„Medizinische und biologische Wissenschaften sind heute im Wesentlichen Datenwissenschaften.“

SIB: Sie haben die Abschlussrede der SIB days 2024 zum Thema «Open Science Bioinformatik-Ressourcen für die Präzisionsonkologie» gehalten. Warum haben Sie dieses Thema gewählt?

Obi Griffith: Das ist das Thema meiner Forschung. Es spiegelt mein Interesse an der Anwendung von Open-Science-Ansätzen zur Lösung von Problemen für Krebspatienten und in der Krebsforschung wider. Der Community- oder Open-Science-Ansatz hat gewisse Vorteile, wenn es darum geht, viele kluge Köpfe zu nutzen. Die Menschen sind bereit, ihre Zeit auf verschiedene Weise für akademische Projekte zur Verfügung zu stellen. Dadurch wird der Nutzen der Arbeit maximiert, da sie so frei und weitreichend wie möglich verfügbar ist, sowohl für nicht-kommerzielle als auch für kommerzielle Zwecke.

SIB: Die Bioinformatik spielt in der Onkologie und den medizinischen Wissenschaften eine immer zentralere Rolle. Wie wird sich dieser Bereich Ihrer Meinung nach weiterentwickeln, um sich an dieses neue Paradigma anzupassen?

O.G.: Ich stimme der Aussage zu, dass die Bioinformatik in der medizinischen Forschung und in gewissem Maße sogar in der medizinischen Praxis immer mehr an Bedeutung gewinnt. Das ist schon seit 15 oder 20 Jahren so. Menschen, die nicht in der Bioinformatik tätig sind, sind davon manchmal überrascht. Die Probleme werden immer komplexer, und damit steigt auch der Bedarf an bioinformatischer Unterstützung. Das Training von Bioinformatik-Kenntnissen wird immer selbstverständlicher und breitet sich auch auf andere Disziplinen aus.

Selbst jetzt, als Professor, sehe ich junge Studenten, die mit einem Hintergrund in Informatik an die medizinische Fakultät kommen, Programmieren lernen oder sich in Bioinformatik kompetent machen, weil sie verstehen, dass Medizin und Biowissenschaften heute eigentlich Datenwissenschaften sind.

Wenn man in diesen Disziplinen effektiv arbeiten will, muss man den datenwissenschaftlichen Teil verstehen. Man muss selbst über gewisse Kompetenzen in Bioinformatik verfügen und sich nicht nur auf andere verlassen, die diesen Teil für einen übernehmen.

SIB: Glauben Sie, dass die steigende Nachfrage nach personalisierter Medizin den Bedarf an Datenwissenschaften im Allgemeinen erhöht?

O.G.: Auf jeden Fall . Personalisierte Medizin ist ein Begriff für maßgeschneiderte oder individuell angepasste Medizin. Alles, was maßgeschneidert ist, ist komplexer. Stellen Sie sich vor, es gäbe eine große Bewegung in der Gesellschaft hin zu maßgeschneiderter Kleidung. Heute werden alle Konsumgüter in Massenproduktion hergestellt, aber früher hat man sich alles maßschneidern lassen. In vielerlei Hinsicht war das besser: bessere Kleidung, bessere Passform usw. Kleidung fürs Leben, die man speziell für sich anfertigen ließ und vielleicht im Laufe der Zeit reparieren ließ. Aber natürlich war das viel teurer.

Die Präzisionsmedizin ist ähnlich, was großartig ist, außer dass wir hochqualifizierte Schneider, Werkzeuge und Fähigkeiten benötigen, die es vielleicht sonst nicht gibt. Das macht das Problem größer, weil diese Dinge schwer zu automatisieren sind. Natürlich arbeiten wir auch daran, die Präzisionsmedizin so zu skalieren, dass sie in einer eher "produktionsähnlichen" Weise automatisiert werden kann.

SIB: Sie haben am Nachmittag unsere Posterausstellung besucht. Ist Ihnen etwas besonders aufgefallen?

O.G.: Ich hatte einige interessante Gespräche an den Postern. Ich habe mit einer SIB-Wissenschaftlerin gesprochen, die sich mit einer Untergruppe von Darmkrebserkrankungen befasst, die mikrosatellitenstabile Tumoren, aber eine hohe Tumor-Mutationslast aufweisen. Sie identifizierte diese spezifische Untergruppe von Darmkrebs, die von Immuntherapien profitieren könnte. Zufällig verwendete sie ein Tool aus unserem Labor, was mich sehr gefreut hat: Sie hatte es auf eine neue Art und Weise implementiert, um es für Nutzer einer bestimmten Art von Pipeline einfacher zu machen – etwas, was wir schon lange vorhatten, aber noch nicht umgesetzt hatten. Ich habe sie gebeten, sich mit uns in Verbindung zu setzen, damit wir uns austauschen können und vielleicht ihre Implementierung unseres Tools so nutzen können, wie sie es eingerichtet hat.

Ich habe auch über einige Trainingsinitiativen gesprochen, die über das SIB stattfinden. Ich interessiere mich sehr für das Thema Ausbildung und Training in der Bioinformatik, beispielsweise wie man Workshops oder Online-Trainings am effektivsten gestaltet. Ich habe einige Notizen zu den Tools und Modulen erhalten, die sie für die Zusammenstellung von Online-Trainingsmaterialien verwenden.

SIB: Ihr Labor verwendet computergestützte Methoden zur Analyse großer Datensätze, um Marker für die Diagnose und Vorhersage des Ansprechens auf Medikamente bei Krebs zu identifizieren. Halten Sie in diesem Bereich mehr internationale Anstrengungen für erforderlich?

O.G.: Es gibt bereits viel internationale Zusammenarbeit, aber es könnte sicherlich noch mehr sein. Manchmal wiederholen wir in verschiedenen Teilen der Welt die Arbeit anderer: Eine Gruppe in Amerika entwickelt beispielsweise einen Standard, während gleichzeitig eine Gruppe in Europa einen Standard entwickelt, der dasselbe Ziel verfolgt und manchmal fast die gleiche Lösung bietet. Und dann versucht jede Gruppe, die Einführung dieses Standards durchzusetzen. Es wäre wahrscheinlich effizienter, bei solchen Dingen zusammenzuarbeiten.

SIB: Und die Zusammenarbeit mit SIB? Wie sehen Sie SIB von der anderen Seite des Atlantiks aus?

O.G.: Natürlich. Wir haben bereits mit Mitarbeitern von SIB zusammengearbeitet. Das ist eine Hochburg der Bioinformatik. Die SIB ist sehr bekannt für bestimmte Ressourcen wie UniProt usw., aber auch, weil sie eine der am besten organisierten Einrichtungen für Bioinformatiker ist. In Amerika gibt es insgesamt wahrscheinlich mehr Bioinformatiker. Aber es gibt keine Organisation wie die SIB, die die Bemühungen für Training und Forschung im gesamten Bereich der Bioinformatik landesweit koordiniert.