Josephine Daub – Vincitrice del premio SIB 2014 per la migliore tesi di laurea in bioinformatica in Svizzera
Josephine ha ricevuto il premio per il suo articolo intitolato "Evidence for Polygenic Adaptation to Pathogens in the Human Genome"(Prove dell'adattamento poligenico aipatogeni nel genomaumano). L'articolo è stato pubblicato nell'ambito dei suoi studi di dottorato nel team del responsabile del gruppo del SIB Laurent Excoffier presso l'Università di Berna.
Oggi Josephine lavora come post-dottoranda nel gruppo di Patrick Kemmeren presso il Princess Máxima Center for Pediatric Oncology di Utrecht (Paesi Bassi). Qui si occupa dello sviluppo di una pipeline computazionale per identificare le interazioni genetiche nel cancro infantile. Per saperne di più sul suo attuale progetto di ricerca, visitate la pagina web del gruppo Kemmeren e seguite @JoDaub su Twitter.
Informazioni sui premi al SIB Bioinformati e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori dei premi al SIB delle edizioni precedenti"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
Ero all'ultimo anno del mio dottorato di ricerca e ho ricevuto il premio Il SIB per il mio primo articolo pubblicato in questo contesto. Sono rimasto sorpreso e ovviamente molto onorato! Il mio progetto di dottorato era incentrato sull'individuazione di insiemi di geni che mostravano segnali di selezione poligenica (N.d.R.: selezione che agisce su un insieme di geni o addirittura su un intero percorso biologico) in diversi momenti della storia umana. Il primo articolo che abbiamo pubblicato esaminava il recente adattamento delle popolazioni umane, mentre gli articoli successivi risalivano più indietro nella storia per individuare prove di selezione positiva a livello di percorso nel ramo umano e nei lignaggi dei primati antenati degli esseri umani.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
Dopo aver lavorato nel campo della genomica evolutiva, recentemente ho cambiato settore passando alla genomica del cancro, dove nel mio attuale progetto cerchiamo di individuare le interazioni genetiche che svolgono un ruolo nel cancro infantile. Tuttavia, entrambi i campi di ricerca – genomica evolutiva e genomica del cancro – sono strettamente correlati, poiché il cancro è un processo evolutivo ed entrambi i campi utilizzano metodi simili per analizzare i set di dati e rispondere alle domande.
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
È difficile scegliere, ma una scoperta che ho fatto durante il mio dottorato di ricerca è stata quella che le persone di origine europea o asiatica portano nel loro genoma una parte di DNA di Neanderthal. Questa scoperta è la prova dell'esistenza di una mescolanza tra esseri umani moderni e arcaici nel passato, cosa che prima era ritenuta impossibile e che ha cambiato la nostra visione della storia dell'umanità moderna.
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
Mi piace correre (su sentieri), leggere, fare snowboard, fare escursioni e guardare belle serie TV.
Come altri hanno già detto, questo è un ottimo momento per essere un bioinformatico o un biologo computazionale, poiché si tratta di un settore in rapida crescita. Dato che le possibilità sono così tante, consiglierei di cercare di capire cosa ti piace davvero fare, dove risiede la tua passione
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
Come altri hanno già detto, questo è un ottimo momento per essere un bioinformatico o un biologo computazionale, poiché si tratta di un campo in rapida crescita. Dato che le possibilità sono così tante, consiglierei di cercare di capire cosa ti piace davvero fare, dove risiede la tua passione. Ti interessa di più risolvere una specifica questione biologica o ti piace concentrarti su determinate sfide computazionali? Come bioinformatico puoi essere in parte biologo, programmatore, analista di dati, sviluppatore di metodi, ecc. Hai qualche preferenza? Cerca di provare tutti questi aspetti all'inizio della tua carriera, in modo da poter trovare il lavoro futuro più adatto a te!
