À mesure que les possibilités d'acquisition de données pour étudier le cancer s'élargissent, les méthodes utilisées pour étudier et révéler la nature de cette maladie complexe se multiplient. Les progrès réalisés dans le domaine de l'immunothérapie par des chercheurs cliniques en Suisse en sont une illustration récente. Ces avancées ont été rendues possibles grâce à l'expertise des scientifiques du SIB en matière d'analyse des données d'expression unicellulaire. Découvrez comment nos experts soutiennent la recherche en oncologie.
Désamorcer la résistance des tumeurs aux immunothérapies
Trois résultats clés issus de collaborations entre des scientifiques du SIB de l'unité Translational Data Science (TDS) du groupe de Raphael Gottardo au CHUV et des chercheurs cliniques de l'EPFL, du Ludwig Cancer Research Institute, de Roche et de l'Université de Genève sont les suivants : 1) l'identification d'une protéine clé qui aide les tumeurs à échapper aux attaques du système immunitaire [1], 2) une combinaison de médicaments qui brise la résistance au cancer [2], et 3) l'identification du moment le plus approprié de la journée pour renforcer l'efficacité des immunothérapies [3]. Ces résultats ont été mis en avant dans trois publications de renom, respectivement dans Science, Immunity et Nature.
Étudier le cancer à l'échelle d'une seule cellule
Le séquençage d'ARN unicellulaire permet d'évaluer les changements dans l'expression génétique au niveau de chaque cellule dans les tumeurs et d'autres types de tissus. Par exemple, des stratégies de prévention et des traitements ciblés peuvent être conçus en mettant en évidence les mécanismes utilisés par les cellules tumorales pour développer une résistance aux médicaments.
La science des données unicellulaires au service des découvertes
Pour soutenir les projets de recherche, l'équipe TDS s'appuie sur son expertise approfondie dans l'analyse des données de séquençage d'ARN unicellulaire et de TCR (voir encadré) afin d'étudier les interactions cellulaires et d'effectuer des analyses de survie à l'aide de bases de données publiques telles que The Cancer Genome Atlas. « Nous sommes très fiers de pouvoir mettre nos compétences au service des progrès de la recherche en oncologie », déclare Nadine Fournier, directrice adjointe de TDS. « Nous sommes impatients de réaliser de nouvelles avancées dans le domaine de la santé grâce aux services que nous proposons pour analyser d'autres types de données, notamment CyTOF, la cytométrie en flux spectral et la transcriptomique spatiale. »
Une gamme d'expertises au service du diagnostic et de la recherche contre le cancer
L'analyse de données unicellulaires n'est qu'un des moyens utilisés par la bioinformatique suisse pour soutenir les progrès en oncologie. Elle comprend également le développement de logiciels de diagnostic clinique en partenariat avec des hôpitaux afin de rationaliser et d'automatiser l'analyse des tumeurs des patients (p. ex. Oncobench®). De plus, l'intégration de plusieurs types de données (cliniques, profilage moléculaire et données spatiales cellulaires, par exemple) aide à comprendre comment le système immunitaire et les tumeurs interagissent, ainsi que l'impact des interventions thérapeutiques (par exemple, le grand consortium public-privé IMMUcan).
Reference(s)
Zeng et al. (2022) L'hyperexpression anormale de la protéine de liaison à l'ARN FMRP dans les tumeurs favorise l'évasion immunitaire. Science.
Tichet et al. (2023) Le bispécifique PD1-IL2v et anti-PD-L1 brise la résistance immunitaire tumorale en renforçant les lymphocytes T CD8+ réactifs aux tumeurs de type souche et en reprogrammant les macrophages. Immunity.
Wang et al. (2022) Les cellules dendritiques dirigent les réponses immunitaires anti-tumorales circadiennes. Nature.
