La plateforme suisse de surveillance des agents pathogènes (SPSP) comblera une lacune cruciale dans la lutte contre les bactéries résistantes aux médicaments : la détection des gènes de résistance qui peuvent se propager rapidement au sein des populations et entre les espèces via des éléments d'ADN mobiles. Ses nouveaux outils amélioreront le suivi et la compréhension des tendances en matière de RAM, feront progresser la stratégie suisse en matière de résistance aux antibiotiques et renforceront le leadership de la Suisse dans la surveillance génomique des agents pathogènes et la préparation aux épidémies. Le projet One-Health est une collaboration entre le SIB, l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) et des partenaires universitaires et cliniques suisses de premier plan.
SPSP : une plateforme génomique nationale pour One Health
Le SPSP collecte, conserve et analyse des séquences génomiques complètes et des données associées pour les bactéries, les virus et les champignons provenant de diverses sources cliniques, vétérinaires, alimentaires et environnementales en Suisse. Les données sélectionnées sont fournies à l'OFSP sous forme de rapports personnalisés afin d'étayer les décisions en matière de santé publique. La plateforme collabore également avec l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétéraires (OSAV) sur les agents pathogènes d'origine animale et alimentaire. Cette approche « One Health » offre une vue d'ensemble en temps réel de la manière dont les agents pathogènes apparaissent, évoluent et se propagent parmi les populations humaines et les écosystèmes.
La plateforme est gérée par le SIB en collaboration avec des hôpitaux universitaires et des institutions académiques à Bâle, Lausanne, Genève, Berne et Zurich. Elle contribue au Centre de bioinformatique des agents pathogènes du SIB et fait partie des ressources du SIB.
Pour en savoir plus sur le mandat fédéral du SPSP
En savoir plus sur le soutien du SPSP aux initiatives gouvernementales
Combler une lacune critique dans la surveillance de la RAM
Les infections causées par des agents pathogènes résistants aux médicaments constituent une menace mondiale croissante, en particulier pour les personnes âgées. Bien que la Suisse ait réalisé des progrès significatifs dans la lutte contre la RAM grâce à sa stratégie sur la résistance aux antibiotiques (StAR), le pays affiche toujours l'un des taux annuels d'infections résistantes les plus élevés parmi les pays de l'OCDE, et la RAM pourrait coûter environ 444 millions de francs suisses par an en soins de santé.
SPSP : une plateforme génomique nationale pour One Health
Le SPSP collecte, conserve et analyse des séquences génomiques complètes et des données associées pour les bactéries, les virus et les champignons provenant de diverses sources cliniques, vétérinaires, alimentaires et environnementales en Suisse. Les données sélectionnées sont fournies à l'OFSP sous forme de rapports personnalisés afin d'étayer les décisions en matière de santé publique. La plateforme collabore également avec l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétéraires (OSAV) sur les agents pathogènes d'origine animale et alimentaire. Cette approche « One Health » offre une vue d'ensemble en temps réel de la manière dont les agents pathogènes apparaissent, évoluent et se propagent parmi les populations humaines et les écosystèmes.
La plateforme est gérée par le SIB en collaboration avec des hôpitaux universitaires et des institutions académiques à Bâle, Lausanne, Genève, Berne et Zurich. Elle contribue au Centre de bioinformatique des agents pathogènes du SIB et fait partie des ressources du SIB.
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La propagation de la RAM est particulièrement rapide chez les bactéries, qui possèdent deux types d'ADN : le chromosome principal et des éléments mobiles plus petits. Si une population évolue pour résister à un antibiotique et que le gène responsable se trouve sur un élément mobile, ce gène peut rapidement passer d'une bactérie à une autre, voire à une autre espèce. Et si les méthodes de surveillance génomique des agents pathogènes permettent de détecter les gènes de résistance, les technologies standard ne permettent pas d'identifier leur emplacement. Cela laisse un angle mort critique dans les efforts visant à comprendre et à combattre les bactéries résistantes aux médicaments.
