Un atlas unique des tumeurs permettra d'accélérer les thérapies personnalisées contre le cancer en répondant à la question de savoir pourquoi les cancers réagissent différemment aux traitements et en rationalisant la découverte et le développement de nouvelles approches. Créé par IMMUcan, un consortium public-privé européen codirigé par le SIB, cet atlas intègre les données cliniques de plus de 2 700 patients ainsi que des ensembles de données moléculaires et d'imagerie de haute qualité sur leurs tumeurs, générés par des technologies de pointe. Les chercheurs et les entreprises pharmaceutiques peuvent accéder à l'atlas en toute sécurité et l'analyser – et valider numériquement leurs hypothèses de traitement – grâce à BioMedIT, l'environnement de recherche national de confiance de la Suisse.
IMMUcan signifie « Integrated iMMUnoprofiling of large adaptive CANcer patient cohorts » (Profilage immunitaire intégré de grandes cohortes de patients atteints d'un cancer adaptatif). Ses 34 partenaires comprennent des institutions universitaires, des centres cliniques, des associations de patients, des PME et des entreprises pharmaceutiques. Le projet, qui a débuté en 2019 et s'achèvera en 2026, bénéficie du soutien de l'Union européenne dans le cadre du programme Innovative Medicine Initiative 2 et de la Fédération européenne des industries pharmaceutiques.
Identifier de nouvelles options pour les patients atteints de cancers à haut risque
Les traitements contre le cancer se sont considérablement améliorés au cours de la dernière décennie, notamment grâce à une approche révolutionnaire qui exploite le système immunitaire de l'organisme pour attaquer les cellules tumorales. Cependant, tous les cancers ne répondent pas à ces immunothérapies et la plupart acquièrent une résistance au fil du temps.
IMMUcan signifie « Integrated iMMUnoprofiling of large adaptive CANcer patient cohorts » (Profilage immunitaire intégré de grandes cohortes de patients atteints d'un cancer adaptatif). Ses 34 partenaires comprennent des institutions universitaires, des centres cliniques, des associations de patients, des PME et des entreprises pharmaceutiques. Le projet, qui a débuté en 2019 et s'achèvera en 2026, bénéficie du soutien de l'Union européenne dans le cadre du programme Innovative Medicine Initiative 2 et de la Fédération européenne des industries pharmaceutiques.
Le consortium IMMUcan, financé par l'UE, vise à découvrir les raisons de la résistance à l'immunothérapie et à identifier des traitements efficaces pour les patients atteints de cancers à haut risque. Pour ce faire, ses 34 partenaires :
- génèrent et profilent des données complètes et de haute qualité provenant de plus de 2 700 patients dans 80 hôpitaux européens;
- intègrent ces données dans un atlas tumoral sécurisé;
- analysent les données afin de comprendre comment le cancer et les cellules immunitaires interagissent et l'impact des thérapies actuelles.
L'objectif final est de prédire quels patients répondront le mieux à quels traitements et de développer une oncologie de précision et des thérapies personnalisées contre le cancer.
IMMUcan est co-dirigé par le SIB, Merck, l'Organisation européenne pour la recherche et le traitement du cancer (EORTC), Gustave Roussy et Bayer. Notre groupe Vital-IT Computational Biology dirige le développement d'un système de gestion des connaissances dédié au stockage et au partage des données et des résultats, et travaille à l'identification de biomarqueurs permettant de prédire les résultats des traitements. Le groupe coordonne également cette collaboration à grande échelle sur sept ans et fournit son expertise en matière d'intégration des données et de bioinformatique à d'autres domaines de travail. Ce projet ambitieux contribue à la mission du SIB, qui consiste à accélérer l'innovation dans le domaine de la médecine et de la santé grâce à une connaissance approfondie des données biologiques, à des technologies de pointe et à des collaborations interdisciplinaires.
Visitez le site web de l'IMMUcan
Découvrez comment le SIB coordonne des projets à grande échelle
En permettant aux chercheurs publics et privés de collaborer sur les mêmes données de haute qualité dans un espace « pré-concurrentiel », l'atlas des tumeurs IMMUcan optimise les investissements et facilite le développement efficace de nouveaux traitements contre le cancer.
