In den letzten Jahren haben sich Einzelzelltechnologien unglaublich schnell verbreitet und spielen nun eine zentrale Rolle in vielen biologischen und medizinischen Forschungsprojekten. Als Reaktion auf die Herausforderungen, die sich bei der Interpretation dieser Daten stellen, wurden Hunderte von Bioinformatik-Tools und -Methoden entwickelt, um die Community bei der Analyse und Visualisierung ihrer Einzelzelldaten zu unterstützen. Die Fokusgruppe„Single-cell omics“ bringt SIB-Mitglieder zusammen, die sich für diese Themen interessieren, um Best Practices auszutauschen und zu diskutieren und das Feld voranzubringen.
Visualisierung von Einzelzelldaten: eine Herausforderung für die Bioinformatik
Die jüngste Einführung der Hochdurchsatz-Einzelzellsequenzierung wie scRNA-seq ermöglichte Durchbrüche in vielen Bereichen (z. B. der Immunonkologie), stellte jedoch auch erhebliche rechnerische und analytische Herausforderungen. Es gibt eine Vielzahl von Methoden, die so unterschiedliche Aspekte wie Qualitätskontrolle, Normalisierungsclustering, Dimensionsreduktion, Batch-Effekt-Entfernung, Zelltyp-Annotation, Differentialanalyse oder Trajektorieninferenz abdecken, und jede Woche werden neue Methoden veröffentlicht. Auch heute noch entstehen neue Assays (Multi-Omics, Immunrezeptor-Profiling, räumliche Transkriptomik), die neue Herausforderungen mit sich bringen.
Über die SIB-Fokusgruppen
Die Fokusgruppen sollen den Wissensaustausch und die Zusammenarbeit innerhalb der Gemeinschaft von 900 SIB-Mitgliedern zu bestimmten wissenschaftlichen und/oder übergreifenden Themen fördern, von der Einzelzellsequenzierung bis hin zu Gleichstellung, Vielfalt und Inklusion. Alle Fokusgruppen anzeigen
Eine SIB-weite Fokusgruppe für Einzelzell-Omics
Die Gruppe wurde im November 2022 ins Leben gerufen und erweitert die AGORA Single-Cell Omics-Gruppe, die von SIB-Gruppenleiter Santiago Carmona gegründet wurde. Sie organisiert jeden ersten Mittwoch im Monat hybride Treffen. Ziel der Gruppe ist es, verschiedene Themen im Zusammenhang mit der Analyse und Visualisierung von Einzelzelldaten zu diskutieren, wobei der Schwerpunkt auf praktischen („hands-on“) Problemen und neuen Methoden, Benchmarks oder Technologien liegt. In 30-minütigen Präsentationen stellen die Mitglieder in der Regel ihre laufenden Arbeiten vor, diskutieren aber auch aktuelle Artikel oder Preprints. Die Präsentationen sollen informell bleiben und werden von einer Diskussion gefolgt.
Die Gruppe umfasst derzeit mehr als 150 Mitglieder, die im speziellen Kanal #single-cell-omics-meetings auf SIB Slack registriert sind. An den Treffen nehmen regelmäßig etwa 20 Personen vor Ort und 10 bis 20 Personen aus der Ferne teil, hauptsächlich aus den SIB-Communities in Lausanne, Genf, Basel, Zürich, Bern und der lokalen Community am AGORA Krebsforschungszentrum in Lausanne.
Koordinierende Mitglieder der Fokusgruppe:
- Santiago Carmona, Vorsitzender (Gruppenleiter)
- Julien Roux, stellvertretender Vorsitzender (leitender Wissenschaftler)
Sind Sie SIB-Mitglied und möchten an unseren Treffen teilnehmen? Wenden Sie sich an Santiago Carmona oder Julien Roux, um zum Slack-Kanal hinzugefügt zu werden und einen Termin für eine zukünftige Präsentation zu vereinbaren.
REFERENZ
Zappia, L., Theis, F.J. Über 1000 Tools zeigen Trends in der Einzelzell-RNA-Seq-Analyse. Genome Biol 22, 301 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02519-4
