Rimanere al passo con gli ultimi progressi e le idee brillanti che emergono in un campo così diversificato come la bioinformatica è una sfida. Per fornire alla comunità bioinformatica globale un elenco dei risultati dell'anno ottenuti dagli scienziati del SIB che meritano particolare attenzione, ecco i Remarkable Outputs del SIB del 2021, selezionati dal Comitato di premiazione. Dai nuovi algoritmi per individuare i geni correlati alle malattie all'esplorazione delle origini della riproduzione sessuale, scoprite queste pubblicazioni, strumenti software, database e progetti di divulgazione.
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CoalRe: Un quadro di riferimento per l'inferenza filogenetica sulle reti di riassortimento
Gruppo coinvolto: Evoluzione computazionale, Zurigo
Risorse correlate: articolo PNAS ; in silico talk; tutorial
Il commento della commissione sul lavoro: "L'analisi dell'evoluzione in presenza di ricombinazione e riassortimento è uno dei principali problemi irrisolti della filogenetica. Si tratta di un contributo originale a un problema computazionale molto impegnativo"
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Decifrare le impronte digitali delle interazioni dalle superfici molecolari delle proteine utilizzando il deep learning geometrico
Gruppo coinvolto: Laboratorio di progettazione proteica e immunoingegneria, Losanna
Risorse correlate: tutorial; revisione approfondita
Il parere della commissione sul lavoro: "Un approccio molto interessante che sfrutta l'apprendimento automatico per analizzare le strutture proteiche. L'approccio bioinformatica sviluppato è innovativo ed essenziale per lo sviluppo di terapie efficaci"
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Annotazione degli enzimi in UniProtKB utilizzando Rhea
Gruppo coinvolto: Swiss-Prot, Ginevra
Risorse correlate: conferenza al SIB days 2020
Il commento della commissione sul lavoro: «Il passaggio dai numeri della Enzyme Commission alle reazioni Rhea rappresenta un enorme passo avanti. Non c'è dubbio che ciò faciliterà il riutilizzo e l'analisi computazionale dei percorsi metabolici e di altre bioinformatica basate sulle reazioni»
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Segni genomici che accompagnano il cambiamento alimentare verso la fitofagia nei coleotteri polifagi
Gruppi coinvolti: Genomica evolutiva-funzionale, Losanna & Bioinformatica evolutiva, Losanna & Genomica evolutiva computazionale, Ginevra
Risorse correlate: in silico talk
Il parere della commissione sul lavoro: "Gli autori hanno messo insieme un impressionante arsenale di risorse e competenze: un esempio di ciò che la biologia computazionale può realizzare. Il metodo è spiegato molto bene e facile da seguire"
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LEMMI: Una piattaforma di benchmarking continuo per classificatori metagenomici
Gruppo coinvolto: Genomica evolutiva computazionale, Ginevra
Risorse correlate: Articolo di ricerca sul genoma; preprint; pagina web
Il parere della commissione sul lavoro: "Lo strumento potrebbe diventare una risorsa preziosa per la ricerca microbica. Consente di colmare il divario dei benchmark dei classificatori metagenomici offrendo un quadro flessibile e standardizzato"
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Previsione affidabile degli epitopi HLA di classe II mediante deconvoluzione approfondita dei motivi immunopeptidomici
Gruppo coinvolto: Biologia computazionale del cancro, Losanna
Risorse correlate:
- Applicazione web di MixMHC2pred
- eseguibili (dai due strumenti sviluppati per questo progetto): MoDec e MixMHC2pred
- copertura mediatica: comunicato dell'Università di Losanna;comunicato del Ludwig Cancer Research;Nature News & ViewsIl commento della commissione sul lavoro: "Si tratta di un contributo impressionante di una biologia computazionale ben concepita che 'guida' la biologia. Sono stati compiuti sforzi notevoli per il benchmarking, il codice è disponibile e ben documentato e il lavoro è fornito anche come servizio web"
I Remarkable Outputs annuali del SIB si concentrano sui risultati ottenuti dalla comunità dei membri del SIB e sono quindi complementari ai premi del SIB, che si svolgono ogni due anni e premiano scienziati e risorse a livello nazionale e internazionale (scopri i vincitori del 2019).
