« Ce qui me motive, c'est que nous partageons un objectif commun : fournir les connaissances ouvertes les plus précises et les plus récentes pour soutenir la recherche. » Rencontrez Elisabeth Coudert, au SIB depuis 2000, qui dirige l'équipe Annotation Enhancements au sein du groupe Swiss-Prot. D'un travail utile qui consiste à soutenir la communauté internationale de la recherche à des conditions de travail flexibles, découvrez ce qui la motive dans son rôle.
Depuis votre arrivée au SIB jusqu'à votre poste actuel de chef d'équipe Biocuration*, pouvez-vous nous parler brièvement de votre parcours professionnel ?
Après un doctorat dans le domaine de la chimie appliquée à la biologie, j'ai rejoint le groupe Swiss-Prot en 2000, deux ans après la création du SIB. À l'époque, j'étais biocurateur dans le programme d'annotation des protéines procaryotes, que j'ai également dirigé de 2008 à 2018. Depuis 2018, je dirige l'équipe Annotation Enhancements. Notre rôle principal consiste à développer des normes telles que des ontologies (par exemple, des vocabulaires contrôlés) et des outils pour soutenir l'annotation fonctionnelle dans les principales ressources de connaissances. Ces ressources comprennent par exemple UniProtKB, la base de connaissances universelle sur les protéines, et Rhea, une base de données de réactions biochimiques gérée par notre équipe. Les deux ressources du SIB sont reconnues comme ELIXIR Core Data Resources et ont récemment été sélectionnées comme Global Core Biodata Resources.
Par ailleurs, je joue un rôle actif en tant que conservateur et gestionnaire de contenu éditorial, où je m'occupe de l'assurance qualité et me concentre sur l'annotation des enzymes pour UniProtKB/Swiss-Prot et des réactions pour Rhea.
*l'art de générer et de synthétiser des connaissances biologiques lisibles par machine à partir d'un corpus toujours croissant de publications scientifiques
Qu'appréciez-vous dans votre travail de chef d'équipe en biocuration au sein du groupe Swiss-Prot ?
J'apprécie le travail d'équipe entre les curateurs et les développeurs : rien ne serait possible sans la collaboration de chacun. J'aime également le fait que l'expertise et les compétences de chacun soient mises à profit pour construire un savoir universel accessible gratuitement à la communauté scientifique.
Ce qui me motive au quotidien, c'est que nous partageons un objectif commun : fournir les connaissances ouvertes les plus précises et les plus récentes pour soutenir la recherche. Cela permet un véritable esprit d'équipe et un soutien mutuel.
En tant que chef d'équipe, je veille à ce que chacun apporte sa contribution de la meilleure façon possible.
Avez-vous un exemple de projet dont vous êtes particulièrement fier ?
J'ai récemment dirigé la normalisation des annotations relatives aux ligands* biologiquement pertinents dans UniProtKB. Il s'agissait d'un travail colossal qui a consisté à remplacer les descriptions en texte libre des données sur les petites molécules accumulées au cours de décennies de travail de biocuration par des identifiants stables et uniques issus de l'ontologie chimique ChEBI. L'amélioration de l'ensemble de données et des outils créés dans le cadre de ce projet rend UniProtKB encore plus interopérable avec d'autres ressources et ouvre de nouvelles possibilités d'exploitation. Ce travail constitue également une riche source de ligands pour les projets de conception de médicaments et pourrait enrichir les prédictions de structure des protéines basées sur l'IA, telles que celles d'AlphaFold, qui manquent actuellement de ligands essentiels à leur fonctionnement.
Ce travail a donné lieu à une publication en janvier 2023 et a été sélectionné comme l'un des Remarkable Outputs du SIB pour 2022.
*Petit composé chimique qui se lie à une protéine, par exemple pour réguler son activité
Qu'appréciez-vous particulièrement au SIB (c'est-à-dire qu'est-ce qui rend le SIB unique en tant qu'employeur) ?
Travailler au SIB, c'est avoir l'opportunité de travailler dans une organisation reconnue internationalement, qui offre des outils et des services très utiles à la communauté scientifique. C'est motivant ! Cela signifie également travailler dans un environnement flexible et axé sur l'autonomie, ce qui est très apprécié.
