Microbial Genomics

Hochdurchsatz-Sequenzierung des gesamten mikrobiellen Genoms und Bioinformatik

Die Gruppe für mikrobielle Genomik unter der gemeinsamen Leitung von Helena Seth-Smith und Tim Roloff Handschin bietet End-to-End-Gesamtgenomsequenzierung und computergestützte Analyse von mikrobiellen Krankheitserregern und anderen Bakterien von Interesse. Wir unterstützen die klinische Diagnostik und die Verfolgung von Krankheitserregern in Krankenhäusern, detaillierte kundenspezifische Analysen für nationale Referenzlabore, Hochdurchsatz-Genomsequenzierung für Forschungsgruppen und die Überwachung der öffentlichen Gesundheit mit robusten, reproduzierbaren Genom-Workflows.

Der Austausch von Genomdaten innerhalb der Schweiz und weltweit ist für eine effektive Epidemiologie unerlässlich. Die Gruppe für mikrobielle Genomik leistet Beiträge zu Gruppen und Netzwerken wie

• the Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP),
• dem Pathogen Data Network (PDN) unter der Leitung des SIB und
• dem miGenomeSurv-Netzwerk in der DACH-Region.

Wir entwickeln die Nextflow-Pipeline IMMense zur Analyse mikrobieller Genome. Durch die Bereitstellung von Genomen und die Mitwirkung bei der Festlegung von Daten- und Analysestandards trägt die Gruppe dazu bei, der wissenschaftlichen Gemeinschaft FAIR-Daten zur Verfügung zu stellen.

Wir erweitern ständig unsere Bioinformatik-Toolbox, um schwer zu untersuchende Mikroben und Materialien zu analysieren.