Il SIB e altri importanti esperti di infrastrutture e informazioni sulla biodiversità renderanno disponibili le conoscenze fondamentali sulle specie del nostro pianeta in formati FAIR, leggibili da computer e compatibili con l'intelligenza artificiale. La «roadmap di Disentis» mira a estrarre e collegare i dati e le conoscenze sulla biodiversità da circa 500 milioni di pagine di pubblicazioni scientifiche entro il 2035.
La roadmap di Disentis è stata firmata da 24 importanti collezioni di storia naturale, infrastrutture di ricerca, editori di riviste scientifiche e reti globali per la biodiversità, oltre che da altri 38 esperti individuali nei cinque continenti. Oltre al SIB, tra questi figurano il Museo Nazionale di Storia Naturale di Parigi, i Kew Royal Botanic Gardens, il Global Biodiversity Information Facility, la casa editrice Pensoft Publishers e la comunità Biodiversity Information Standards.
Migliorare la ricerca, l'accesso e il riutilizzo dei dati sulla biodiversità
Negli ultimi 300 anni gli scienziati hanno raccolto una grande quantità di dati sul mondo naturale, tra cui descrizioni delle specie, distribuzione delle specie e approfondimenti sui fattori che determinano i cambiamenti ambientali. Questi dati sono fondamentali per arrestare l'attuale crisi della biodiversità, attuare approcci One Health e addestrare modelli di IA accurati. Tuttavia, gran parte di queste conoscenze non è completamente aperta, accessibile e/o collegata. Ciò costituisce un ostacolo importante al progresso scientifico, alle politiche basate su dati concreti e alle decisioni informate.
La roadmap di Disentis è stata firmata da 24 importanti collezioni di storia naturale, infrastrutture di ricerca, editori di riviste scientifiche e reti globali per la biodiversità, oltre che da altri 38 esperti individuali nei cinque continenti. Oltre al SIB, tra questi figurano il Museo Nazionale di Storia Naturale di Parigi, i Kew Royal Botanic Gardens, il Global Biodiversity Information Facility, la casa editrice Pensoft Publishers e la comunità Biodiversity Information Standards.
La Roadmap di Disentis è un piano decennale per "liberare" questi dati dalle pubblicazioni di ricerca. Il SIB ha contribuito alla sua stesura, ne è firmataria e ne sosterrà l'attuazione nell'ambito di una collaborazione internazionale. La roadmap rientra in un ambito di lavoro più ampio del nostro gruppo di Environmental Bioinformatics volto a integrare le conoscenze sulla biodiversità e sull'ambiente provenienti da più fonti per analisi più significative e sostiene la nostra missione di sbloccare il potenziale dei biodati per consentire l'innovazione per un futuro migliore.
Un quadro scientifico aperto che collega i dati sulle nuove specie alle conoscenze pubblicate
Il progetto estrarrà informazioni da articoli PDF digitalizzati utilizzando tecnologie di text mining e flussi di lavoro di annotazione, come quelli sviluppati da Plazi, un archivio digitale di letteratura tassonomica che lavora a stretto contatto con il gruppo Text Mining al SIB. I dati sulla biodiversità ricavati dalle pubblicazioni accademiche sono resi disponibili al pubblico presso la comunità Zenodo del Biodiversity Literature Repository ospitata dal CERN. La biblioteca digitale può quindi alimentare altre piattaforme che fungono da fonti complementari fondamentali di conoscenza per la ricerca sulla biodiversità odierna, tra cui la risorsa Biodiversity PMC e altre infrastrutture di dati aperte e collegate. Questo processo consente di accedere liberamente e in tempo quasi reale ai dati sulle nuove specie e alla posizione fisica degli esemplari citati conservati, che rimangono disponibili per un accesso a lungo termine.
Gli obiettivi specifici della roadmap per il 2035 sono i seguenti:
- tutti i principali finanziatori pubblici della ricerca sulla biodiversità e gli editori accademici incoraggeranno e consentiranno la pubblicazione di dati conformi ai principi FAIR (reperibili, accessibili, interoperabili e riutilizzabili);
- le pubblicazioni incentrate sulla biodiversità saranno accessibili in formati utilizzabili dalle macchine, con tutte le parti degli articoli non protette da copyright che confluiscono in archivi di dati pubblici;
- le ricerche pubblicate sulla biodiversità saranno "completamente pronte per l'IA", ovvero disponibili apertamente per la formazione dell'IA e adeguatamente etichettate per essere acquisite da modelli di apprendimento automatico, nel rispetto dei quadri etici e giuridici appropriati;
- i finanziamenti dedicati provenienti da sovvenzioni per la ricerca e le infrastrutture saranno riservati a garantire l'accesso ai dati e alle conoscenze sulla biodiversità.
Il "Biodiversity Libroscope" finale colmerà una nicchia molto necessaria di servizi e strumenti di letteratura di nuova generazione, fornendo dati di alta qualità e altri oggetti di ricerca (come immagini, riferimenti e caratteristiche tassonomiche) sui taxa biologici, le loro relazioni tra loro e con l'ambiente, nonché il loro impatto e la loro importanza per la conservazione della natura, i servizi ecosistemici e le persone.
Il SIB porterà avanti la roadmap di Disentis attraverso progetti di ricerca collaborativa e infrastrutturali volti a definire standard minimi per le pubblicazioni utilizzabili dalle macchine, sviluppare casi d'uso empirici che dimostrino il valore della liberazione dei dati e valutare i progressi compiuti verso il raggiungimento della visione di Disentis.
Esperti di scienza dei dati uniscono le forze con editori e professionisti della biodiversità
La roadmap di Disentis è il risultato di un simposio sulla conoscenza della biodiversità tenutosi nell'agosto 2024, che ha riunito i principali esperti di biodiversità, scienza aperta e gestione dei dati, tra cui i rappresentanti del SIB, che hanno contribuito con le loro competenze in bioinformatica in materia di infrastrutture di dati, estrazione e collegamento di informazioni, considerazioni legali e utilizzo a valle dei dati.
Il simposio e la roadmap sono il seguito della Dichiarazione di Bouchout del 2014 per la gestione aperta delle conoscenze sulla biodiversità, firmata da oltre 300 istituzioni globali ed esperti di biodiversità.
