Les lauréats 2023 des SIB Bioinformatics Awards ont été annoncés lors de la [BC]2 Basel Computational Biology Conference qui s'est tenue en septembre dernier. Ces prix, ouverts à candidatures internationales, récompensent trois catégories : PhD Paper, Early Career et Innovative Resource. Cette année, des travaux exceptionnels ont été récompensés, notamment dans les domaines du machine learning, de la transcriptomics et de l'organisation et l'analyse de données génomiques complexes. Une initiative qui reflète une fois de plus l'engagement sans faille du SIB à promouvoir la bioinformatique et à mettre en avant l'excellence dans ce domaine à l'échelle mondiale. Découvrez les lauréats des SIB Bioinformatics Awards de cette année et regardez leurs conférences plénières ci-dessous.
Approches innovantes pour la transcriptomique basée sur l'imagerie : Viktor Petukhov remporte le prix du meilleur article de thèse
Ce prix, dont le thème pour 2023 est « Algorithmes d'apprentissage automatique pour faire progresser la biologie spatiale », a été décerné à Viktor Petukhov pour l'article « Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics » (Segmentation cellulaire dans la transcriptomique spatiale basée sur l'imagerie), dont il est le premier auteur. Le jury international a salué « l'application magistrale de la théorie bayésienne par Viktor pour résoudre un problème épineux dans la transcriptomique basée sur l'imagerie ». Publié dans la revue Nature Biotechnology en 2022, cet article a déjà été cité plus de 40 fois. Cet article a été publié dans le cadre de son doctorat à l'université de Copenhague. Viktor est aujourd'hui consultant indépendant en intelligence artificielle.
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Une passion pour la recherche en biomédecine et un engagement en faveur de l'EDI : Maria Brbić remporte le prix Early Career Award
Pour ses recherches reliant l'apprentissage automatique et la biomédecine, ainsi que pour son « engagement fort dans des activités visant à promouvoir la diversité, l'équité et l'inclusion », Maria Brbić, professeure assistante à l'EPFL, a reçu le prix Early Career Award. Outre son expertise approfondie en apprentissage automatique, qu'elle met à profit pour faire progresser la biologie unicellulaire et découvrir de nouveaux types de cellules, Maria a joué un rôle déterminant dans la création de nouveaux cours pour son département. Elle mène également des initiatives visant à promouvoir les femmes dans l'informatique et offre des possibilités de mentorat aux étudiants issus de milieux sous-représentés.
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Faciliter la visualisation de données génomiques complexes : OpenGenomeBrowser remporte le prix Innovative Resource Award
Le prix « Innovative Resource Award » a été décerné à OpenGenomeBrowser, un outil pionnier développé par Thomas Roder et ses collègues de l'Unité interfacultaire de bioinformatique dirigée par Remy Bruggmann à l'Université de Berne. Le jury international décrit OpenGenomeBrowser comme « une excellente ressource qui vise à faciliter l'organisation et l'analyse des données génomiques en regroupant sous un même toit un certain nombre de ressources et de bases de données existantes ». Cette ressource, qui se distingue par son indépendance vis-à-vis des ensembles de données, son interface conviviale et ses outils interconnectés, permet aux utilisateurs d'effectuer diverses fonctions telles que le filtrage de génomes sur la base de métadonnées, la création d'arbres phylogénétiques et la recherche d'annotations.
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