Oggi, la variante delta del virus domina il panorama svizzero. Ciò è possibile solo grazie a uno sforzo di sequenziamento senza precedenti. Al centro del processo, un'infrastruttura nazionale, co-guidata dal SIB Istituto Svizzero di Bioinformatica, centralizza ora tutte le sequenze genetiche del virus raccolte in Svizzera. Da un lato, fornisce all'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) una panoramica automatizzata della distribuzione e dell'emergere delle varianti in tutto il paese. D'altro canto, consente la condivisione rapida e massiccia delle sequenze svizzere con le banche dati internazionali. Ciò colloca la Svizzera tra i maggiori contributori di sequenze SARS-CoV-2 a livello mondiale, accelerando così la ricerca di vaccini e trattamenti.
Informazioni sulla Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP)
SPSP.ch è una piattaforma collaborativa che segue l'approccio One Health, ovvero multidisciplinare e finalizzata, tra le altre cose, a ottimizzare i risultati in materia di salute umana. È gestita congiuntamente da Il SIB in collaborazione con gli ospedali universitari di Basilea, Losanna e Ginevra, nonché con le università di Berna e Zurigo (vedi l'elenco completo dei partner che contribuiscono con i propri dati). È ospitata sull'infrastruttura informatica sicura di Il SIB ed è conforme agli standard di sicurezza dei dati della Swiss Personalised Health Network (SPHN).
La necessità di un monitoraggio coordinato delle varianti a livello nazionale
Alpha ieri, Delta oggi e forse Mu domani: la Svizzera è all'erta per individuare la comparsa di nuove varianti e le loro catene di trasmissione. Il sequenziamento del genoma del virus consente di determinare, a partire da un test PCR positivo, l'identità della variante in questione e il suo profilo genetico completo. Solo nell'agosto 2021, più di 5600 sequenze sono state analizzate da oltre dieci laboratori accademici o privati in tutta la Svizzera. Ma questi dati hanno senso solo se vengono messi in relazione tra loro il più rapidamente possibile: da qui l'esigenza fondamentale di coordinamento e standardizzazione.
È qui che entra in gioco un'infrastruttura collaborativa e sicura co-gestita dal SIB. Il suo nome? Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP). Il suo ruolo? Centralizzare, armonizzare e annotare le sequenze genomiche del SARS-CoV-2 provenienti dai laboratori svizzeri, nonché i dati che le accompagnano (data del test PCR, metodo di campionamento, motivo del sequenziamento, macchina utilizzata, luogo del test, sesso ed età del paziente). Il suo obiettivo? Supportare la strategia nazionale di sorveglianza genomica condotta congiuntamente dal Centro nazionale di riferimento per le infezioni virali emergenti (CRIVE) e dall'UFSP. La piattaforma consente alle autorità di beneficiare di una visione globale e automatizzata del sequenziamento in Svizzera e alimenta le banche dati internazionali utilizzate per la ricerca sul virus.
finora, le sequenze che abbiamo ricevuto provengono da quasi tutti i cantoni svizzeri: questa è un'ottima notizia, perché significa che è improbabile che nuove varianti sfuggano al controllo», spiega Aitana Lebrand, Team Lead Data Science presso il SIB e responsabile della piattaforma SPSP.
Accelerare il monitoraggio dell'epidemia in Svizzera
Tre volte alla settimana, la piattaforma invia il suo rapporto di sorveglianza genomica all'UFSP. L'UFSP lo integra nelle sue statistiche e può anche confrontare le informazioni con i dati dei pazienti in suo possesso relativi a ricoveri ospedalieri, vaccinazioni, sintomi al momento del test, ecc. Ciò potrebbe consentire di identificare che una mutazione tra tutte quelle osservate sembra essere collegata a una maggiore patogenicità o a una maggiore resistenza ai vaccini.
«Grazie alla piattaforma di sorveglianza sviluppata da Il SIB, possiamo accedere a una banca dati centralizzata e standardizzata attraverso un unico punto di accesso, invece di ricevere rapporti da ciascun laboratorio in formati diversi», spiega Mirjam Mäusezahl, codirettrice della sezione epidemiologia dell'UFSP. «Per noi questo rappresenta un enorme risparmio di tempo, oltre a una maggiore granularità nell'analisi dei dati di sequenziamento. Ci permette di concentrare i nostri sforzi sull'adeguamento delle politiche di salute pubblica. »
Promuovere la ricerca internazionale facilitando la scienza aperta
Grazie al finanziamento della Segreteria di Stato per la formazione, la ricerca e l'innovazione (SEFRI), la piattaforma SPSP trasmette anche sequenze virali completamente anonimizzate a piattaforme scientifiche aperte, come il portale europeo COVID-19, per promuovere la ricerca internazionale. Grazie a questi sforzi, la Svizzera occupa attualmente il quarto posto in termini di numero di sequenze SARS-CoV-2 condivise, dopo il Regno Unito, gli Stati Uniti e la Germania. Queste banche dati pubbliche sono fondamentali per studiare e comprendere il ruolo delle variazioni osservate sulla patogenicità del virus, le sue interazioni con le cellule ospiti al momento dell'infezione e per lo sviluppo di vaccini e trattamenti
Qual è il prossimo passo? Una domanda nazionale SPSP, oltre il COVID-19
Questa collaborazione con l'UFSP nel contesto dell'attuale pandemia è in linea con la missione iniziale della piattaforma il SIB: consentire agli specialisti di identificare rapidamente l'emergere e la diffusione di agenti patogeni e di adottare misure tempestive per contenerne la trasmissione, monitorandoli quasi in tempo reale. Prima che il COVID-19 cambiasse le priorità di ricerca, la SPSP si concentrava specificamente sui batteri multiresistenti. «Nell'era del sequenziamento, questo strumento soddisfa un'esigenza essenziale dei microbiologi di disporre di un'analisi armonizzata e centralizzata dei profili molecolari degli agenti infettivi su scala nazionale», commenta Adrian Egli, capo del Dipartimento di batteriologia e micologia dell'Ospedale universitario di Basilea e co-responsabile della piattaforma.
«La possibilità di utilizzare SPSP a lungo termine per collegare i dati genomici dei batteri o dei virus emergenti in Svizzera con i dati epidemiologici è promettente per garantire una reattività esemplare del Paese nel campo della salute pubblica», conclude Mirjam Mäusezahl.
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