Connecter les chercheurs de toute la Suisse aux données biomédicales afin de promouvoir la santé personnalisée : tel est l'objectif du réseau informatique national sécurisé BioMedIT, mis en place par le SIB Institut Suisse de Bioinformatique en collaboration avec l'ETH Zurich et l'Université de Bâle. Lancé en 2017 dans le cadre de l'initiative Swiss Personalized Health Network (SPHN), le réseau est désormais pleinement opérationnel avec plus de 60 projets de recherche nationaux et internationaux liés à la santé, allant de la prédiction des infections à l'oncologie de précision. Son site web est officiellement lancé aujourd'hui. Il s'agit d'une avancée majeure pour la recherche en santé personnalisée en Suisse.
La santé personnalisée vise à optimiser le diagnostic, la prévention et le traitement des maladies en fonction des caractéristiques individuelles (moléculaires, cliniques ou phénotypiques) des patients. La recherche dans ce domaine repose sur l'accès à une masse critique de données hétérogènes provenant de patients consentants, répartis dans différents établissements de santé. BioMedIT offre désormais un moyen efficace et sécurisé de mener à bien des projets multisites de grande envergure de ce type en Suisse. Il s'appuie sur des efforts parallèles visant à rendre les données interopérables au niveau national.
À propos des nœuds du réseau BioMedIT
Les nœuds BioMedIT sont des nœuds locaux ou régionaux qui fournissent une infrastructure informatique et de stockage sécurisée pour le traitement et l'analyse de données de recherche sensibles (par exemple, des données personnelles pseudonymisées ou codées). Le réseau BioMedIT s'appuie sur trois nœuds de ce type : les plateformes scientifiques de compétences informatiques sciCOREmed à Bâle, gérée par l'Université de Bâle, SENSA à Lausanne, gérée par le SIB en étroite collaboration avec l'Université de Lausanne, et Leonhard Med à Zurich, gérée par l'ETH Zurich.
Mettre les chercheurs en relation avec les données biomédicales afin de favoriser la santé personnalisée
“BioMedIT est un environnement informatique sécurisé et de pointe, établi à l'échelle nationale pour soutenir la recherche biomédicale traitant des données sensibles”, explique Katrin Crameri, directrice du groupe Personalized Health Informatics du SIB à Bâle, qui dirige le réseau BioMedIT. “Il permet une recherche innovante débouchant sur de nouvelles avancées médicales, grâce à la mobilisation, au traitement et à l'exploitation des données de santé. BioMedIT offre aux chercheurs de toute la Suisse un moyen d'utiliser ces données de manière collaborative sans compromettre la confidentialité des patients.
Le réseau s'appuie sur trois plateformes scientifiques de compétences informatiques, ou nœuds, situées à Bâle, Lausanne et Zurich (voir encadré). Après les phases de mise en place et de perfectionnement, le réseau est désormais pleinement opérationnel et compte plus de 60 projets nationaux et internationaux liés à la santé.
Le projet BioMedIT a été lancé dans le cadre de l'initiative SPHN (Swiss Personalized Health Network), un projet de l'Académie Suisse des Sciences Médicales (ASSM) en collaboration avec le SIB. Lancé par le Conseil fédéral en 2017, le SPHN a jeté les bases qui permettent de mener des recherches sur de grands ensembles de données de santé interopérables de manière sécurisée, éthique et légale. Il sélectionne et finance également des projets de recherche multisites afin de tester les composants de l'infrastructure mise en place.
Un exemple concret de l'utilisation du réseau BioMedIT : une meilleure détection de la septicémie
À titre d'exemple, l'étude personnalisée sur le sepsis en Suisse (PSSS) vise à trouver des biomarqueurs permettant une détection précoce du sepsis bactérien et une prédiction plus précise de son évolution, à l'aide de l'apprentissage automatique. La septicémie est l'une des principales causes de décès dans les unités de soins intensifs (USI) à travers le monde et sa détection précoce reste un défi médical. « Grâce au réseau BioMedIT, nous sommes désormais en mesure de relier plusieurs types de données complexes provenant de toute la Suisse, qu'elles proviennent d'unités de soins intensifs, de laboratoires ou de systèmes de diagnostic clinique. Sans cette infrastructure nationale, cela ne serait pas possible et les données ne pourraient pas être utilisées pour améliorer le diagnostic et les traitements personnalisés de ces patients gravement malades », explique Adrian Egli, professeur à l'Hôpital universitaire de Bâle, co-responsable du PSSS avec Karsten Borgwardt, professeur à l'ETH Zurich et responsable du groupe SIB à Bâle.
La Suisse est bien équipée pour mener à bien des projets ambitieux visant à améliorer les soins de santé
Parmi les autres projets nationaux soutenus par le réseau BioMedIT et codirigés par le SIB, citons la Swiss Variant Interpretation Platform for Oncology (SVIP-O), qui vise à déterminer la pertinence clinique des variants génétiques détectés dans des tumeurs séquencées, un défi mondial en oncologie, et la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP), qui est notamment le hub de données suisse dédié au SARS-CoV-2, centralisant toutes les séquences virales suisses afin d'accélérer le suivi des variants.
Grâce à une infrastructure telle que BioMedIT, la Suisse est également un partenaire de choix pour les projets de recherche internationaux nécessitant un stockage et des capacités de calcul sensibles, comme le projet IMMUcan sur le microenvironnement des tumeurs humaines, co-dirigé par le SIB. Ce projet européen vise à comprendre les mécanismes de résistance aux immunothérapies en analysant l'écosystème complexe des tumeurs à l'aide de différents types de données provenant de 11 pays (lire l'article).
