"Ciò che mi motiva è il fatto che condividiamo un obiettivo comune: fornire conoscenze aperte, accurate e aggiornate a supporto della ricerca". Vi presentiamo Elisabeth Coudert, al SIB dal 2000, che guida il team Annotation Enhancements del gruppo Swiss-Prot. Da un lavoro orientato agli obiettivi a sostegno della comunità scientifica internazionale a condizioni di lavoro flessibili, scoprite cosa la motiva nel suo ruolo.
Da quando sei entrato a far parte del SIB fino alla tua attuale posizione di Team Lead Biocuration*: raccontaci un po' del tuo percorso professionale.
Dopo aver conseguito un dottorato di ricerca nel campo della chimica applicata alla biologia, sono entrato a far parte del gruppo Swiss-Prot nel 2000, due anni dopo la fondazione di Il SIB. All'epoca ero biocuratore nel programma di annotazione delle proteine procariotiche, che ho anche diretto dal 2008 al 2018. Dal 2018 sono a capo del team Annotation Enhancements. Il nostro ruolo principale è quello di sviluppare standard come ontologie (ad esempio vocabolari controllati) e strumenti a supporto dell'annotazione funzionale nelle principali risorse di conoscenza. Queste risorse includono, ad esempio, UniProtKB, la banca dati universale sulle proteine, e Rhea, un database di reazioni biochimiche curati dalla cura del nostro team. Entrambe le risorse del SIB sono riconosciute come ELIXIR Core Data Resources e sono state recentemente selezionate come Global Core Biodata Resources.
Oltre a ciò, mantengo un ruolo attivo come curatore e responsabile dei contenuti editoriali, occupandomi della garanzia della qualità e concentrandomi sull'annotazione degli enzimi per UniProtKB/Swiss-Prot e delle reazioni per Rhea.
*l'arte di generare e sintetizzare conoscenze di biologia leggibili da computer a partire dal corpus sempre crescente di pubblicazioni scientifiche
Cosa ti piace del tuo lavoro di Team Lead Biocuration nel gruppo Swiss-Prot?
Mi piace il lavoro di squadra tra curatori e sviluppatori: nulla sarebbe possibile senza l'uno o l'altro. Mi piace anche il fatto che le competenze e le abilità di tutti vengano sfruttate per costruire una conoscenza universale che è liberamente accessibile alla comunità scientifica.
Ciò che mi motiva, giorno dopo giorno, è il fatto che condividiamo un obiettivo comune: fornire conoscenze aperte, accurate e aggiornate a supporto della ricerca. Questo permette di creare un vero spirito di squadra e un sostegno reciproco.
In qualità di team leader, il mio obiettivo è garantire che tutti diano il proprio contributo nel miglior modo possibile.
Hai un esempio di un progetto di cui sei particolarmente orgoglioso?
Recentemente ho guidato la standardizzazione delle annotazioni relative ai ligandi* biologicamente rilevanti in UniProtKB. Si è trattato di un lavoro enorme che ha comportato la sostituzione delle descrizioni in formato testo libero dei dati sulle piccole molecole accumulati in decenni di lavoro di biocurazione con identificatori stabili e univoci provenienti dall'ontologia chimica ChEBI. Il set di dati migliorato e gli strumenti creati in questo progetto rendono UniProtKB ancora più interoperabile con altre risorse e consentono nuovi modi di estrarre informazioni. Questo lavoro fornisce anche una ricca fonte di ligandi per progetti di progettazione di farmaci e ha il potenziale per arricchire le previsioni della struttura delle proteine basate sull'intelligenza artificiale, come quelle di AlphaFold, che attualmente mancano di ligandi essenziali per la funzione.
Questo lavoro ha portato a una pubblicazione nel gennaio 2023 ed è stato selezionato come uno dei Remarkable Outputs del SIB per il 2022.
*Piccolo composto chimico che si lega a una proteina, ad esempio, per regolarne l'attività
Cosa ti piace particolarmente al SIB (cioè cosa rende il SIB unico come datore di lavoro)?
Lavorare al SIB significa avere l'opportunità di lavorare in un'organizzazione riconosciuta a livello internazionale, che offre strumenti e servizi di grande aiuto alla comunità scientifica. Questo è motivante! Significa anche lavorare in un ambiente flessibile e orientato all'autonomia, cosa che apprezzo molto.
