Se concentrer sur la mission du groupe
L'équipe Swiss-Prot, dirigée par Alan Bridge, excelle dans l'art de générer des connaissances biologiques lisibles par machine à partir d'un corpus toujours croissant de publications scientifiques. Elle exploite la puissance du deep learning pour accélérer le tri de la littérature et l'extraction d'informations, fournissant ainsi aux utilisateurs les preuves les plus précises et les plus informatives en temps opportun.
En tant qu'experts reconnus dans le domaine de la biocuration et de la gestion des connaissances, nous développons, annotons et maintenons des ressources de connaissances utilisées à l'échelle internationale. Nos activités sont essentielles à la révolution de l'IA en biologie, car elles fournissent des ensembles de données fiables et structurés pour les modèles de training.
Biocuration et développement de logiciels
Notre équipe de bio-curateurs et de développeurs logiciels annote, maintient et développe une gamme de ressources de connaissances de renommée internationale, sélectionnées par des experts :
- Les ressources du SIB UniProtKB/Swiss-Prot, la ressource d'informations sur les protéines la plus utilisée au monde, et Rhea, la base de données des réactions biochimiques, sont reconnues comme Global Core Data Resources et ELIXIR Core Data Resources.
En savoir plus sur les logiciels et bases de données ouverts du SIB
- La HAMAP et PROSITE etENZYME base de données de nomenclature des enzymes, les SwissLipids base de données sur les structures lipidiques et les connaissances biologiques, la ViralZone portail, et SwissBioPics, une ressource d'images cellulaires interactives.
- Le groupe participe au développement et à la maintenance de nombreux outils d'analyse des protéines répertoriés sur Expasy, le portail suisse de ressources en bioinformatique.
L'équipe soutient le développement d'outils et de ressources destinés aux chercheurs et aux cliniciens. Un exemple en est la plateforme Plateforme SVIP-O qui offre une interprétation harmonisée, revue par des cliniciens, des variants trouvés chez les patients atteints de cancer afin de soutenir la recherche clinique.
En savoir plus sur notre offre en matière de biocuration et de développement de logiciels
Soutenir l'IA grâce à des connaissances biologiques lisibles par machine
Les bases de connaissances telles que UniProtKB sont un élément essentiel de l'écosystème de l'IA ; les connaissances biologiques collectives qu'elles contiennent, sous forme de voies métaboliques, d'ontologies et de réseaux, peuvent être utilisées pour créer des modèles généralisables et interprétables qui révèlent des mécanismes biologiques exploitables.
La partie d'UniProt révisée par des experts est par exemple utilisée comme ensemble de training fiable pour les modèles linguistiques à grande échelle (LLM), afin de soutenir la conception de nouvelles protéines dotées des fonctions souhaitées (source : Nature biotechnology article, 2023).
- UniProt Consortium. UniProt : la base de connaissances universelle sur les protéines en 2025. Nucleic Acids Research, volume 53, numéro D1, 6 janvier 2025, D609–D617, https://doi.org/10.1093/nar/gkae1010
- Feuermann M, Gaudet P. Interpreting Gene Ontology Annotations Derived from Sequence Homology Methods. Methods Mol Biol. 2024:2836:285-298. doi: 10.1007/978-1-0716-4007-4_15.
- Lai PT, Coudert E, Aimo L, Axelsen K, Breuza L, de Castro E, Feuermann M, Morgat A, Pourcel L, Pedruzzi I, Poux S, Redaschi N, Rivoire C, Sveshnikova A, Wei CH, Leaman R, Luo L, Lu Z, Bridge A. EnzChemRED, un riche ensemble de données d'extraction de relations chimiques enzymatiques. Sci Data 9 septembre 2024 ; 11(1) : 982. doi : 10.1038/s41597-024-03835-7.
- Ross KE, Bastian FB, Buys M, Cook CE, D'Eustachio P, Harrison M, Hermjakob H, Li D, Lord P, Natale DA, Peters B, Sternberg PW, Su AI, Thakur M, Thomas PD, Bateman A, UniProt Consortium. Perspectives sur le suivi de la réutilisation des données dans les ressources de données biologiques. Bioinformatics Advances, 25 avril 2024, 4(1):vbae057. https://doi.org/10.1093/bioadv/vbae057.
- Membres du groupe RDF de l'Institut Suisse de Bioinformatique SIB. Le web sémantique des données de l'Institut Suisse de Bioinformatique SIB. Nucleic Acids Res. 5 janvier 2024 ; 52(D1) : D44-D51. doi : 10.1093/nar/gkad902.
- Witting M, Malik A, Leach A, Bridge A, Aimo L, Conroy MJ, O'Donnell VB, Hoffmann N, Kopczynski D, Giacomoni F, Paulhe N, Gassiot AC, Poupin N, Jourdan F, Bertrand-Michel J. Défis et perspectives pour la dénomination des lipides dans le contexte de la lipidomique. Métabolomique. 24 janvier 2024 ; 20(1) : 15. doi : 10.1007/s11306-023-02075-x.
