Huit ressources de données, outils logiciels et publications évaluées par des pairs exceptionnels de nos membres ont été reconnus comme SIB Remarkable Outputs, qui mettent chaque année en lumière l'excellence et la diversité des réalisations en bioinformatique en Suisse.
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Une nouvelle classe de facteurs de transcription spécifiques au contexte
GROUPE SIB IMPLIQUÉ : Laboratoire de biologie systémique et de génétique dirigé par Bart Deplancke
Description : La découverte d'une nouvelle classe de facteurs de transcription qui améliorent la régulation génétique en agissant avec d'autres régulateurs clés, sans activer ou désactiver directement les gènes, éclaire la manière dont les cellules conservent leur identité et dont les mutations génétiques peuvent perturber la régulation. Ces facteurs de transcription « contextuels » ou « amplificateurs » ouvrent de nouvelles perspectives pour comprendre les maladies et développer des thérapies géniques plus précises.
Commentaire du comité : « Cette étude constitue une avancée significative dans la compréhension de la régulation génique médiée par des amplificateurs, en identifiant les interactions entre facteurs de transcription spécifiques à un contexte. Son analyse rigoureuse des données et sa validation expérimentale minutieuse en font un article de recherche remarquable, fondé sur la bioinformatique, qui apporte un nouvel éclairage sur la régulation de l'expression génique. »
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Un ensemble de données d'entraînement pour l'IA afin de capturer les connaissances sur les enzymes
GROUPE SIB IMPLIQUÉ : Swiss-Prot dirigé par Alan Bridge
Ressource associée : EnzChemRED
Description: Comprendre le fonctionnement des enzymes est essentiel en biologie, en médecine et en sciences environnementales, mais une grande partie de ces connaissances reste cachée dans des textes scientifiques. EnzChemRED contribue à démystifier ces connaissances en fournissant un ensemble de données pouvant être utilisé pour former des modèles d'IA à l'extraction d'informations relatives aux enzymes. Cela aide les experts à maintenir à jour les bases de données biologiques et facilite la recherche et la réutilisation d'informations importantes.
Commentaire du comité : « Cette étude bien documentée présente EnzChemRED, un ensemble de données complet qui permet de détecter les interactions chimiques grâce au traitement du langage naturel, fournissant ainsi une ressource précieuse pour faire progresser la bioinformatique et l'exploration de textes. »
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Une nouvelle molécule qui permet aux bactériophages intestinaux de manipuler leurs hôtes bactériens
GROUPE SIB IMPLIQUÉ : Bioinformatique Biologie des systèmes dirigé par Christian von Mering
Ressources associées : Projet MicrobeAtlas, Actualités du SIB
Description : Ces travaux présentent une nouvelle molécule minuscule découverte dans des virus qui s'attaquent aux bactéries vivant dans l'intestin humain. Ces virus, appelés bactériophages, utilisent la molécule d'ARN pour échapper aux systèmes de défense des bactéries infectées, assurant ainsi leur prolifération.
Commentaire du comité : « Ces travaux illustrent parfaitement la bioinformatique de pointe en exploitant d'énormes ensembles de données génomiques et en appliquant des outils avancés de recherche de motifs pour découvrir plus de 1 700 variantes de théta-ribozymes jusqu'alors inconnues. C'est tout simplement brillant et cela pourrait ouvrir la voie à de nombreuses autres découvertes passionnantes. »
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Logiciel de base de données pour les séquences génomiques de pathogènes
GROUPES SIB IMPLIQUÉS : Évolution computationnelle dirigé par Tanja Stadler, Évolution microbienne dirigé par Richard Neher, Épidémiologie et évolution virale dirigé par Emma Hodcroft
Ressources connexes : LoculusDescription : Loculus est un logiciel open source permettant de créer des bases de données de séquençage de pathogènes. Ses principales fonctionnalités comprennent une interface web conviviale, des API pour les flux de travail automatisés, un moteur de recherche rapide pour les données génétiques et la gestion des versions des modifications apportées aux données. Hautement configurable, il vise à faciliter la création de portails de données ouverts et internationaux, ainsi que de plateformes nationales et de bases de données internes au sein d'un laboratoire de recherche.
