Des bitcoins aux cellules individuelles, en passant par les données de santé et le big data
Les conférenciers principaux et les exposés sur des thèmes spécifiques ont présenté au public de nouvelles perspectives ainsi que les dernières tendances en matière de bioinformatique dans divers domaines.
L'ADN, le stockage de données, les bitcoins et même James Joyce ne sont que quelques-uns des thèmes abordés par Nick Goldman (EMBL-EBI) dans son discours d'ouverture afin de souligner le rôle omniprésent et crucial que joue la bioinformatique dans la recherche et notre vie quotidienne. Dans une deuxième conférence, Fabian Theis (Institut de biologie computationnelle du Helmholtz Zentrum, Munich) a présenté l'ambitieux projet Human Cell Atlas, qui vise à cartographier chaque cellule du corps humain.
D'autres exposés ont également mis en lumière deux projets spécifiques menés dans le cadre de l'initiative Swiss Personalized Health Network, dont l'objectif est de placer le pays à la pointe de la santé personnalisée. Manfred Claassen (ETHZ), chef de groupe au SIB, a présenté le projet PRECISE, qui vise à identifier des biomarqueurs et des cibles thérapeutiques dans l'immunothérapie des maladies inflammatoires, tandis qu'Ernst Hafen (ETHZ) a présenté l'initiative MIDATA, dont l'objectif est de placer les citoyens au cœur du partage des données de santé personnelles en leur donnant un contrôle direct sur leurs données.
Enfin, lors de la dernière conférence thématique de la conférence, Christophe Dessimoz, responsable du groupe SIB, a abordé les quatre principaux défis du big data (volume, variété, vélocité et véracité) en termes d'orthologie et les dernières avancées dans ce domaine.
Pleins feux sur les lauréats des SIB Awards 2018
Parmi les dix jeunes chercheurs sélectionnés pour présenter leurs travaux devant un jury, Emma Ricart, doctorante au sein du groupe Proteome Informatics à Genève (responsable du groupe : Frédérique Lisacek), Adithi Varadarajan, également doctorante au groupe de bioinformatique et protéogénomique à Wädenswil (responsable du groupe : Christian Ahrens), ont toutes deux remporté le prix du meilleur exposé éclair.
Le prix du meilleur poster a été décerné à David Dylus, du groupe de génomique comparative de Lausanne (responsable du groupe : Christophe Dessimoz).
Voici quelques informations supplémentaires sur leurs recherches et sur eux-mêmes :
- Quelle était la recherche que vous avez présentée ?
Emma Ricart: J'ai présenté les outils que j'ai développés pendant mon doctorat pour étudier les peptides non ribosomaux. NRPro est un outil utilisé pour analyser la spectrométrie de masse en tandem de ces composés, et Bionotator a été développé pour convertir une structure chimique donnée en une représentation monomérique de la molécule.
Adithi Varadarajan: Au cours de mon exposé, j'ai présenté ma thèse en protéogénomique computationnelle, qui poursuit deux objectifs : 1) développer une base de données protéogénomique intégrée couvrant l'ensemble du potentiel de codage protéique d'un génome procaryote, et 2) la mettre à disposition sous forme de bases de données individuelles téléchargeables pour la communauté des chercheurs en microbiologie.
David Dylus: Mon poster portait sur un nouveau pipeline que nous développons, appelé read2tree. La nouveauté réside dans le fait que nous sautons les étapes traditionnelles d'assemblage, d'annotation des gènes et de prédiction orthologique pour générer directement un ensemble de données basé sur les résultats expérimentaux et un ensemble de données de référence. Dans mon poster, j'ai présenté plusieurs benchmarks montrant que notre pipeline peut fonctionner avec des lectures provenant des trois principales technologies et qu'il produit un arbre presque identique à celui d'un pipeline traditionnel.
- Quel aspect de votre travail appréciez-vous le plus ?
E.R.: L'originalité qui consiste à développer de nouveaux outils à partir de ses propres idées.
A.V. : La possibilité d'utiliser des technologies de pointe et des algorithmes informatiques pour résoudre les mystères encore inexplorés de l'annotation génomique des procaryotes. Et bien sûr, mon équipe de geeks et mes collègues !
D.D. : Le fait de passer mes journées à exercer des activités très variées, allant du codage à la supervision en passant par le développement de projets, et le fait de pouvoir le faire depuis n'importe quel endroit disposant d'une connexion Internet.
- Quand vous n'êtes pas devant votre ordinateur, vous êtes...
E.R. : J'adore le cinéma, donc probablement en train de regarder un film.
A.V. : Je joue au badminton, je cuisine et je vois mes amis.
D.D. : Je sors ou je voyage.
- Un bon souvenir des SIB Days 2018 ?
E.R. : Le magnifique cocktail au bord du lac.
A.V. : J'ai apprécié chaque instant de la conférence, notamment les discussions, les opportunités de réseautage et bien sûr la soirée de gala inoubliable ! Merci au SIB pour cette formidable opportunité.
D.D. : Toutes les discussions que j'ai eues sur la science avec les membres du SIB et, bien sûr, les nombreux souvenirs de la fantastique soirée.