- Consortium UniProt. UniProt : la base de connaissances universelle sur les protéines en 2025. Nucleic Acids Research. Novembre 2024 ;. DOI : 10.1093/nar/gkae1010.
- Bowler-Barnett EH, Fan J, Luo J, Magrane M, Martin MJ, Orchard S, UniProt Consortium. UniProt et la protéomique basée sur la spectrométrie de masse : une relation de travail à double sens. Mol Cell Proteomics. Août 2023 ; 22(8) : 100591. doi: 10.1016/j.mcpro.2023.100591. Publication électronique 8 juin 2023. Revue.
- Coudert E, Gehant S, de Castro E, Pozzato M, Baratin D, Neto T, Sigrist CJA, Redaschi N, Bridge A ; UniProt Consortium. Annotation de ligands biologiquement pertinents dans UniProtKB à l'aide de ChEBI. Bioinformatique. 1er janvier 2023 ; 39(1) : btac793. doi : 10.1093/bioinformatics/btac793.
- Gene Ontology Consortium. La base de connaissances Gene Ontology en 2023. Génétique. 4 mai 2023 ; 224(1) : iyad031. doi : 10.1093/genetics/iyad031.
- Insana G, Ignatchenko A, Martin M, Bateman A, UniProt Consortium. MBDBMetrics : un outil métrique en ligne pour mesurer l'impact des resources de données biologiques. Bioinform Adv. 2023 ; 3(1) : vbad180. doi : 10.1093/bioadv/vbad180. eCollection 2023.
- Lussi YC, Magrane M, Martin MJ, Orchard S, UniProt Consortium. Recherche et navigation dans les bases de données UniProt. Curr Protoc. Mars 2023 ; 3(3) : e700. doi : 10.1002/cpz1.700.
- Ni Z, Wölk M, Jukes G, Mendivelso Espinosa K, Ahrends R, Aimo L, Alvarez-Jarreta J, Andrews S, Andrews R, Bridge A, Clair GC, Conroy MJ, Fahy E, Gaud C, Goracci L, Hartler J, Hoffmann N, Kopczyinski D, Korf A, Lopez-Clavijo AF, Malik A, Ackerman JM, Molenaar MR, O'Donovan C, Pluskal T, Shevchenko A, Slenter D, Siuzdak G, Kutmon M, Tsugawa H, Willighagen EL, Xia J, O'Donnell VB, Fedorova M. Guiding the choice of informatics software and tools for lipidomics research applications. Nat Methods. Février 2023 ; 20(2) : 193-204. doi : 10.1038/s41592-022-01710-0. Publication électronique : 21 décembre 2022.
- UniProt Consortium. UniProt : la base de connaissances universelle sur les protéines en 2023. Nucleic Acids Research. Janvier 2023 ; 51(D1) : D523-D531. DOI : 10.1093/nar/gkac1052.
- Yamada T, Maeda M, Nagai H, Salamin K, Chang Y-T, Guenova E, Feuermann M, Monod M . Deux types différents de séquences en tandem interviennent dans la surexpression de TinCYP51B chez Trichophyton indotineae résistant aux azoles. Antimicrob Agents Chemother 15 novembre 2023 ; 67(11) : e0093323. doi : 10.1128/aac.00933-23. Publication électronique 12 octobre 2023.
- Zaru R, Orchard S, UniProt Consortium. Outils UniProt : BLAST, Align, Peptide Search et ID Mapping. Curr Protoc. Mars 2023 ; 3(3) : e697. doi : 10.1002/cpz1.697.
- Bansal P, Morgat A, Axelsen KB, Muthukrishnan V, Coudert E, Aimo L, Hyka-Nouspikel N, Gasteiger E, Kerhornou A, Neto TB, Pozzato M, Blatter MC, Ignatchenko A, Redaschi N, Bridge A. Rhea, la base de connaissances sur les réactions en 2022. Nucleic Acids Res. 7 janvier 2022 ; 50(D1) : D693-D700. doi : 10.1093/nar/gkab1016.
- Le Mercier P, Bolleman J, de Castro E, Gasteiger E, Bansal P, Auchincloss AH, Boutet E, Breuza L, Casals-Casas C, Estreicher A, Feuermann M, Lieberherr D, Rivoire C, Pedruzzi I, Redaschi N, Bridge A. SwissBioPics - une bibliothèque interactive d'images cellulaires pour la visualisation des données de localisation subcellulaire. Base de données (Oxford). 12 avril 2022 : 2022 : baac026. doi : 10.1093/database/baac026.
- Paysan-Lafosse T, Blum M, Chuguransky S, Grego T, Pinto BL, Salazar GA, Bileschi ML, Bork P, Bridge A, Colwell L, Gough J, Haft DH, Letunić I, Marchler-Bauer A, Mi H, Natale DA, Orengo CA, Pandurangan AP, Rivoire C, Sigrist CJA, Sillitoe I, Thanki N, Thomas PD, Tosatto SCE, Wu CH, Bateman A. InterPro en 2022. Nucleic Acids Res. 6 janvier 2023 ; 51(D1) : D418-D427. doi : 10.1093/nar/gkac993.
