Le concept « One Health » est une approche interdisciplinaire qui reconnaît l'interdépendance entre la santé humaine, animale et environnementale. Il permet aux scientifiques et aux cliniciens de relever des défis mondiaux tels que les zoonoses, la résistance aux antimicrobiens et la dégradation des écosystèmes, en adoptant un cadre holistique et collaboratif qui intègre plusieurs types de sources de données. Découvrez comment les ressources et les méthodes développées au SIB abordent ce sujet afin de faire progresser les connaissances sur la santé humaine, animale et environnementale.
Certains des principaux obstacles qui entravent les projets « One Health »
- Hétérogénéité des données: les données varient en termes de type, de portée et d'échelle, ce qui nécessite une harmonisation
- Pauvreté des données : les données souffrent de nombreuses lacunes, nécessitant une imputation ou une modélisation
- Qualité/résolution des données : les technologies de production varient, ce qui nécessite une curation et des normes
- Intégration des données : l'incompatibilité entre les données nécessite leur FAIRification
Un centre suisse de bioinformatique pathogène pour renforcer les capacités du pays en matière de partage et d'analyse des données sur les agents pathogènes
Le Centre de bioinformatique des agents pathogènes, récemment inauguré, s'inscrit dans le cadre des efforts déployés par le SIB pour contribuer à l'approche « One Health ». Le Centre rassemble plusieurs groupes répartis sur différents sites afin de poursuivre et d'étendre les travaux menés par notre réseau sur le SARS-CoV-2. Il fournit des services et une expertise à l'administration fédérale suisse et à la communauté scientifique mondiale. Ce nouveau centre de compétence contribuera à maintenir la Suisse à la pointe de la recherche sur les agents pathogènes et apportera une contribution significative à l'effort mondial de préparation et de réponse aux pandémies.
Pour en savoir plus sur le Centre de bioinformatique des agents pathogènes, consultez sa page web etdécouv rez le rôle du SIB dans l'initiative Pathogen Data Network financée par le NIH.
Parmi les autres ressources liées au Centre, la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), codirigée par le SIB, centralise les séquences génétiques microbiennes collectées dans toute la Suisse sous la forme d'une plateforme de partage de données One Health.suite à son rôle majeur joué pendant la pandémie de SARS-CoV-2, la mission de cette ressource s'est élargie pour inclure davantage d'agents pathogènes ayant un impact sur la santé humaine et animale ainsi que sur la sécurité alimentaire pour l'Office fédéral de la santé publique et l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires.
Informations détaillées sur les virus en fonction de leur organisme hôte
La ressource ViralZone, développée par le groupe Swiss-Prot du SIB, comprend des fiches d'information sur les virus infectant les animaux, les plantes, les micro-organismes, etc. Elle répertorie notamment 64 virus qui infectent les humains à partir d'animaux (zoonoses). Ces virus sont les plus susceptibles de se propager et de se transmettre d'une personne à l'autre avant de devenir endémiques. C'est ce qui s'est produit avec le SARS-CoV-2, très probablement issu des chauves-souris.
Bien qu'essentiels pour One Health, le développement et l'adoption de normes, de protocoles ou de lignes directrices ne devraient pas incomber aux chercheurs individuels, mais à une infrastructure de recherche dédiée. Cela fait partie de l'ambition du projet Biodiversity Genomics Europe, auquel participe le SIB. C'est également ce à quoi le groupe Environmental Bioinformatics du SIB entend contribuer.
Surveillance de l'ADN des espèces dans l'environnement : impossible sans une infrastructure adaptée
L'ADN environnemental – ou eDNA – permet aux chercheurs de détecter et de surveiller la présence de divers organismes, notamment des agents pathogènes, des plantes, des animaux et des microbes, sans avoir besoin de les observer directement, par exemple dans l'eau ou dans des excréments. Mais comme les quantités d'ADN sont parfois très faibles, la nature des données nécessite une infrastructure bioinformatique solide (par exemple, des pipelines d'analyse et des approches de modélisation), telle que celle développée au SIB, pour produire des résultats fiables. Elle repose également sur des données de référence de bonne qualité, qui font partie de ce que le projet European Reference Genome (ERGA), présidé par Robert Waterhouse de la SIB, est chargé d'établir.
Une nouvelle ressource pour consulter des articles scientifiques sur les questions relatives à la santé unique : combler une lacune importante
Pour combler les lacunes actuelles dans les bibliothèques sur l'écologie et l'environnement, une ressource dédiée, BiodiversityPMC, a été développée par le groupe SIB dirigé par Patrick Ruch, en collaboration avec Plazi et l'éditeur Pensoft. Cette ressource exploite la littérature pour permettre aux utilisateurs de répondre à un large éventail de questions sur la biodiversité liées à la santé humaine, telles que :
- Quelles preuves étayent l'idée que les pangolins et les chauves-souris interagissent ?
- Quelles espèces sont les hôtes réservoirs de la tique ?
Nous sommes impatients de développer des technologies informatiques permettant d'étendre la surveillance génomique et l'analyse en temps réel actuellement menées sur le SARS-CoV-2 à d'autres agents pathogènes importants tels que la grippe et le VRS, en tirant parti du réseau d'expertise et des partenariats multidisciplinaires du SIB.
Surveillance des agents pathogènes dans les eaux usées suisses : un effort collaboratif
La surveillance passive du SARS-CoV-2 dans les eaux usées est un pilier de la stratégie de surveillance actuelle de l'OFSP, en l'absence de tests cliniques à grande échelle. Cette surveillance permet d'alerter rapidement de l'apparition de nouveaux variants, d'estimer leur propagation et d'évaluer leurs caractéristiques épidémiologiques, plus tôt que la surveillance clinique traditionnelle et à un coût bien moindre. Ce flux de données est convergé avec celui du SPSP en vue de leur publication ouverte sur l'European Nucleotide Archive, conformément aux normes internationales.
Groupes SIB impliqués :
- Groupe de biologie computationnelle (ETH Zurich), qui développe la ressource V-pipe du SIB
- Groupe d'évolution computationnelle (ETH Zurich)
- Centre de génomique fonctionnelle de Zurich (ETH Zurich / Université de Zurich)
- NEXUS Personalized Health Technologies (ETH Zurich)
Autres institutions impliquées :
EAWAG, ETH Zurich / Université de Bâle, EPFL, Laboratoire de biosécurité (Bâle-Ville) et Microsynth AG.
Les microbes ne connaissent pas de frontières : la coopération internationale est essentielle
En Suisse et à l'échelle internationale, on reconnaît de plus en plus la nécessité de réunir des chercheurs et des praticiens issus de différentes institutions afin de coordonner les efforts et de relever les défis environnementaux. Outre son soutien à la recherche internationale, le SIB joue un rôle actif dans des initiatives internationales liées à One Health :
- Le SIB codirige le domaine prioritaire « Biodiversité, sécurité alimentaire et agents pathogènes » du programme scientifique 2024-2028 d'ELIXIR.
- Le SIB a co-dirigé l'initiative ELIXIR CONVERGE WP9 visant à mobiliser les données génomiques européennes sur le SARS-CoV-2 provenant de plus de 20 programmes nationaux de surveillance génomique et qui prévoit de fédérer les hubs de données nationaux au-delà de la COVID-19.
- Fort de son expérience en matière de coordination européenne, le SIB a été sollicité pour diriger une proposition de subvention du NIH pour la surveillance des agents pathogènes ayant un impact mondial, impliquant 11 pays et 12 institutions.
En savoir plus sur cette initiative lancée en septembre 2024
