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Entdecken Sie eine Methode zur automatischen Generierung von Abfragen und zur Demokratisierung der Glykoinformatik

Ein Tool zur Erweiterung des Zugangs zu Ressourcen der Glykobiologie

02 März 2023

Viele Proteine auf der Oberfläche von Zellen können Glykane aufweisen, die ihnen die Bindung an andere Proteine ermöglichen. Die Untersuchung der Strukturen dieser Wechselwirkungen könnte wertvolle Erkenntnisse über physiologische Funktionen liefern. Zu diesem Zweck wurden verschiedene Datenbanken entwickelt, die jedoch oft Kenntnisse der Abfragesprache SPARQL erfordern. In diesem in silico talk stellt Catherine Hayes aus der Gruppe von Frédérique Lisacek GlycoQL vor, ein Tool, mit dem auch Nicht-SPARQL-Experten durch automatisierte Abfragen nach Glykanstrukturen suchen können. Wenn Sie experimenteller oder struktureller Glykobiologe sind oder als Informatiker daran interessiert sind, Ihre SPARQL-Abfragen zu demokratisieren, dann ist dieser Vortrag genau das Richtige für Sie!

Über die in silico talks-Reihe - Das Neueste aus der Bioinformatik von SIB-Wissenschaftlern

Mit der Online-Reihe in silico talks möchten wir Bioinformatiker, Biowissenschaftler und Kliniker über die neuesten Fortschritte der SIB-Wissenschaftler zu einem breiten Spektrum von Bioinformatik-Methoden, -Forschung und -Ressourcen informieren. Bleiben Sie auf dem Laufenden, erhalten Sie exklusive Einblicke in die neuesten Veröffentlichungen und erfahren Sie, wie diese Fortschritte Ihnen bei Ihrer Arbeit oder Forschung helfen können, indem Sie sich in die in silico talks-Mailingliste eintragen.

Sprecher

Name:

Catherine Hayes

Institute:

Universität Genf

Group:

Proteome Informatics

Catherine Hayes promovierte 2009 am Fachbereich Chemie der National University of Ireland, Galway (NUIG) über strukturelle Bioinformatik von Protein-Ligand-Wechselwirkungen. Parallel dazu arbeitete sie am Centre for BioAnalytical Sciences (CBAS) an einem Projekt zur Glykan-Massenspektrometrie, bevor sie an die Abteilung für Biomedizin der Universität Göteborg wechselte, um dort mit Niclas Karlsson an der Strukturaufklärung von O-verknüpften Oligosacchariden vom Mucin-Typ zu arbeiten. Während ihrer Zeit in Göteborg nahm sie auch an Projektbörsen mit den Gruppen von Pauline Rudd (NIBRT, Dublin), Nicki Packer (Macquarie University, Sydney) und Frederique Lisacek (SIB, Genf) teil. Nach einer mehrjährigen Pause kehrte sie als Biocuratorin bei GlyConnect (2020) in die Gruppe von F. Lisacek zurück. Derzeit beschäftigt sie sich mit Biokuration, Annotation, semantischen Webtechnologien und der Entwicklung von Tools im Bereich der Glykomik und Proteomik.