Collegare i ricercatori di tutta la Svizzera con i dati biomedici per promuovere la salute personalizzata: questo è l'obiettivo della rete informatica nazionale sicura BioMedIT, creata da SIB Istituto Svizzero di Bioinformatica in collaborazione con il Politecnico federale di Zurigo (ETH) e l'Università di Basilea. Lanciata nel 2017 nell'ambito dell'iniziativa Swiss Personalized Health Network (SPHN), la rete è ora pienamente operativa con oltre 60 progetti di ricerca nazionali e internazionali nel campo della salute, dalla previsione delle infezioni all'oncologia di precisione. Ilsuo sito web è stato lanciato ufficialmente oggi. Si tratta di un importante passo avanti nel potenziamento della ricerca sanitaria personalizzata in Svizzera.
La medicina personalizzata mira a ottimizzare la diagnosi, la prevenzione e il trattamento delle malattie sulla base delle caratteristiche individuali (molecolari, cliniche o fenotipiche) dei pazienti. La ricerca in questo campo si basa sull'accesso a una massa critica di dati eterogenei provenienti da pazienti che hanno dato il loro consenso, distribuiti tra diverse istituzioni sanitarie. BioMedIT offre ora un modo efficiente e sicuro per condurre grandi progetti multisito di questo tipo in Svizzera. Si basa su sforzi paralleli volti a rendere i dati interoperabili a livello nazionale.
Informazioni sui nodi della rete BioMedIT
I nodi BioMedIT sono nodi locali o regionali che forniscono un'infrastruttura informatica e di archiviazione sicura per la gestione e l'analisi di dati di ricerca sensibili (ad esempio dati personali pseudonimizzati o codificati). La rete BioMedIT si basa su tre nodi di questo tipo: le piattaforme scientifiche di competenza informatica sciCOREmed a Basilea, gestita dall'Università di Basilea, SENSA a Losanna, gestita al SIB in stretta collaborazione con l'Università di Losanna, e Leonhard Med a Zurigo, gestita dal Politecnico federale di Zurigo.
Collegare i ricercatori ai dati biomedici per promuovere la salute personalizzata
"BioMedIT è un ambiente informatico sicuro e all'avanguardia, creato a livello nazionale per supportare la ricerca biomedica con dati sensibili", spiega Katrin Crameri, direttrice del gruppo SIB Personalized Health Informatics di Basilea, che guida la rete BioMedIT . "Consente una ricerca innovativa che porta a nuovi progressi in medicina, attraverso la mobilitazione dei dati sanitari, la loro elaborazione e il loro sfruttamento. BioMedIT offre ai ricercatori di tutta la Svizzera un modo per utilizzare questi dati in modo collaborativo senza compromettere la privacy dei pazienti
La rete si basa su tre piattaforme scientifiche di competenza informatica, o nodi, a Basilea, Losanna e Zurigo (vedi riquadro). Dopo le fasi di configurazione e perfezionamento, la rete è ora pienamente operativa con oltre 60 progetti nazionali e internazionali legati alla salute in corso.
Il progetto BioMedIT è stato lanciato nell'ambito dell'iniziativa SPHN (Swiss Personalized Health Network), un progetto dell'Accademia Svizzera delle Scienze Mediche (SAMS) in collaborazione con il SIB. Lanciato dal Consiglio federale nel 2017, SPHN ha sviluppato le basi che consentono la ricerca con grandi insiemi di dati sanitari interoperabili in modo sicuro, etico e legale. Seleziona e finanzia inoltre progetti di ricerca multisito per testare i componenti dell'infrastruttura consolidata.
Un esempio concreto dell'utilizzo della rete BioMedIT: migliore individuazione della sepsi
Ad esempio, lo studio Personalized Swiss Sepsis Study (PSSS) mira a individuare biomarcatori che consentano la diagnosi precoce della sepsi batterica e una previsione più accurata del suo decorso, utilizzando l'apprendimento automatico. La sepsi è una delle principali cause di morte nelle unità di terapia intensiva (UTI) di tutto il mondo e la sua diagnosi precoce rimane una sfida medica. «Grazie alla rete BioMedIT, ora siamo in grado di collegare diversi tipi di dati complessi provenienti da tutta la Svizzera, dalle unità di terapia intensiva, dai laboratori e dai sistemi di diagnostica clinica. Senza questa infrastruttura nazionale, ciò non sarebbe possibile e i dati non potrebbero essere utilizzati per migliorare la diagnostica e i trattamenti personalizzati per questi pazienti gravemente malati", afferma Adrian Egli, professore presso l'Ospedale universitario di Basilea, co-responsabile del PSSS insieme al responsabile del gruppo del SIB Karsten Borgwardt, professore presso il Politecnico federale di Zurigo, Basilea.
La Svizzera è pronta ad affrontare progetti ambiziosi per migliorare l'assistenza sanitaria
Altri progetti nazionali promossi dalla rete BioMedIT e co-condotti da Il SIB includono la Swiss Variant Interpretation Platform for Oncology (SVIP-O), che mira a dedurre la rilevanza clinica delle varianti genetiche rilevate nei tumori sequenziati, una sfida globale in oncologia; e la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), che è in particolare l'hub svizzero dedicato ai dati SARS-CoV-2 che centralizza tutte le sequenze virali svizzere per accelerare il tracciamento delle varianti.
La disponibilità di un'infrastruttura come BioMedIT rende inoltre la Svizzera un partner privilegiato in progetti di ricerca internazionali con esigenze sensibili in termini di archiviazione e calcolo, come il progetto IMMUcan sul microambiente tumorale umano co-diretto da Il SIB. Questo progetto europeo mira a comprendere cosa determina la resistenza alle immunoterapie analizzando il complesso ecosistema tumorale utilizzando una serie di tipi di dati provenienti da 11 paesi (leggi l'articolo).
