SPSP: una risorsa fondamentale per gli agenti patogeni per le agenzie di sanità pubblica e sicurezza alimentare
I rappresentanti delle agenzie governative svizzere e dell'UE hanno discusso, in...
Un nuovo quadro di riferimento per migliorare l'inferenza filogenetica sulle reti di riassortimento virale
Una visione migliorata dell' evoluzione dell'influenza con CoalRe
"La considerazione degli eventi di riassortimento riduce il bias nell'inferenza dell'influenza". In questo in silico talk, Ugnė Stolz, del SIB, membro del gruppo di Tanja Stadler presso l'ETH di Zurigo, presenta CoalRe, un framework che consente di tenere conto del riassortimento quando si inferiscono l'evoluzione del virus e le vie di infezione. In un recente articolo pubblicato su PNAS, il team ha dimostrato che questo framework consente di stimare con maggiore precisione la dimensione effettiva della popolazione e i tassi di evoluzione. CoalRe è disponibile gratuitamente come add-on al software filogenetico BEAST2.
Informazioni sulla serie di conferenze in silico – Le ultime novità nel campo della bioinformatica dagli scienziati del SIB
La serie di conferenze online in silico talks ha lo scopo di informare bioinformatici, scienziati biologici e medici sugli ultimi progressi compiuti dagli scienziati dello SIB su una vasta gamma di argomenti relativi a metodi, ricerca e risorse nel campo della bioinformatica. Iscriviti alla mailing list di in silico talks per rimanere aggiornato sugli ultimi sviluppi, ottenere approfondimenti esclusivi sui recenti articoli scientifici e scoprire come questi progressi potrebbero aiutarti nel tuo lavoro o nella tua ricerca.
Questo lavoro è stato inserito nell'ultima edizione di SIB Remarkable Outputs 2019: un elenco di opere "da leggere" prodotte dai membri del SIB nel 2019 e selezionate da un comitato composto dai leader e dai ricercatori del SIB Group
Il percorso di un'infezione virale viene solitamente dedotto da un'istantanea della popolazione virale attuale mediante il campionamento di individui infetti. Ciò consente la ricostruzione dell'albero filogenetico del virus, che offre un modo per ripercorrere la storia di un'epidemia.
Tuttavia, questo approccio deduttivo è molto più difficile per virus specifici, come l'influenza, il cui genoma è costituito da diverse molecole di RNA distinte. Questi "virus segmentati" hanno la proprietà di scambiare le diverse parti del loro genoma parentale mentre si replicano all'interno degli ospiti (eventi di riassortimento), dando origine a una progenie ibrida. Una persona infettata da due diversi ceppi del virus può quindi presentare nuovi ceppi varianti.
Per tali virus, le vie di infezione non possono più essere definite da alberi, ma da reti, per includere l'aspetto incrociato del riassortimento. A tal fine sono necessari nuovi modelli evolutivi, e CoalRe è uno di questi.
Ascoltate Ugnė mentre presenta il modello, ne dimostra l'uso per diversi ceppi di influenza A e B e vi guida attraverso un tutorial per capire come applicare ed eseguire CoalRe per i vostri set di dati.
