Découvrez les systèmes toxine-antitoxine connus et encore non caractérisés dans vos génomes bactériens grâce à cette chaîne de découverte et à cette base de données

TASmania – Une nouvelle ressource pour les microbiologistes

Dans cet « in silico talk », Hatice Akarsu Egger, du SIB, présente une nouvelle destination (informatique) de rêve pour les microbiologistes : TASmania. Cette interface web conviviale compile plus de 2 millions de loci Toxine-Antitoxine (TAS) putatifs provenant de plus de 41 000 assemblages de génomes bactériens et permet aux utilisateurs d'identifier et de découvrir des TAS existants et nouveaux, ainsi que les réseaux associés, dans un génome donné.

À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB

La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.

Intervenants
Name:
Hatice Akarsu Egger
Institute:
Université de Fribourg
Group:

Un outil permet désormais aux microbiologistes de découvrir des TAS annotés à partir d'un ensemble de données de plus de 41 000 assemblages de génomes bactériens, le plus grand à ce jour. Grâce à un modèle de structure TAS sous-jacent plus souple, TASmania récupère également des résultats qui ne sont pas détectés par d'autres outils, qui s'appuient sur des modèles plus contraignants. Dans cet in silico talk, Hatice Akarsu Egger, post-doctorante au SIB dans le groupe Bioinformatique Unraveling de Laurent Falquet à l'Université de Fribourg, propose un bref aperçu des TAS avant de décrire le modèle sous-jacent de TASmania et de fournir des exemples d'utilisation de cette ressource.

Vidéo
Duration:
13 minutes 44 secondes
Licence:

Cette vidéo est disponible sous la licence Creative Commons CC-BY-4.0

Un poison et son antidote, encapsulés dans le génome

Le système toxine-antitoxine ou TAS est l'un des mécanismes fascinants mis au point par la nature pour permettre aux procaryotes de faire face à des situations particulières, telles que le stress. Il s'agit de paires de gènes adjacents, l'un codant pour un « poison » (la toxine), l'autre codant pour l'antidote correspondant (l'antitoxine). Lorsque tout se passe bien, la toxicité est contrebalancée par l'effet de l'antitoxine, mais en cas de stress, la toxine est libérée, entraînant toute une série de conséquences négatives pour la cellule, allant de l'arrêt de la croissance cellulaire au suicide cellulaire. Les TAS interviennent donc dans divers mécanismes, allant du stress nutritionnel à la dynamique des biofilms ou à la résistance aux antibiotiques. Ils présentent donc un intérêt du point de vue de l'évolution, de la clinique et de la biotechnologie.

Reference(s)

Akarsu H et al. TASmania : une base de données sur les systèmes toxine-antitoxine bactériens. PLoS Comput Biol. 2019.

DOI:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31022176

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