La vision de la SPSP est de soutenir les réponses de santé publique et vétérinaire à la RAM, ainsi que la recherche dans ce domaine, en tant que plateforme suisse de surveillance génomique des agents pathogènes. Dans le cadre d'un projet de recherche soutenu par l'OFSP pour aider à réaliser cet objectif, la plateforme étend ses capacités en intégrant des outils et des pipelines bioinformatiques avancés afin de :
- détecter, identifier et analyser les gènes de résistance sur les éléments mobiles de l'ADN ;
- renforcer la surveillance intégrée de la RAM en reliant les données et l'expertise des secteurs humain, animal et environnemental ;
- identifier les épidémies simultanées de souches résistantes et/ou d'espèces partageant le même gène de résistance ;
- prédire la résistance aux antibiotiques sur la base du profil génétique complet des bactéries.
Le projet est codirigé par le SIB avec l'Université de Berne, l'Université de Fribourg, le Centre suisse de résistance aux antibiotiques (ANRESIS), les Hôpitaux universitaires de Genève (HUG), Lausanne (CHUV), Bâle (USB) et Zurich (UZH), ainsi que VetSuisse. Axé sur les bactéries prioritaires StAR, le projet fournira aux autorités fédérales et aux chercheurs un système plus réactif et plus complet pour comprendre et contrôler les infections résistantes aux médicaments dans un cadre unifié « One-Health ».
Ce projet, codirigé par le SIB, vise à positionner l'OFSP parmi les leaders mondiaux en matière de surveillance génomique de la RAM, afin qu'il soit en mesure de répondre efficacement aux menaces actuelles et émergentes tout en contribuant à l'enrichissement des connaissances mondiales et à la préparation aux épidémies.
Une nouvelle génération d'outils bioinformatiques AMR pour la Suisse
Les travaux permettront d'établir les conditions techniques et organisationnelles préalables à la mise en place d'un système SPSP robuste et évolutif, capable de répondre aux besoins nationaux en matière d'identification, de surveillance et de notification de la RAM, et d'assurer l'alignement avec les initiatives internationales de surveillance des agents pathogènes.
Dans ce cadre, les données génomiques du SPSP seront intégrées aux données sur la sensibilité aux antibiotiques provenant de l'ANRESIS afin d'évaluer et d'améliorer la précision des outils de prédiction de la résistance. Les performances des nouveaux outils et développements techniques de la plateforme seront confirmées dans des conditions réelles en Suisse, à l'aide de données rétrospectives provenant de bactéries préoccupantes telles que les entérobactéries résistantes au carbapénème.
Poursuite de la FAIRification des données génomiques bactériennes
Dans le cadre d'un projet complémentaire financé par swissuniversities, le pipeline existant de la SPSP pour le traitement des données de séquençage bactérien, appelé IMMense, est en cours de renforcement afin de pouvoir traiter davantage d'espèces, de nouveaux types de données de séquençage et des analyses spécifiques à certaines espèces. Ces nouvelles capacités renforceront encore la SPSP en encourageant les microbiologistes suisses à soumettre des génomes bactériens.
Une ressource essentielle pour la recherche sur la RAM
La plateforme SPSP améliorée contribuera également à générer de nouvelles connaissances précieuses sur les modes de transmission de la RAM, la génomique microbienne et la conception d'interventions efficaces en matière de santé publique. Ses nouveaux outils et ensembles de données seront mis à la disposition des chercheurs, des universités, des hôpitaux et des autorités de santé publique conformément aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable). Cela renforcera la collaboration entre ces parties prenantes et fera progresser la contribution de la Suisse à la compréhension et à l'atténuation de la menace mondiale que représente la résistance aux antimicrobiens.
Poursuite de la FAIRification des données génomiques bactériennes
Dans le cadre d'un projet complémentaire financé par swissuniversities, le pipeline existant de la SPSP pour le traitement des données de séquençage bactérien, appelé IMMense, est en cours de renforcement afin de pouvoir traiter davantage d'espèces, de nouveaux types de données de séquençage et des analyses spécifiques à certaines espèces. Ces nouvelles capacités renforceront encore la SPSP en encourageant les microbiologistes suisses à soumettre des génomes bactériens.
Voir le dossier spécial sur les épidémies dans le profil 2025 de la SIB.
Reference(s)
Crédit image : Image tridimensionnelle générée par ordinateur représentant Escherichia coli producteur de ß-lactamase à spectre étendu, une souche résistante à un large éventail d'antibiotiques courants. Bibliothèque d'images de santé publique du CDC (PHIL) / Alissa Eckert - Illustratrice médicale
