Vous recherchez une base de données de réactions chimiques annotée par des experts ? Un outil d'interaction protéique pour explorer le côté hôte du COVID-19 ? Explorer les 160 bases de données et outils logiciels développés par les groupes SIB n'a jamais été aussi facile. Créé en 1993, Expasy, le portail de ressources bioinformatiques du SIB, est désormais disponible dans une nouvelle version, après une refonte majeure. Il comprend des outils qui prennent en charge un large éventail de domaines des sciences de la vie et de la recherche clinique. Ajoutez Expasy à vos favoris pour avoir vos outils bioinformatiques préférés à portée de main, et poursuivez votre lecture pour en savoir plus sur ses fonctionnalités.
L'Institut et ses ressources
Le SIB joue un rôle fondamental dans le soutien aux ressources bioinformatiques, depuis leur transformation de projet de recherche en infrastructure mature et durable.
Plus de 160 bases de données et outils logiciels développés par les 80 groupes du SIB et hébergés sur Expasy vont des logiciels d'analyse de données de séquençage approfondi aux bases de données de connaissances biologiques sur les virus, y compris le Sars-CoV-2.
Parmi celles-ci, plusieurs ressources clés ont été identifiées, à l'issue d'une évaluation rigoureuse menée par un Comité consultatif scientifique externe, comme étant d'une importance cruciale pour la communauté mondiale des sciences de la vie. Ces « ressources SIB » bénéficient ainsi du soutien étendu et spécifique de l'Institut à différents niveaux, notamment en matière d'études et de conception de l'expérience utilisateur, d'hébergement, de partage des meilleures pratiques et des connaissances, d'audit de sécurité, de formation des utilisateurs, de conseil en matière de licences et de questions juridiques, de mentorat et de financement. Parmi celles-ci, UniProtKB/Swiss-Prot et STRING ont été identifiées comme ELIXIR Core Data Resources, une reconnaissance de leur importance pour la communauté scientifique au niveau européen.
Les principales fonctionnalités d'Expasy en bref
- Un outil de découverte reliant plus de 160 bases de données et logiciels bioinformatiques suisses, parmi lesquels des ressources de premier plan particulièrement importantes pour la communauté des sciences de la vie (voir encadré), qui soutient vos recherches dans les domaines suivants : génomique, protéomique, biologie structurale, évolution, biologie des systèmes et exploration de textes. Les informations contextuelles vous permettront de :
- Évaluer ce que vous pouvez faire avec cette ressource : connaître les opérations typiques associées à une ressource spécifique (par exemple, analyse d'enrichissement, modélisation moléculaire)
- Trouver des ressources connexes qui pourraient également vous aider à répondre à votre question de recherche.
- Un moteur de recherche/filtrage convivial vous permettant de récupérer de manière transparente, par exemple, des résultats pour des termes spécifiques (par exemple, le gène MSH6) à partir d'un sous-ensemble de ressources, et des informations provenant de l'ensemble mondial de ressources sur un sujet spécifique (par exemple, les glucides)
- Une interface entièrement repensée
Un peu d'histoire
Expasy a été créé en août 1993, à l'aube de l'ère Internet. À l'époque, il s'appelait « ExPASy, the Expert Protein Analysis System », car il était principalement axé sur les protéines. Il s'agissait du premier site web consacré aux sciences de la vie et figurait parmi les 150 tout premiers sites web au monde !
En juin 2011, il est devenu le portail de ressources bioinformatiques SIB ExPASy : un catalogue diversifié de ressources bioinformatiques développées par les groupes SIB.
La version actuelle d'ExpasY a été lancée à la suite d'une vaste étude auprès des utilisateurs et en tenant compte des aspects liés à la conception, à l'expérience utilisateur et à l'architecture.
