Charles E. Vejnar – Vincitore del premio SIB 2013 per la migliore tesi di laurea in bioinformatica in Svizzera
Charles ha svolto i suoi studi di dottorato nel team del responsabile del gruppo del SIB Evgeny Zdobnov presso l'Università di Ginevra. Ha ricevuto il premio per la sua tesi di laurea intitolata "MiRmap: previsione completa della forza di repressione dei target dei microRNA".
Oggi Charles è ricercatore associato nel gruppo del Prof. Antonio Giraldez presso l'Università di Yale (USA), dove continua a studiare diversi meccanismi di regolazione post-trascrizionale dell'RNA. Per saperne di più sui progetti di ricerca di Charles nel laboratorio Giraldez, visita la loro pagina web e leggi la nostra intervista!
Ho ricevuto il premio alla fine del mio dottorato di ricerca e mi sono sentito molto orgoglioso. Mi ha dato la sensazione di entrare "dalla porta principale".
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera in fase iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
Ho ricevuto il premio alla fine del mio dottorato di ricerca e ne sono stato molto orgoglioso. Mi ha dato la sensazione di entrare "dalla porta principale", come si dice in francese, e di essere accolto in una comunità. Lavoravo nel laboratorio del Prof. Evgeny Zdobnov a Ginevra sulla regolazione post-trascrizionale dell'RNA, effettuata da un tipo specifico di RNA non codificante chiamato microRNA. Il mio interesse principale era capire come i microRNA riconoscono i loro bersagli. Per facilitare la formulazione di ipotesi nello studio della regolazione dei microRNA, abbiamo sviluppato miRmap, che prevede i bersagli dei microRNA con elevata precisione (Vejnar et al., 2012). Questo è stato l'inizio di numerose collaborazioni con sperimentatori per affrontare questioni nel campo della genomica funzionale.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
I miei interessi di ricerca si concentrano sulla biologia dell'RNA, più specificamente su come gli RNA vengono regolati a livello post-trascrizionale durante lo sviluppo degli embrioni animali. Subito dopo la fecondazione, gli RNA e le proteine depositate dalla madre regolano lo sviluppo dell'embrione. Tuttavia, nelle fasi successive dello sviluppo, l'embrione assume il controllo del proprio sviluppo. Questa transizione è molto dinamica e, in quanto tale, offre un sistema fantastico per studiare la regolazione post-trascrizionale dell'RNA in vivo utilizzando approcci genomici (Vejnar et al., bioRXiv).
Sono anche molto interessato allo sviluppo di strumenti per la biologia sperimentale. Ho avuto l'opportunità di collaborare con il dottor Moreno-Mateos nel laboratorio di Antonio per sviluppare l'algoritmo CRISPRscan, che consente agli sperimentatori di selezionare gli strumenti basati su CRISPR più efficienti per ingegnerizzare il genoma.
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
Poiché la bioinformatica viene raramente utilizzata da sola, sceglierei sicuramente le scoperte in cui la bioinformatica è associata alla genomica. L'assemblaggio del genoma umano è stato fondamentale, ma in tempi più recenti tutte le scoperte che vanno oltre la sequenza del DNA stesso sono affascinanti. Molte tecniche combinano la bioinformatica e il sequenziamento ad alta velocità per rivelare le interazioni all'interno della cromatina o il modo in cui le proteine si legano all'RNA o al DNA. Ad esempio, sono affascinato dalla nostra capacità di "vedere" i ribosomi traduttori utilizzando una tecnica chiamata"Ribosome profiling" sviluppata nel laboratorio del Prof. Jonathan Weissman. Possiamo utilizzare questa tecnica per catturare i ribosomi e studiare come decodificano gli RNA messaggeri, facendo una piccola pausa ad ogni codone.
Cosa ti piace fare nel tempo libero?
La risposta vera è probabilmente più scientifica... Ma cerco anche di nuotare e cucinare (soprattutto piatti francesi). Durante i miei viaggi nel Paese ho scoperto anche ottimi vini, che condivido con i miei amici qui negli Stati Uniti.
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
Prenditi il tempo necessario per condividere, organizzare e documentare il tuo codice. Fallo per i tuoi colleghi, ma anche perché aumenterà l'impatto del tuo lavoro, dato che più persone lo useranno e lo citeranno. Prenditi il tempo necessario per scegliere, e alla fine imparare, la tecnologia giusta per affrontare un problema. Ad esempio, sviluppare pipeline complesse con strumenti progettati per le statistiche non è efficiente, poiché esistono nuove tecnologie, come un nuovo linguaggio come Go (https://golang.org), più adatte a questi compiti.
Mi piace molto anche collaborare con gli sperimentatori. Incontrarsi il prima possibile nel corso del progetto è fondamentale per il suo successo, poiché è possibile progettare gli esperimenti e il modo in cui analizzarli. Inoltre, rende l'intero processo molto più gratificante!
