Pathoplexus, sviluppato da un consorzio internazionale che coinvolge tre gruppi del SIB, è un database innovativo per il sequenziamento del genoma dei virus rilevanti per la salute pubblica. Ha ricevuto il Premio Nazionale ORD 2024, che premia gli approcci innovativi al riutilizzo dei dati di ricerca in contesti interdisciplinari, collaborativi ed educativi. Congratulazioni ai team per questo importante riconoscimento.
A differenza dei database esistenti, Pathoplexus garantisce un accesso aperto e fornisce un'infrastruttura all'avanguardia per l'esplorazione e il download interattivo e programmabile dei dati. Supportata dal software open source Loculus, la piattaforma consente agli utenti di creare il proprio database. Il progetto è guidato da un consorzio di membri provenienti da 10 paesi dei cinque continenti, con contributori tra cui ricercatori al SIB dell'Istituto svizzero di medicina tropicale e salute pubblica di Basilea (Emma Hodcroft), del Politecnico federale di Zurigo (Chaoran Chen, Tanja Stadler) e dell'Università di Basilea (Richard Neher, Cornelius Roemer).
Il database si basa sul software Loculus, che è tra le risorse che contribuiscono direttamente alle missioni del nostro Centro di bioinformatica dei patogeni, lanciato a settembre.
