Microbial Genomics

Sequenziamento dell'intero genoma microbico ad alta velocità e bioinformatica

Il gruppo Microbial Genomics, co-diretto da Helena Seth-Smith e Tim Roloff Handschin, fornisce servizi completi di sequenziamento dell'intero genoma e analisi computazionale di agenti patogeni microbici e altri batteri di interesse. Supportiamo la diagnostica clinica e il tracciamento degli agenti patogeni negli ospedali, analisi personalizzate dettagliate per laboratori di riferimento nazionali, sequenziamento del genoma ad alta produttività per gruppi di ricerca e sorveglianza della salute pubblica con flussi di lavoro genomici robusti e riproducibili.

La condivisione dei dati genomici all'interno della Svizzera e in tutto il mondo è essenziale per un'epidemiologia efficace. Il gruppo Microbial Genomics contribuisce a gruppi e reti come

• la Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP),
• la Pathogen Data Network (PDN) guidata dal SIB e
• la rete miGenomeSurv nella regione DACH.

Sviluppiamo la pipeline nextflow IMMense per analizzare i genomi microbici. Contribuendo con genomi e aiutando a definire standard di dati e analisi, il gruppo aiuta a fornire dati FAIR alla comunità scientifica.

Ampliamo costantemente il nostro toolbox di bioinformatica per analizzare microbi e materiali difficili da studiare.