Concentrarsi sulla missione del gruppo
Per proteggere e ripristinare l'ambiente che sostiene l'umanità, dobbiamo comprenderlo. Il gruppo di Environmental Bioinformatics, guidato da Robert Waterhouse, sta sviluppando soluzioni di scienza dei dati per affrontare questa sfida. Si basa sulle capacità dell'istituto nel coordinare le risorse dati e nello sviluppare strumenti e servizi di scienza dei dati per contribuire alla conservazione e al ripristino del pianeta, affrontando la crisi globale e offrendo benefici diretti alla società.
Soddisfacendo le esigenze fondamentali in materia di raccolta, integrazione e analisi dei dati sulla biodiversità, il team fornisce strumenti e servizi a supporto di politiche e azioni basate sui dati, empiricamente informate e guidate da modelli. Contribuisce così a rafforzare la posizione della Svizzera sulle questioni ambientali a livello nazionale e internazionale.
Siamo un partner affidabile in progetti nazionali e internazionali incentrati sullo studio della biodiversità, dove mettiamo a disposizione la nostra esperienza nel coordinamento di dati genomici, osservazionali e bibliografici per supportare al meglio decisioni e politiche informate.
Soluzioni di scienza dei dati per affrontare le sfide ambientali
Il miglioramento dell'integrazione e dell'interoperabilità dei dati aumenta notevolmente il potenziale dei dati sulla biodiversità e sull'ambiente per guidare e valutare gli sforzi volti a ripristinare e proteggere gli ecosistemi vitali. Il gruppo sviluppa soluzioni di scienza dei dati, inclusi strumenti e servizi, per promuovere tre assi principali:
- la gestione della raccolta dei dati, insieme ai metadati, in archivi aperti;
- l'integrazione delle risorse per migliorare l'interoperabilità tra le piattaforme di dati sulla biodiversità;
- lo sviluppo di approcci di modellizzazione e intelligenza artificiale per sfruttare i dati ricchi e collegati per una migliore analisi.
Ciò avviene attraverso:
- Il sostegno alla FAIRificazione dei dati ambientali/sulla biodiversità e lo sviluppo delle capacità di gestione dei dati di ricerca tra i ricercatori, ad esempio ERGA Knowledge Hub;
- La promozione di sinergie tra i gruppi SIB attivi nelle scienze ambientali e nell'agricoltura.
Focus su tre tipi di dati chiave: genomica, osservazioni, letteratura
La comprensione dell'ambiente e della sua biodiversità si basa su diverse fonti di dati. Queste includono sempre più spesso dati genomici ad alta produttività provenienti dal sequenziamento del DNA (maggiori informazioni sul nostro lavoro in Biodiversity Genomics Europe) e osservazioni delle specie basate sull'analisi supportata dall'intelligenza artificiale di immagini, suoni e DNA ambientale (maggiori informazioni sul nostro lavoro in Biodiversity Meets Data). A questi si aggiunge la letteratura scientifica, una risorsa ampia ma complessa che richiede un'attenta estrazione ed elaborazione per arricchire le conoscenze sulla biodiversità (maggiori informazioni sul nostro impegno a liberare le conoscenze sulla biodiversità dalla letteratura scientifica attraverso la roadmap Disentis). Insieme, questi tre pilastri di dati danno forma alla missione del gruppo Environmental Bioinformatics del SIB, promuovendo progetti e collaborazioni in Svizzera, in Europa e a livello globale.
Collegamento con gli stakeholder nazionali e internazionali
In Svizzera e a livello internazionale, si riconosce sempre più la necessità di collegare istituti e agenzie per riunire ricercatori e professionisti e coordinare gli sforzi per affrontare le sfide ambientali. Il gruppo di Environmental Bioinformatics crea connessioni partecipando a iniziative e progetti comunitari:
- Il Progetto Earth BioGenome (EBP) mira a sequenziare, catalogare e caratterizzare i genomi di tutta la biodiversità eucariotica della Terra in un periodo di dieci anni. Robert Waterhouse presiede il suo Comitato di governance.
Scopri cosa apportiamo al progetto EBP
- L'iniziativa European Reference Genome Atlas (ERGA) è il nodo europeo dell'EBP e uno sforzo comunitario per coordinare la produzione di sequenze genomiche di riferimento di alta qualità delle specie eucariotiche in Europa. Robert Waterhouse presiede l'iniziativa ERGA.
- Il progetto Biodiversity Genomics Europe (BGE) riunisce le reti di codici a barre del DNA (iBOL Europe) e del genoma di riferimento (ERGA, vedi sopra) per accelerare l'uso della scienza genomica al fine di migliorare la comprensione della biodiversità.
- La comunità ELIXIR Biodiversity sta creando collegamenti tra le numerose infrastrutture e servizi attivi nella ricerca sulla biodiversità all'interno e all'esterno di ELIXIR. Robert Waterhouse è co-responsabile della comunità e co-responsabile dell'area prioritaria di ELIXIR "Biodiversità, sicurezza alimentare e agenti patogeni" per il programma scientifico 2024-2028.
- 2023 Biodiversity: an atlas of European reference genomes https://doi.org/10.1038/d41586-023-02229-w
- 2023 The ELIXIR Biodiversity Community: Understanding short- and long-term changes in biodiversity https://doi.org/10.12688/f1000research.133724.1
- 2023 How genomics can help biodiversity conservation https://doi.org/10.1016/j.tig.2023.01.005
- 2022 Recommendations for connecting molecular sequence and biodiversity research infrastructures through ELIXIR https://doi.org/10.12688/f1000research.73825.2
- 2022 Assessing species coverage and assembly quality of rapidly accumulating sequenced genomes https://doi.org/10.1093/gigascience/giac006
- 2022 A targeted amplicon sequencing panel to simultaneously identify mosquito species and Plasmodium presence across the entire Anopheles genus https://doi.org/10.1111/1755-0998.13436
- 2021 RADSex: A computational workflow to study sex determination using restriction site-associated DNA sequencing data https://doi.org/10.1111/1755-0998.13360
- 2021 Genus-wide characterization of bumblebee genomes provides insights into their evolution and variation in ecological and behavioral traits https://doi.org/10.1093/molbev/msaa240
- 2021 Summary Visualizations of Gene Ontology Terms With GO-Figure! https://doi.org/10.3389/fbinf.2021.638255
Membri
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