Au cours des dernières semaines, face à la menace croissante de l'émergence de nouveaux variants, la communauté scientifique a lancé des appels pressants en faveur d'un partage ouvert des données de séquençage du SARS-CoV-2. Un tel partage permettrait une recherche rapide, représentative et à grande échelle sur le virus, mais les infrastructures et les investissements correspondants font souvent défaut. Faisant écho à ces appels, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), codirigée par le SIB, est désormais soutenue par les autorités fédérales suisses pour servir de hub de données suisse sur le SARS-CoV-2. Initialement développée pour suivre l'émergence et la propagation de tout agent pathogène en Suisse, la SPSP est devenue une plateforme conviviale permettant de collecter les séquences génomiques virales produites à partir d'échantillons suisses dans le contexte de la pandémie et de les soumettre notamment à l'European Nucleotide Archive (ENA), la référence en matière de partage ouvert des données de séquençage.
Intégrer les données ouvertes suisses dans les efforts mondiaux grâce à un hub de données SARS-CoV-2 suisse
Reconnaissant la valeur que représente le SPSP (voir encadré) pour les données générées en Suisse dans ce contexte, les autorités fédérales, par l'intermédiaire du Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation (SEFRI), soutiennent son utilisation spécifique pour le partage des séquences virales avec la communauté internationale. Le SPSP sert ainsi de hub de données suisse sur le SARS-CoV-2 : tout laboratoire de recherche ou clinique qui séquence le génome du virus à partir de tests positifs soumettra ses données auSPSP1, qui les annotera et transmettra les séquences virales, ainsi que les métadonnées non sensibles associées, à l'ENA et au GISAID, les deux principaux référentiels de données séquentielles sur le virus à ce jour.
« Grâce au SPSP, la Suisse vient de connecter sa communauté scientifique aux efforts internationaux de partage ouvert des données afin de stimuler la recherche sur le virus et le suivi de son évolution », déclare Aitana Lebrand, responsable de l'équipe Data Science au SIB et co-PI du SPSP. Dans un avenir proche, le consortium pourrait également signaler et notifier les nouvelles variantes à l'Office fédéral de la santé publique.
À propos de la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP)
SPSP est une plateforme collaborative de surveillance OneHealth qui permet aux épidémiologistes hospitaliers, aux experts en santé publique et aux microbiologistes/virologues de mener des recherches, d'identifier rapidement les épidémies potentielles et de prendre des mesures précoces pour contenir la transmission en les suivant en temps quasi réel. Le SPSP est codirigé par le SIB, les hôpitaux universitaires de Bâle, Lausanne et Genève, ainsi que les universités de Berne et Zurich (voir la liste complète des groupes enregistrés). Il est hébergé sur l'infrastructure informatique sécurisée du SIB et respecte les normes de sécurité des données du Swiss Personalized Health Network (SPHN).
Pourquoi les données relatives aux virus doivent être rendues plus accessibles
Le partage des séquences génomiques du virus de manière à faciliter leur réutilisation et leur intégration dans des ensembles de données plus vastes est essentiel pour permettre une couverture plus représentative des variants émergents et anticiper l'efficacité des vaccins, ainsi que pour mener des recherches fondamentales sur l'évolution du virus, sa transmission, etc. Il existe toute une série de plateformes permettant de télécharger des données de séquences génomiques, mais la manière dont ces données (et les métadonnées associées) peuvent ensuite être réutilisées par les chercheurs varie.L'European Nucleotide Archive (ENA) s'est positionnée comme la référence en matière de partage ouvert des données de séquences. À ce titre, l'ENA fournit, avec les séquences assemblées, l'accès aux données brutes, ce qui facilite encore leur réutilisation. Plusieurs appels au partage des données sur la COVID-19 ont été lancés par la communauté scientifique, notamment dans une lettre ouverte publiée par le portail européen de données sur la COVID-19 et soutenue par le SIB (signer la lettre), ou dans un récent article d'opinion publié dans Nature.
Des virus aux bactéries résistantes aux antibiotiques : un outil de surveillance haute résolution pour les agents pathogènes
Avant que la COVID-19 ne bouleverse les priorités de recherche, l'objectif initial du SPSP était de suivre l'émergence et la propagation de tout agent pathogène, en mettant initialement l'accent sur les bactéries multirésistantes. En réunissant des laboratoires de recherche, cliniques et vétérinaires, le SPSP permettra à l'avenir aux établissements de santé enregistrés, par exemple, de mieux comprendre et suivre les épidémies autres que la COVID-19 grâce à des données géographiques haute résolution, jusqu'au niveau des codes postaux.
L'accord de consortium et l'approbation éthique étant désormais validés, les laboratoires enregistrés dans tout le pays peuvent commencer à envoyer au SPSP les données de séquençage du SARS-CoV-2, et bientôt d'autres séquences génomiques bactériologiques ou virologiques, ainsi que les métadonnées cliniques et épidémiologiques associées, conformément à une procédure légale approuvée.
« Il s'agit d'une avancée majeure pour la Suisse, qui nous permet de mener des recherches et une surveillance des agents pathogènes à une échelle sans précédent dans tout le pays », commente Adrian Egli, responsable de la bactériologie et de la mycologie à l'Hôpital universitaire de Bâle et PI du SPSP.
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