGER INGELHEIM INTERNATIONAL GMBH
- MEDTRONIC INTERNATIONAL TRADING SARL
- ELI LILLY AND COMPANY LTD
- PFIZER LIMITED
Malattie reumatiche
ENDOTARGET
Tipo: Horizon Europe dell'Unione Europea
Obiettivo: Individuare biomarcatori e nuovi bersagli terapeutici per l'artrite
Il nostro ruolo: gestione dei dati FAIR; armonizzazione dei dati clinici; analisi del microbioma
IPOCRETE
Tipo: Iniziativa sui medicinali innovativi, programma Horizon 2020 dell'Unione Europea
Obiettivo: fornire una base di conoscenze sostenibile e una risorsa di campioni biologici per accelerare la ricerca futura e lo sviluppo di strategie terapeutiche personalizzate innovative nell'artrite psoriasica.
Il nostro ruolo: armonizzazione e integrazione dei dati clinici e omici; creazione di un ambiente sicuro per il data mining e l'analisi remota
Tra le aziende coinvolte:
- NEOTERYX LIMITED
- NOVARTIS PHARMA AG
- UCB BIOPHARMA
- BRISTOL-MYERS SQUIBB COMPANY CORP
- PFIZER LIMITED
Soluzioni innovative per la gestione dei dati sensibili ai sensi del GDPR
Basandosi sulla tecnologia open source, il SIB ha implementato e ulteriormente sviluppato sistemi di analisi federati nell'ambito di tre importanti progetti europei (Innovative Medicines Initiative - IMI) nei campi della ricerca sul diabete (RHAPSODY e BEAt-DKD) e dell'obesità (SOPHIA).
La particolarità di questi sistemi è che consentono di effettuare analisi statistiche e apprendimento automatico a distanza su diverse banche dati cliniche collegate in rete ma non condivise, in modo da mantenerne la riservatezza.
Nell'ambito di questi progetti, il SIB ha collaborato con partner accademici e industriali per creare tre sistemi che collegano più di 30 studi clinici.
Un esempio di analisi federata applicata alla ricerca sul diabete:
Unire le forze per garantire che i dati delle scienze della vita siano FAIR
Il SIB contribuisce attivamente al progetto europeo Progetto IMI FAIRPlus, che fornisce linee guida e strumenti per garantire facilmente che i dati delle scienze della vita siano FAIR (reperibili, accessibili, interoperabili e riutilizzabili). Il nostro ruolo in questo contesto è quello di contribuire alla valutazione e alla definizione delle priorità dei set di dati IMI per la FAIRificazione e alle linee guida e raccomandazioni FAIR. Come per tutti gli IMI, il progetto riunisce partner del mondo accademico, delle PMI e delle aziende farmaceutiche (ad esempio AstraZaneca AB, Eli Lilly and Company Ltd., Novartis Pharma AG) per consentire una più ampia adozione delle migliori pratiche nella gestione dei dati delle scienze della vita.
Il lavoro svolto nell'ambito di questo progetto va a beneficio dell'intera comunità delle scienze della vita e contribuisce a massimizzare gli investimenti pubblici nella ricerca.
Per saperne di più sul nostro coinvolgimento in FAIRplus
Il SIB è anche partner di Progetto ELIXIR Converge , collaborando con altri gestori di dati e formatori in tutta Europa per fornire strumenti e formazione per la gestione dei dati nelle scienze della vita.
Scopri come il SIB contribuisce all'apertura dei dati di ricerca
Crediti immagine banner: Christian Lue su Unsplash