Traduction automatique

Ce contenu a été traduit automatiquement. Il peut contenir des erreurs ou ne pas refléter le style éditorial de l’institut. En cas de doute, veuillez consulter la version originale en anglais.

Découvrez une méthode pour générer automatiquement des requêtes et démocratiser la glyco-informatique

Un outil pour élargir l'accès aux ressources en glycobiologie

02 mars 2023

De nombreuses protéines présentes à la surface des cellules peuvent contenir des glycanes qui leur permettent de se lier à d'autres protéines. L'étude des structures de ces interactions pourrait fournir des informations précieuses sur les fonctions physiologiques. Diverses bases de données ont été développées à cette fin, mais elles nécessitent souvent une connaissance du langage de requête SPARQL. Dans cet in silico talk, Catherine Hayes, du groupe de Frédérique Lisacek, présente GlycoQL, un outil qui permet aux non-experts en SPARQL de rechercher des structures glycanes en générant des requêtes automatisées. Si vous êtes un glycobiologiste expérimental ou structural, ou un informaticien intéressé par la démocratisation de vos requêtes SPARQL, cette conférence est faite pour vous !

À propos de la série in silico talks - Les dernières avancées en bioinformatique par les scientifiques du SIB

La série in silico talks a pour but d'informer les bioinformaticiens, les spécialistes des sciences de la vie et les cliniciens des dernières avancées réalisées par les scientifiques du SIB sur un large éventail de sujets liés aux méthodes, à la recherche et aux ressources en bioinformatique. Restez au courant des derniers développements, obtenez des informations exclusives sur les articles récents et découvrez comment ces avancées pourraient vous aider dans votre travail ou votre recherche en vous inscrivant à la liste de diffusion in silico talks.

Intervenants

Name:

Catherine Hayes

Institute:

Université de Genève

Group:

Proteome Informatics

Catherine Hayes a obtenu son doctorat au département de chimie de l'Université nationale d'Irlande, à Galway (NUIG), en 2009, sur la bioinformatique structurale des interactions protéine-ligand. Parallèlement, elle a travaillé avec le Centre for BioAnalytical Sciences (CBAS) sur un projet de spectrométrie de masse des glycanes, avant de rejoindre le département de biomédecine de l'université de Göteborg pour travailler avec Niclas Karlsson sur l'élucidation structurelle des oligosaccharides de type O liés à la mucine. À Göteborg, elle a également participé à des échanges de projets avec les groupes de Pauline Rudd (NIBRT, Dublin), Nicki Packer (Université Macquarie, Sydney) et Frederique Lisacek (SIB, Genève). Après une pause de quelques années, elle est revenue dans le domaine en tant que biocuratrice chez GlyConnect (2020), toujours dans le groupe de F. Lisacek. Elle travaille actuellement dans la biocuration, l'annotation, les technologies du web sémantique et le développement d'outils dans les domaines de la glycomique et de la protéomique.