Commentaire du comité : « Loculus se distingue par sa capacité à permettre un partage efficace et sécurisé des données génomiques sur les agents pathogènes, ce qui est crucial pour les réponses de santé publique aux maladies infectieuses. Grâce à un prétraitement flexible des données et à de puissantes capacités de recherche, il prend en charge l'analyse et la diffusion rapides des informations génomiques. »
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Un outil pour explorer les données métagénomiques
GROUPE SIB IMPLIQUÉ : BUGFri dirigé par Laurent Falquet
Ressource associée : MAGFlow/BIgMAG
Description : MAGFlow /BIgMAG est un outil unique qui aide les scientifiques à évaluer la qualité des génomes assemblés à partir de métagénomes (MAG) et à les classer à l'aide de caractéristiques taxonomiques. Il intègre un pipeline d'analyse orchestré avec un tableau de bord interactif qui facilite l'exploration et la comparaison des résultats de plusieurs échantillons dans une seule analyse.
Commentaire du comité : « En fournissant une solution conviviale et complète, ce travail contribue de manière significative au domaine de la bioinformatique, en particulier en améliorant l'analyse des communautés microbiennes complexes. Sa transparence, sa précision et son exécution en font une ressource très précieuse et potentiellement fondamentale. »
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Un outil pour prédire les interactions entre les lymphocytes T
GROUPES SIB IMPLIQUÉS : Cancer Immune Recognition dirigé par David Gfeller, Computer-aided Molecular Engineering dirigé par Vincent Zoete
Ressources connexes : MixTCRpred
Description : Des milliards de lymphocytes T nous protègent des infections et du cancer en reconnaissant des cibles spécifiques. Cependant, cette diversité rend difficile la détermination des cibles des lymphocytes T. C'est là qu'intervient l'IA. MixTCRpred a été développé comme un outil permettant de prédire les interactions des lymphocytes T avec des cibles virales et cancéreuses. Ce travail montre que la combinaison de méthodes expérimentales et de l'IA est cruciale pour le développement de l'immunothérapie.
Commentaire du comité sur ces travaux : « MixTCRpred aide à prédire quels récepteurs des lymphocytes T (TCR) reconnaissent des épitopes spécifiques, ce qui est important pour faire progresser l'immunothérapie. Ses performances de référence solides, sa documentation claire et son applicabilité aux données immunitaires unicellulaires en font une contribution précieuse et opportune dans ce domaine. »
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Un outil pour évaluer la qualité des données génomiques et protéomiques
GROUPE SIB IMPLIQUÉ : Génomique comparative dirigé par Christophe Dessimoz et Natasha Glover
Ressource associée : OMArk
Description : OMArk est un outil permettant d'évaluer la qualité des protéomes prédits, en identifiant les annotations génétiques manquantes ou erronées et les contaminations. Contrairement aux méthodes précédentes, OMArk vérifie non seulement les protéines qui devraient être présentes dans un génome particulier, mais aussi celles qui ne devraient pas y être. Disponible sous forme d'outil en ligne de commande et de serveur web, il fournit des résultats en moins de 30 minutes.
Commentaire du comité : « OMAk comble une lacune majeure en génomique comparative en aidant à évaluer la qualité des données génomiques et protéomiques. Il permet de mener des études phylogénétiques à grande échelle plus fiables et sensibilise à l'importance de la qualité des données, une étape essentielle pour faire progresser la recherche génomique. »
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Logiciel de simulation de l'organisation tissulaire en 3D
GROUPE SIB IMPLIQUÉ : Biologie computationnelle CoBi dirigé par Dagmar Iber
Ressource associée : SimuCell3D
Description : SimuCell3D est un logiciel gratuit, open source et peu gourmand en ressources informatiques qui permet aux chercheurs de créer des simulations 3D détaillées de tissus afin d'étudier l'organisation des cellules et la manière dont les changements dans cette organisation contribuent à la morphogenèse au cours du développement et dans le cadre de maladies.
Commentaire du comité : « Les modèles tissulaires basés sur les cellules prennent de plus en plus d'importance dans la communauté, car ils sont considérés comme apportant un avantage sans précédent à l'étude de la croissance et de la morphogenèse des tissus. Dans le cadre de la compétition visant à faire progresser ce domaine, ce travail est remarquable et marquera une évolution claire dans ce domaine. »
