José Aguilar-Rodríguez – Vincitore del premio il SIB 2017 per la migliore tesi di laurea in bioinformatica in Svizzera
José Aguilar-Rodríguez ha ricevuto il premio per il suo articolo “A thousand empirical adaptive landscapes and their navigability” (Mille paesaggi adattiviempirici ela loro navigabilità), basato sul lavoro svolto come dottorando nel team del responsabile del gruppo Il SIB Andreas Wagner presso l'Università di Zurigo.
Attualmente, José Aguilar-Rodríguez è ricercatore post-dottorato nel laboratorio di Dmitri Petrov presso il Dipartimento di Biologia dell'Università di Stanford e nel laboratorio di Daniel Jarosz presso il Dipartimento di Chimica e Biologia dei Sistemi della Facoltà di Medicina dell'Università di Stanford. Qui continua la sua ricerca per comprendere meglio come i genotipi si riflettono nei fenotipi, studiando come l'idoneità o l'effetto fenotipico di una mutazione sia influenzato dall'ambiente e dal background genetico in cui si verifica. Per saperne di più sul lavoro di José, visitate la sua pagina web e seguite @jaguilarrod su Twitter.
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
I miei principali interessi di ricerca sono l'evoluzione dei sistemi biologici e i principi organizzativi fondamentali della vita. Più specificamente, la mia ricerca mira a chiarire come i genotipi si riflettono sui fenotipi in diversi sistemi biologici e ha importanti conseguenze per l'evoluzione, lo sviluppo e le malattie. Questo obiettivo è sufficientemente ampio da comprendere molti dei fenomeni genetici ed evolutivi che trovo affascinanti, come la robustezza, l'evolvibilità, l'epistasi, la pleiotropia, l'eterogeneità fenotipica, il rumore dell'espressione genica o la traduzione errata delle proteine. Nella mia ricerca, cerco di incorporare la prospettiva meccanicistica della biologia dei sistemi in un quadro evolutivo. Poiché il tipo di ricerca biologica che mi piace di più è quella che unisce la sperimentazione alla teoria, sto cercando di migliorare le mie capacità sperimentali durante il mio post-dottorato senza trascurare le competenze computazionali e quantitative acquisite durante il mio dottorato di ricerca a Zurigo.
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
Gli strumenti computazionali della bioinformatica, in combinazione con le tecnologie di sequenziamento di nuova generazione, hanno apportato cambiamenti rivoluzionari in campi quali la genetica delle popolazioni, la genetica quantitativa o l'ecologia e l'evoluzione microbica. Sono state fatte così tante scoperte in questi campi grazie all'alleanza tra bioinformatica e tecnologie ad alta produttività che è impossibile evidenziarne solo una. Tuttavia, se fossi costretto a sceglierne una dalla storia della bioinformatica, sceglierei la scoperta di Zuckerkandl e Pauling all'inizio degli anni Sessanta, secondo cui le biomolecole (DNA e proteine) sono vettori di informazioni che possono essere utilizzati come "documenti della storia evolutiva" per ricostruire la "genealogia" della vita.
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
Adoro leggere libri. Ultimamente sono affascinato dall'antichità classica e ho letto soprattutto libri sull'antica Grecia, ma in generale i miei interessi di lettura sono molto vasti e spaziano dalla fantascienza alla storia della scienza. Ho una grande voglia di avventura che cerco di soddisfare viaggiando in tutto il mondo, soprattutto per visitare rovine antiche o paesaggi naturali, e ora godendomi le bellezze naturali della California mentre faccio escursioni o campeggio. Quest'estate vorrei trovare il tempo per migliorare le mie abilità di navigazione nella baia di San Francisco e imparare a fare immersioni subacquee. Mi piace anche nuotare e passare il tempo con i miei amici.
Considero la bioinformatica uno strumento molto potente che consente di fare scoperte biologiche in associazione con tecnologie sperimentali ad alta produttività
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
Considero la bioinformatica uno strumento molto potente che consente di fare scoperte biologiche in associazione con tecnologie sperimentali ad alta produttività. Pertanto, ritengo fondamentale avere una comprensione approfondita dei sistemi biologici di interesse e dei dettagli dei metodi sperimentali utilizzati per generare i dati che devono essere analizzati. In questo senso, ritengo anche molto importante non dimenticare mai che, nonostante una solida preparazione teorica o statistica, un bioinformatico dovrebbe essere innanzitutto un biologo che cerca di rispondere a domande sui sistemi viventi. E questi sono tempi davvero affascinanti per essere un biologo, con tante opportunità entusiasmanti per i giovani scienziati!
