Un outil permettant de réduire les coûts informatiques et humains liés à l'analyse phylogénétique

Read2Tree : Déduire des arbres phylogénétiques à partir de données brutes de séquençage

Les arbres phylogénétiques sont des outils importants pour illustrer les liens génétiques entre différentes espèces. Ils peuvent même révéler l'introduction d'espèces envahissantes dans un écosystème, par exemple. La construction de ces arbres implique généralement divers processus fastidieux. Dans cette conférencein silico, David Dylus présente Read2Tree, un outil qu'il a développé avec ses collègues du groupe SIB dirigé par Christophe Dessimoz et Natasha Glover. Read2Tree permet de déduire rapidement des arbres phylogénétiques directement à partir de données de séquençage brutes, pour un pipeline plus efficace et des économies substantielles en termes de coûts informatiques et de main-d'œuvre. Si vous vous intéressez à la génomique comparative, à la surveillance des agents pathogènes ou à la manière de créer efficacement des arbres phylogénétiques, cette conférence est à ne pas manquer !

À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB

La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.

Intervenants
Name:
David Dylus
Institute:
Université de Lausanne
Group:

David Dylus est chercheur senior au sein de la division Recherche pharmaceutique et développement précoce (pRED) de F. Hoffmann-La Roche Ltd. Après avoir obtenu son doctorat en biologie des systèmes à l'University College London sous la direction de Paola Oliveri, il a poursuivi ses recherches en tant que post-doctorant au sein du groupe SIB de Christophe Dessimoz, au département de biologie computationnelle de l'Université de Lausanne, où il a contribué à ces travaux sur Read2Tree. David s'est ensuite orienté vers l'industrie pharmaceutique, où il a mis à profit ses compétences variées, allant du travail en laboratoire et de l'analyse de données au développement de méthodes et d'outils. Son travail se concentre désormais sur la résistance aux antibiotiques et les maladies auto-immunes, et ses recherches actuelles portent sur l'analyse de données omiques, le développement d'outils et de méthodes, et les graphes de connaissances. David s'intéresse particulièrement à l'amélioration de l'identification des cibles liées aux maladies, dans le but ultime d'avoir un impact positif significatif sur les résultats pour les patients.

Vidéo
Duration:
13 minutes 32 secondes
Licence:

Cette vidéo est disponible sous la licence Creative Commons CC-BY-4.0

Reference(s)

Dylus et al., Déduction d'arbres phylogénétiques directement à partir de lectures brutes de séquençage à l'aide de Read2Tree. Nature Biotechnology 2023.

DOI:
DOI : 10.1038/s41587-023-01753-4

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