Génération de données complètes sur les patients
Le projet a franchi une étape importante à la fin de l'année dernière, avec l'inscription de patients atteints de cinq types de cancer (sein, colorectal, poumon, rein et tête et cou) ayant reçu divers traitements. Des échantillons de leurs tumeurs et de leur sang sont prélevés et conservés dans une biobanque à la pointe de la technologie, puis profilés de manière exhaustive à l'aide de protocoles standardisés.
Le profilage comprend des analyses de l'expression génétique et des mutations, l'imagerie microscopique de la pathologie tumorale et le profilage des cellules immunitaires à l'aide de deux techniques puissantes (l'imagerie par immunofluorescence et l'imagerie par cytométrie de masse, ou IMC) qui identifient la position des cellules individuelles dans et autour d'une tumeur (le microenvironnement tumoral). Les données moléculaires, cellulaires et spatiales ainsi obtenues sont ensuite intégrées à des données cliniques telles que les antécédents thérapeutiques et les résultats des patients.
Cet effort considérable porte sur des cohortes de patients plus complètes que les précédents projets de profilage du cancer et est le premier à :
- se concentrer sur les cancers à un stade avancé ;
- inclure des patients ayant récemment reçu des traitements standard tels que l'immunothérapie ;
- réaliser un profilage aussi complet, comprenant des échantillons prélevés avant et après le traitement et la plus grande collection d'analyses IMC de cellules tumorales individuelles à ce jour ;
- garantir la haute qualité des données ;
- soutenir une IA fiable grâce à des données structurées issues de la vie réelle.
Intégration et stockage de données complexes et sensibles
Le groupe Vital-IT Computational Biology du SIB a dirigé la conception et le développement du système de gestion des connaissances du projet afin de décrire, harmoniser, intégrer et stocker en toute sécurité la grande quantité de données sur les patients générées et compilées dans le cadre du projet. Cela comprenait la normalisation des noms de médicaments et d'autres informations sur les traitements, le développement d'outils automatisés pour le traitement des données des patients et la mise en place d'une base de données sécurisée pour la gestion, l'analyse et le partage des ensembles de données complexes et des résultats sans compromettre la confidentialité des patients.
L'atlas des tumeurs qui en résulte comprend également un portail où les partenaires d'IMMUcan peuvent accéder aux données, les rechercher, les visualiser et les analyser. Ce travail s'est appuyé sur l'expérience acquise par le groupe dans le cadre de projets européens à grande échelle sur le diabète, tels que la plateforme sur le diabète de l'Innovative Health Initiative (IMIDIA) et l'étude RHAPSODY.
En savoir plus sur le travail du SIB dans le cadre d'IMIDIA
En savoir plus sur le travail du SIB dans le cadre de RHAPSODY
Accélérer le développement de nouvelles thérapies grâce à l'analyse sécurisée des données
L'atlas des tumeurs est hébergé sur BioMedIT, l'environnement de recherche national suisse de confiance coordonné par le SIB pour le traitement des données liées à la santé. Grâce à un accès contrôlé, les partenaires d'IMMUcan étudient les données anonymisées afin de découvrir comment le microenvironnement tumoral influence les thérapies actuelles, d'identifier des options de traitement plus ciblées et de valider des hypothèses thérapeutiques avant de lancer des essais cliniques coûteux et longs, notamment à l'aide d'analyses basées sur l'IA.
Dans ce cadre, le groupe Vital-IT Computational Biology effectue des analyses statistiques avancées afin d'identifier les caractéristiques tumorales susceptibles de servir de biomarqueurs pour prédire les résultats des traitements. Le groupe compare également les données des cinq types de tumeurs afin d'identifier les traits communs et distinctifs.
Les résultats de toutes les analyses et données, ainsi que les échantillons biologiques restants, seront finalement mis à la disposition d'autres projets de recherche, sous le même contrôle d'accès respectant le consentement et la vie privée des patients.
