Trois nouvelles ressources biodata reconnues comme cruciales pour la communauté mondiale des sciences de la vie bénéficieront du soutien unique du SIB pour leur développement. Leur désignation en tant que Ressources SIB fait suite à une évaluation rigoureuse menée par un Comité consultatif scientifiqueet rend hommage aux groupes respectifs et à leurs partenaires. Le portefeuille du SIB compte désormais 17 ressources de premier plan, qui comprennent au total 40 bases de données ouvertes et outils logiciels pour la gestion, l'analyse et l'interprétation de données biologiques et biomédicales.
Permettre des études évolutives allant des agents pathogènes aux pingouins
BEAST2 effectue des analyses phylogénétiques de séquences moléculaires à l'aide de méthodologies bayésiennes, avec des applications notamment en biologie évolutive et développementale, en épidémiologie, en évolution du cancer et même en évolution du langage. Par exemple, la ressource :
- amélioration des estimations de l'évolution de la grippe, avec le package CoalRe (reconnu comme une « Remarkable Output » du SIB en 2019) ;
- quantification en temps réelde la dynamique épidémiologique du SARS-CoV-2 pendant la pandémie, sur la base des génomes viraux et des données sur les cas confirmés ;
- simulation facile des arbres phylogénétiques et des populations au fil du temps à l'aide du package ReMASTER ;
- permet d'estimer les temps de divergence des espèces à partir de données provenant à la fois d'espèces éteintes (morphologie fossile) et d'espèces actuelles (séquences génétiques), à l'aide de paquets développés à l'origine pour étudier l'évolution des pingouins.
BEAST2 est développé conjointement par notre groupe Computational Evolution de l'ETH Zurich et des chercheurs de l'université d'Auckland, en collaboration avec d'autres scientifiques du monde entier.
Profilage des communautés microbiennes
mOTUs quantifie l'abondance relative et l'activité des micro-organismes dans des échantillons biologiques, qu'il s'agisse d'eaux usées, d'animaux ou de sites du corps humain. Il utilise des « gènes marqueurs universels » pour identifier les espèces à partir de leur ADN, une nouvelle approche plus efficace que les méthodes précédentes et qui permet d'analyser des microbes qui ne disposent pas d'une séquence génomique représentative.
Parmi les applications possibles, on peut citer :
- le profilage de la composition du microbiome océanique mondial (reconnu comme une « Remarkable Output » du SIB en 2022) ;
- l'identification de signatures microbiennes dans des phénotypes cliniques, tels que ceux spécifiques au cancer colorectal.
Une base de données en ligne associée permet d'effectuer des recherches interactives et de parcourir la ressource génomique sous-jacente. Elle constitue en soi l'une des plus grandes ressources génomiques procaryotes à ce jour. Cet outil a été développé par notre groupe de recherche sur le microbiome à l'ETH Zurich, le Centre national de compétence en recherche (NCCR) Microbiomes, l'EMBL, l'université Keio et l'université de Leyde.
Intégration dans un portefeuille de ressources bioinformatiques essentielles
Les ressources du SIB sont utilisées chaque année par plus de 10 millions d'utilisateurs pour des applications allant de la conception de vaccins contre le cancer au développement de nouvelles cultures en passant par la prédiction de l'extinction des espèces, et la demande ne cesse de croître. À titre d'exemple, SwissDrugDesign, développé par notre groupe de modélisation moléculaire à l'Université de Lausanne pour soutenir la découverte de médicaments assistée par ordinateur, a vu son utilisation augmenter de plus de 40 % en 2024 pour atteindre 5 millions de demandes d'utilisateurs par an.
Ces ressources constituent un sous-ensemble soigneusement sélectionné parmi les 160 plateformes logicielles et bases de données développées par la communauté SIB, toutes disponibles gratuitement sur Expasy, le portail suisse des ressources en bioinformatique.
Garder un œil sur l'ennemi
La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) soutient la surveillance moléculaire des micro-organismes présents chez l'homme, l'animal et dans l'environnement, permettant ainsi une approche One Health au niveau national.
Intégration dans un portefeuille de ressources bioinformatiques essentielles
Les ressources du SIB sont utilisées chaque année par plus de 10 millions d'utilisateurs pour des applications allant de la conception de vaccins contre le cancer au développement de nouvelles cultures en passant par la prédiction de l'extinction des espèces, et la demande ne cesse de croître. À titre d'exemple, SwissDrugDesign, développé par notre groupe de modélisation moléculaire à l'Université de Lausanne pour soutenir la découverte de médicaments assistée par ordinateur, a vu son utilisation augmenter de plus de 40 % en 2024 pour atteindre 5 millions de demandes d'utilisateurs par an.
Ces ressources constituent un sous-ensemble soigneusement sélectionné parmi les 160 plateformes logicielles et bases de données développées par la communauté SIB, toutes disponibles gratuitement sur Expasy, le portail suisse des ressources en bioinformatique.
Cette plateforme en ligne, qui permet le partage en temps quasi réel de séquences génomiques complètes et des métadonnées publiques associées, a joué un rôle majeur pendant la pandémie de COVID-19. Son champ d'application s'étend désormais à plusieurs agents pathogènes ayant un impact sur la santé humaine, la santé animale et la sécurité alimentaire. Cette ressource alimente le tableau de bord des maladies infectieuses de l'Office fédéral de la santé publique, en commençant par les variants du SARS-CoV-2. Le PSS contribue également au Centre de bioinformatique des agents pathogènes récemment inauguré.
La plateforme est développée par notre groupe Clinical Bioinformatics en collaboration avec les hôpitaux universitaires de Bâle, Genève et Lausanne, VetSuisse Berne et Zurich, ainsi que les universités de Berne et Zurich.
