Au cours des dernières années, les technologies unicellulaires se sont développées à un rythme incroyablement rapide et jouent désormais un rôle central dans de nombreux projets de recherche biologique et médicale. En réponse aux défis d'interprétation qu'elles soulèvent, des centaines d'outils et de méthodes bioinformatiques ont été développés pour aider la communauté à analyser et visualiser leurs données unicellulaires. Le groupe de réflexion surl'omique unicellulaire rassemble des membres du SIB intéressés par ces sujets afin de partager et discuter des meilleures pratiques et faire avancer le domaine.
Visualisation des données unicellulaires : un défi pour la bioinformatique
L'avènement récent du séquençage à haut débit de cellules individuelles, tel que le scRNA-seq, a permis des avancées majeures dans de nombreux domaines (par exemple, l'immuno-oncologie), mais a également soulevé d'importants défis en matière de calcul et d'analyse. Une multitude de méthodes couvrant des aspects aussi divers que le contrôle qualité, le regroupement par normalisation, la réduction de la dimensionnalité, la suppression des effets de lot, l'annotation des types cellulaires, l'analyse différentielle ou l'inférence de trajectoires sont disponibles et de nouvelles méthodes sont publiées chaque semaine. De nouveaux tests continuent d'apparaître aujourd'hui (multi-omique, profilage des récepteurs immunitaires, transcriptomique spatiale), accompagnés de nouveaux défis.
À propos des groupes de discussion du SIB
Les groupes de réflexion ont pour objectif de favoriser les échanges de connaissances et les collaborations au sein de la communauté des 900 membres du SIB, autour de thèmes scientifiques spécifiques et/ou transversaux, allant du séquençage unicellulaire à l'égalité, la diversité et l'inclusion. Voir tous les groupes de réflexion
Un groupe de réflexion sur l'omique unicellulaire à l'échelle du SIB
Lancé en novembre 2022, le groupe prolonge les activités du groupe AGORA Single-Cell Omics créé par Santiago Carmona, responsable de groupe au SIB, et organise des réunions hybrides tous les premiers mercredis du mois. Le groupe a pour objectif de discuter de divers sujets liés à l'analyse et à la visualisation des données unicellulaires, en mettant l'accent sur les problèmes pratiques (« hands-on ») et les nouvelles méthodes, benchmarks ou technologies. Au cours de présentations de 30 minutes, les membres présentent généralement leurs travaux en cours, mais discutent également d'articles récents ou de prépublications. Les présentations se veulent informelles et sont suivies d'une discussion.
Le groupe rassemble actuellement plus de 150 membres, inscrits sur le canal dédié #single-cell-omics-meetings sur le Slack du SIB, et les réunions réunissent régulièrement une vingtaine de participants en personne et 10 à 20 participants à distance, principalement issus des communautés du SIB à Lausanne, Genève, Bâle, Zurich, Berne et de la communauté locale du Centre de recherche sur le cancer AGORA à Lausanne.
Membres coordinateurs du groupe de réflexion :
- Santiago Carmona, président (chef de groupe)
- Julien Roux, coprésident (scientifique senior)
Vous êtes membre du SIB et souhaitez participer à nos réunions ? Contactez Santiago Carmona ou Julien Roux pour être ajouté au canal Slack et réserver une date pour une future présentation.
RÉFÉRENCE
Zappia, L., Theis, F.J. Over 1000 tools reveal trends in the single-cell RNA-seq analysis landscape. Genome Biol 22, 301 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02519-4
