Dai bitcoin alle singole cellule, dai dati sanitari ai big data
I relatori principali e gli interventi su argomenti specifici hanno presentato al pubblico nuove prospettive e le ultime tendenze nel campo della bioinformatica in una varietà di settori.
DNA, archiviazione dei dati, bitcoin e persino James Joyce sono solo alcuni dei temi trattati da Nick Goldman (EMBL-EBI) nella sua conferenza principale per sottolineare il ruolo pervasivo e cruciale che la bioinformatica svolge nella ricerca e nella nostra vita quotidiana. In una seconda conferenza, Fabian Theis (Istituto di biologia computazionale presso l'Helmholtz Zentrum, Monaco di Baviera) ha presentato l'ambizioso progetto Human Cell Atlas, ovvero come mappare ogni singola cellula del corpo umano.
Altri interventi su argomenti specifici hanno inoltre fatto luce su due progetti specifici condotti nell'ambito dell'iniziativa Swiss Personalized Health Network, il cui obiettivo è portare il Paese all'avanguardia nella salute personalizzata. Il leader del gruppo SIB Manfred Claassen (ETHZ) ha presentato il progetto PRECISE con l'obiettivo di identificare biomarcatori e bersagli terapeutici nell'immunoterapia delle malattie infiammatorie, mentre Ernst Hafen (ETHZ) ha presentato l'iniziativa MIDATA, il cui obiettivo è quello di mettere i cittadini al centro della condivisione dei dati sanitari personali, dando loro il controllo diretto sui propri dati.
Infine, nell'ultimo intervento tematico speciale della conferenza, Christophe Dessimoz, responsabile del gruppo del SIB, ha affrontato le quattro sfide principali dei big data (volume, varietà, velocità e veridicità) in termini di ortologia e gli ultimi progressi nel campo.
Riflettori puntati sui vincitori dei SIB Awards 2018
Tra i dieci giovani ricercatori selezionati per presentare il proprio lavoro davanti a una giuria, Adithi Varadarajan, dottoranda del Proteome Informatics Group di Ginevra (responsabile del gruppo: Frédérique Lisacek), e Adithi Varadarajan, anch'essa dottoranda del gruppo Bioinformatica e Proteogenomica di Wädenswil (responsabile del gruppo: Christian Ahrens), hanno entrambe vinto il premio Best Lightening Talk Award.
Il premio Best Poster Award è andato a David Dylus, del Comparative Genomics Group di Losanna (responsabile del gruppo: Christophe Dessimoz).
Qualche informazione in più sulla loro ricerca e su di loro:
- Qual è stata la ricerca che avete presentato?
Emma Ricart: Ho presentato gli strumenti che ho sviluppato durante il mio dottorato di ricerca per studiare i peptidi non ribosomiali. NRPro è uno strumento utilizzato per analizzare la spettrometria di massa tandem di questi composti, mentre Bionotator è stato sviluppato per convertire una data struttura chimica in una rappresentazione monomerica della molecola.
Adithi Varadarajan: Durante la mia presentazione ho illustrato il mio dottorato di ricerca in proteogenomica computazionale, che ha un duplice obiettivo: 1) sviluppare un database proteogenomico integrato che copra l'intero potenziale di codifica delle proteine di un genoma procariotico e 2) renderlo disponibile come database scaricabile individualmente per la comunità di ricerca microbica.
David Dylus: Il mio poster riguardava una nuova pipeline che stiamo sviluppando chiamata read2tree. La novità sta nel fatto che saltiamo i tradizionali passaggi di assemblaggio, annotazione genica e previsione ortologica per generare direttamente un set di dati basato sui risultati sperimentali e su una serie di dati di riferimento. Nel mio poster ho presentato diversi benchmark che dimostrano che la nostra pipeline può funzionare con letture provenienti dalle tre principali tecnologie e che produce un albero quasi identico rispetto a una pipeline tradizionale.
- Quale aspetto del tuo lavoro ti piace di più?
E.R.: L'originalità che comporta lo sviluppo di nuovi strumenti utilizzando le proprie idee.
A.V.: La possibilità di utilizzare tecnologie all'avanguardia e algoritmi informatici per affrontare i misteri irrisolti nell'annotazione del genoma dei procarioti. E, inutile dirlo, il mio team di nerd e i miei colleghi!
D.D.: Trascorrere le mie giornate tra una grande varietà di attività diverse, dalla codifica e supervisione allo sviluppo di progetti, e il fatto di poterlo fare da qualsiasi luogo con accesso a Internet.
- Quando non sei davanti al computer, sei...
E.R.: Adoro il cinema, quindi probabilmente guardo un film.
A.V.: Gioco a badminton, cucino e incontro gli amici.
D.D.: Esco o viaggio.
- Un ricordo piacevole dei SIB days 2018?
E.R.: Il bellissimo cocktail party in riva al lago.
A.V.: Ho apprezzato ogni momento della conferenza, compresi i discorsi, le opportunità di networking e, naturalmente, l'indimenticabile serata di gala! Grazie al SIB per questa straordinaria opportunità.
D.D.: Tutte le discussioni che ho avuto sulla scienza con i membri del SIB e, naturalmente, i tanti bei ricordi della fantastica festa.
