Scoprite i sistemi tossina-antitossina noti e ancora non caratterizzati nei vostri genomi batterici, grazie a questa pipeline di scoperta e al database

TASmania – Una nuova risorsa per i microbiologi

In questo in silico talk, Hatice Akarsu Egger del SIB presenta una nuova destinazione (computazionale) da sogno per i microbiologi: TASmania. Questa interfaccia web di facile utilizzo raccoglie oltre 2 milioni di loci Toxin-Antitoxin (TAS) putativi da oltre 41.000 assemblaggi di genomi batterici e consente agli utenti di identificare e scoprire TAS esistenti e nuovi, nonché le reti associate, in un dato genoma.

Informazioni sulla serie di conferenze in silico – Le ultime novità nel campo della bioinformatica dagli scienziati del SIB

La serie di conferenze online in silico talks ha lo scopo di informare bioinformatici, scienziati biologici e medici sugli ultimi progressi compiuti dagli scienziati dello SIB su una vasta gamma di argomenti relativi a metodi, ricerca e risorse nel campo della bioinformatica. Iscriviti alla mailing list di in silico talks per rimanere aggiornato sugli ultimi sviluppi, ottenere approfondimenti esclusivi sui recenti articoli scientifici e scoprire come questi progressi potrebbero aiutarti nel tuo lavoro o nella tua ricerca.

Altoparlante
Name:
Hatice Akarsu Egger
Institute:
Università di Friburgo
Group:

Uno strumento offre ora ai microbiologi la possibilità di scoprire TAS annotati da un set di dati di oltre 41.000 assemblaggi di genomi batterici, il più grande mai realizzato fino ad oggi. Grazie a un modello di struttura TAS sottostante flessibile, TASmania recupera anche risultati che non vengono rilevati da altri strumenti, che si basano su modelli più rigidi. In questo in silico talk, Hatice Akarsu Egger, ricercatrice post-dottorato presso il Bioinformatica Unraveling Group di Laurent Falquet all'Università di Friburgo, offre una breve panoramica su cosa sono i TAS prima di descrivere il modello sottostante di TASmania e fornire esempi di come questa risorsa può essere utilizzata.

Video
Duration:
13 minutes 44 seconds
Licenza:

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Un veleno e il suo antidoto, racchiusi nel genoma

Il sistema tossina-antitossina (TAS) è uno degli affascinanti trucchi che la natura ha escogitato per dare ai procarioti la capacità di affrontare situazioni particolari, come lo stress. Si tratta di coppie di geni adiacenti, uno che codifica un "veleno" (la tossina), l'altro che codifica il corrispondente antidoto (l'antitossina). Quando tutto va bene, la tossicità è controbilanciata dall'effetto dell'antitossina, ma in condizioni di stress la tossina viene rilasciata, causando una serie di effetti negativi per la cellula, dall'arresto della crescita cellulare al suicidio cellulare. Il TAS è quindi coinvolto in una serie di meccanismi, dallo stress nutrizionale alle dinamiche del biofilm o alla resistenza agli antibiotici. È quindi interessante dal punto di vista evolutivo, clinico e biotecnologico.

Reference(s)

Akarsu H et al. TASmania: un database sui sistemi tossina-antitossina batterici. PLoS Comput Biol. 2019.

DOI:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31022176

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