La resistenza agli antibiotici sta diventando un problema globale sempre più grave. La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) è uno strumento importante per monitorare e contenere batteri e virus pericolosi e resistenti agli antibiotici. Questa intervista di Alexandra Bucher è stata originariamente pubblicata nell'inserto speciale Life Science della Basler Zeitung del 2 settembre 2022. È stata modificata per motivi di lunghezza e tradotta dal tedesco.
Supplemento speciale sulle scienze della vita (02.09.22), di Alexandra Bucher (modificato per motivi di lunghezza e tradotto dal tedesco)
La piattaforma SPSP mette a disposizione dei ricercatori e dei laboratori in Svizzera e in tutto il mondo i dati genetici dei patogeni. L'obiettivo è comprendere meglio la diffusione dei batteri resistenti agli antibiotici e pericolosi e combatterli. Aitana Neves è Team Lead Data Science presso il SIB e responsabile di SPSP. In questa intervista, lei e Adrian Egli rispondono alle domande sulla piattaforma. Adrian Egli è microbiologo clinico e dirige l'Istituto di microbiologia medica dell'Università di Zurigo. È responsabile del progetto e cofondatore della SPSP.
La resistenza agli antibiotici sta aumentando in tutto il mondo. Quali sono le ragioni di questo fenomeno?
Adrian Egli: Gli antibiotici sono ampiamente utilizzati sia nella medicina umana che in quella veterinaria. Di conseguenza, gli antibiotici possono accumularsi nell'ambiente. A causa dell'uso diffuso e incontrollato, i batteri diventano resistenti e tornano all'uomo dall'ambiente e dagli animali, anche attraverso la catena alimentare. Nel corso degli anni, questo ciclo ha portato ad un aumento della resistenza agli antibiotici.
Stai anche studiando virus come il SARS-CoV-2. Perché?
Adrian Egli: Fortunatamente, i virus che causano infezioni respiratorie non sviluppano molti problemi di resistenza. Tuttavia, i virus possono causare malattie molto gravi. Quello che vogliamo sapere sui virus, in particolare sul SARS-CoV-2, è se, ad esempio, sta emergendo una nuova variante per la quale il vaccino non è più efficace. Grazie alla sorveglianza, possiamo valutare cosa sta circolando attualmente e se un vaccino è ancora efficace.
Quali sono i parallelismi tra la ricerca sui virus e quella sui batteri resistenti agli antibiotici?
Aitana Neves: In entrambi i casi, determiniamo le mutazioni nel materiale genetico dei microrganismi mediante il sequenziamento. Questo ci permette di tracciare lo sviluppo della SARS-CoV-2 o di un batterio e di monitorare le catene di trasmissione. Confrontiamo diversi isolati batterici o virali per vedere se sono correlati o meno. Studiamo l'accumulo di mutazioni nel tempo. Poi ci chiediamo quali altri fattori potrebbero favorire la trasmissione, che si tratti dell'età, del sesso o della posizione geografica, come l'appartenenza cantonale.
Quando, come e perché hai fondato la SPSP? Cos'è l'Istituto svizzero di bioinformatica e che rapporto ha con la SPSP?
Aitana Neves: Il SIB è un'organizzazione nazionale che si occupa di dati biologici e biomedici. Tutti gli ospedali e i laboratori clinici possono inviare i dati di sequenziamento al SIB, che dispone delle competenze necessarie per archiviare e gestire questi dati sensibili. Quando abbiamo incontrato Adrian Egli molti anni fa, abbiamo avuto l'idea di creare la piattaforma. Ed è così che è iniziato tutto: abbiamo riunito tutti gli istituti di ricerca e il SIB ha realizzato la piattaforma.
Come si è sviluppata la piattaforma da allora?
Adrian Egli: La pandemia di SARS-CoV-2 ha sicuramente dato una spinta alla nostra piattaforma. Ci siamo resi conto tutti quanto sia importante sapere quali varianti sono in circolazione. Inizialmente eravamo un piccolo gruppo di ricercatori. Durante la pandemia di coronavirus, altri ricercatori e laboratori si sono uniti a noi. Nel frattempo, le università e gli ospedali universitari di Basilea, Berna, Ginevra, Losanna e Zurigo e molti altri laboratori cantonali e privati hanno aderito alla SPSP. Tutti i dati di sequenziamento in Svizzera passano attraverso la SPSP.
Lei sta aiutando l'Ufficio federale della sanità pubblica (UFSP) a monitorare le varianti del coronavirus. In che modo lo sta facendo?
Aitana Neves: Da luglio 2021 tutti i laboratori privati e pubblici trasmettono le loro sequenze all'SPSP. Ciò aiuta l'UFSP, che riceve e può canalizzare tutte le informazioni genetiche sul SARS-CoV-2 da un'unica fonte centrale. L'SPSP invia un rapporto all'UFSP tre volte alla settimana. Prima di ciò, analizziamo i dati, li standardizziamo e li mettiamo in una forma che l'UFSP può utilizzare. In questo modo, l'UFSP sa dove circolano il virus e le sue varianti. L'UFSP poi raccoglie questi dati per il suo dashboard COVID-19, che aggiorna regolarmente e rende disponibile al pubblico.
SPSP contribuisce alla scienza aperta. Cosa significa?
Aitana Neves: Significa che i ricercatori di tutto il mondo possono accedere ai dati resi anonimi e in particolare alle informazioni genetiche dei microrganismi. L'SPSP è stata molto attiva nella condivisione del sequenziamento del COVID-19. Di conseguenza, la Svizzera è uno dei cinque Paesi che forniscono le sequenze SARS-CoV-2 più liberamente accessibili al mondo. Ciò posiziona la Svizzera come leader internazionale in questo settore di ricerca e contribuisce in modo significativo a una migliore comprensione della diffusione delle malattie infettive.
Guardando al futuro: cosa succederà se non riusciremo a debellare i batteri multiresistenti?
Adrian Egli: Mi piace paragonarlo al cambiamento climatico. Lo percepiamo solo gradualmente. Ma il cambiamento climatico è una realtà seria e sta aumentando lentamente ma costantemente. Anche la resistenza agli antibiotici è un problema che sta lentamente aumentando. È estremamente importante che ne prendiamo coscienza e che influenziamo l'uso degli antibiotici. Abbiamo bisogno di antibiotici in situazioni quotidiane, ad esempio in caso di taglio cesareo o quando qualcuno contrae una polmonite durante la chemioterapia. Tali trattamenti non saranno più possibili quando avremo germi multiresistenti.
