Dopo aver creato l'hub svizzero dei dati SARS-CoV-2, il SIB sta ora co-guidando un progetto internazionale volto a facilitare la condivisione aperta delle sequenze genomiche virali in altri paesi. Attraverso il SIB, la Svizzera condividerà così la sua esperienza nella creazione e nell'utilizzo di una piattaforma genomica virale nazionale. L'iniziativa riunisce circa 20 paesi in tutta Europa, oltre al Sudafrica. L'obiettivo di questo pacchetto di lavoro è quello di sfruttare i genomi virali provenienti dalle attività di sequenziamento nazionali in Europa e oltre, e convertirli in risorse dati aperti. Ciò contribuirà a sua volta a migliorare l'efficienza della ricerca sul COVID-19, la sorveglianza delle varianti e la preparazione generale alla pandemia.
La necessità di hub nazionali dei dati relativi al SARS-CoV-2
Dai laboratori (accademici e privati) alle relazioni sulla salute pubblica o alle banche dati ad accesso libero, le sequenze del SARS-CoV-2 seguono spesso un percorso accidentato, a seconda delle infrastrutture disponibili. Gli hub nazionali dei dati SARS-CoV-2 consentono di elaborare sistematicamente le sequenze virali grezze e i genomi assemblati, di condividerli apertamente e di esaminare le varianti in un ampio ecosistema di strumenti di visualizzazione e analisi filogenetica. Questi hub fungono quindi da acceleratori per le istituzioni sanitarie pubbliche e per la ricerca globale, alimentando archivi internazionali aperti di sequenze.
Portare l'esperienza svizzera
Oggi la Svizzera è uno dei paesi più avanzati in termini di coordinamento nazionale delle sequenze SARS-CoV-2. Si avvale di un'infrastruttura del SIB, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP.ch), per centralizzare tutte le sequenze raccolte nel paese e inviarle all'European Nucleotide Archive (ENA) e al GISAID. sulla base dell'esperienza acquisita con l'hub dei dati svizzero SARS-CoV-2, il nostro obiettivo è ora quello di migliorare il coordinamento tra gli hub dei dati nazionali esistenti e di contribuire alla loro creazione in altri paesi afferma Aitana Lebrand del SIB, responsabile della SPSP e co-responsabile del Work Package 9 di ELIXIR CONVERGE (vedi sotto) insieme al suo collega Nils P. Willassen dell'Università di Tromsø, Norvegia.
Informazioni su ELIXIR CONVERGE
ELIXIR CONVERGE è un progetto finanziato dalla Commissione Europea per aiutare a standardizzare la gestione dei dati nel campo delle scienze della vita in tutta Europa. Per raggiungere questo obiettivo, il progetto svilupperà un kit di strumenti per la gestione dei dati destinato agli scienziati che operano nel campo delle scienze della vita. Il kit contribuirà a garantire che un maggior numero di dati di ricerca sia di dominio pubblico, consentendo agli scienziati di accedere a una maggiore quantità di dati. Ciò consentirà loro di acquisire nuove conoscenze sulle sfide che la società deve affrontare, come la sicurezza alimentare e la salute nella terza età, e contribuirà a stimolare l'innovazione nel campo della biomedicina e delle biotecnologie. Il SIB co-dirige due pacchetti di lavoro nell'ambito di ELIXIR CONVERGE: quello presentato qui e quello relativo alle attività di formazione. per saperne di più
Una rete coordinata di hub dei dati SARS-CoV-2
Nell'ambito del progetto WP9, un compito specifico guidato da Il SIB consiste nel trasformare i dati genomici SARS-CoV-2 raccolti in tutta Europa in preziose risorse dati aperti, attraverso la creazione di una rete di hub dei dati SARS-CoV-2 (vedi sopra). A tal fine, i responsabili delle risorse incaricati degli hub dei dati regionali e nazionali nascenti o già consolidati saranno riuniti per condividere competenze, strumenti e migliori pratiche.
Parallelamente, software e strumenti di annotazione consolidati, come quelli alla base della piattaforma svizzera di sorveglianza dei patogeni, saranno resi disponibili per un ampio utilizzo in tutti gli Stati membri dell'Unione europea. Saranno forniti Training e sviluppo delle capacità ai paesi e agli istituti che stanno attualmente intensificando rapidamente i loro sforzi.
Essere meglio preparati per future pandemie
Il progetto affronterà anche altri aspetti essenziali per garantire un coordinamento ottimale tra i paesi nella lotta contro il COVID-19 e oltre: la creazione di un vocabolario controllato per denominare le future varianti e i futuri lignaggi; il rafforzamento dell'adozione dei processi per caricare i dati sul portale europeo dei dati sul COVID-19; lo sviluppo di strumenti di analisi delle varianti e lo sviluppo di capacità, ecc. L'infrastruttura così sviluppata consentirà di essere preparati ad affrontare qualsiasi altra malattia infettiva e pandemia.
