Microbial Genomics

Séquençage à haut débit du génome microbien complet et bioinformatique

Le groupe Génomique microbienne, codirigé par Helena Seth-Smith et Tim Roloff Handschin, fournit des services complets de séquençage du génome entier et d'analyse computationnelle des pathogènes microbiens et autres bactéries d'intérêt. Nous soutenons le diagnostic clinique et le suivi des agents pathogènes dans les hôpitaux, l'analyse personnalisée détaillée pour les laboratoires de référence nationaux, le séquençage à haut débit du génome pour les groupes de recherche et la surveillance de la santé publique grâce à des flux de travail génomiques robustes et reproductibles.

Le partage des données génomiques en Suisse et dans le monde entier est essentiel pour une épidémiologie efficace. Le groupe de génomique microbienne contribue à des groupes et réseaux tels que

• la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP),
• le Pathogen Data Network (PDN) dirigé par le SIB, et
• le réseau miGenomeSurv dans la région DACH.

Nous développons le pipeline Nextflow IMMense pour analyser les génomes microbiens. En contribuant aux génomes et en aidant à établir des normes en matière de données et d'analyse, le groupe aide à fournir des données FAIR à la communauté scientifique.

Nous élargissons constamment notre boîte à outils de bioinformatique afin d'analyser des microbes et des matériaux difficiles à étudier.