- Yamada T, Yaguchi T, Maeda M, Alshahni MM, Salamin K, Guenova E, Feuermann M, Monod M. Amplification génétique du CYP51B : un nouveau mécanisme de résistance aux composés azolés chez Trichophyton indotineae. Antimicrob Agents Chemother. 21 juin 2022 ; 66(6) : e0005922. doi : 10.1128/aac.00059-22. Publication électronique : 12 mai 2022.
- Feuermann M, Boutet E, Morgat A, Axelsen KB, Bansal P, Bolleman J, de Castro E, Coudert E, Gasteiger E, Géhant S, Lieberherr D, Lombardot T, Neto TB, Pedruzzi I, Poux S, Pozzato M, Redaschi N, Bridge A, au nom du consortium UniProt. Diverses taxonomies pour diverses chimies : représentation améliorée du métabolisme des produits naturels dans UniProtKB. Métabolites [Internet]. 12 janvier 2021 ; 11(1). Disponible à l'adresse : http://dx.doi.org/10.3390/metabo11010048.
- Hufsky F, Lamkiewicz K, Almeida A, Aouacheria A, Arighi C, Bateman A, Baumbach J, Beerenwinkel N, Brandt C, Cacciabue M, Chuguransky S, Drechsel O, Finn RD, Fritz A, Fuchs S, Hattab G, Hauschild AC, Heider D, Hoffmann M, Hölzer M, Hoops S, Kaderali L, Kalvari I, von Kleist M, Kmiecinski R, Kühnert D, Lasso G, Libin P, List M, Löchel HF, Martin MJ, Martin R, Matschinske J, McHardy AC, Mendes P, Mistry J, Navratil V, Nawrocki EP, O'Toole ÁN, Ontiveros-Palacios N, Petrov AI, Rangel-Pineros G, Redaschi N, Reimering S, Reinert K, Reyes A, Richardson L, Robertson DL, Sadegh S, Singer JB, Theys K, Upton C, Welzel M, Williams L, Marz M. Stratégies informatiques pour lutter contre la COVID-19 : outils utiles pour accélérer la recherche sur le SARS-CoV-2 et les coronavirus. Brief Bioinform. 22 mars 2021 ; 22(2) : 642-663. doi : 10.1093/bib/bbaa232.
- Consortium UniProt. UniProt : la base de connaissances universelle sur les protéines en 2021. Nucleic Acids Res. 8 janvier 2021 ; 49(D1) : D480-D489. doi : 10.1093/nar/gkaa1100
- Wang Y, Wang Q, Huang H, Huang W, Chen Y, McGarvey PB, Wu CH, Arighi CN, UniProt Consortium. Une plateforme ouverte de crowdsourcing pour la curation de la littérature dans UniProt. PLoS biology. Décembre 2021 ; 19(12) : e3001464. DOI : 10.1371/journal.pbio.3001464.
- Yamada T, Yaguchi T, Salamin K, Guenova E, Feuermann M, Monod M. MFS1, un transporteur pléiotropique chez les dermatophytes qui joue un rôle clé dans leur résistance intrinsèque au chloramphénicol et au fluconazole. J Fungi (Bâle). 7 juillet 2021 ; 7(7) : 542. doi : 10.3390/jof7070542.
- Yamada T, Yaguchi T, Tamura T, Pich C, Salamin K, Feuermann M, Monod M. Résistance à l'itraconazole de Trichophyton rubrum médiée par le transporteur ABC TruMDR2. Mycoses. Août 2021 ; 64(8) : 936-946. doi : 10.1111/myc.13286. Publication électronique 25 avril 2021.
- Bolleman J, de Castro E, Baratin D, Gehant S, Cuche BA, Auchincloss AH, Coudert E, Hulo C, Masson P, Pedruzzi I, Rivoire C, Xenarios I, Redaschi N, Bridge A. HAMAP as SPARQL rules-A portable annotation pipeline for genomes and proteomes. Gigascience 2020, 9(2):giaa003. doi: 10.1093/gigascience/giaa003
- Breuza L, Arighi CN, Argoud-Puy G, Casals-Casas C, Estreicher A, Famiglietti ML, Georghiou G, Gos A, Gruaz-Gumowski N, Hinz U, Hyka-Nouspikel N, Kramarz B, Lovering RC, Lussi Y, Magrane M, Masson P, Perfetto L, Poux S, Rodriguez-Lopez M, Stoeckert C, Sundaram S, Wang L-S, Wu E, Orchard S, IMEx Consortium, UniProt Consortium : Une approche coordonnée des ressources bioinformatiques du domaine public pour aider à lutter contre la maladie d'Alzheimer grâce à la sélection par des experts de protéines cibles clés. J. Alzheimers Dis. 2020. doi : 10.3233/JAD-200206
- Bye-A-Jee H, Zaru R, Magrane M, Orchard S, UniProt Consortium. Complexes phosphatases de Caenorhabditis elegans dans UniProtKB et Complex Portal. FEBS J. 2020, 287: 2664-2684. doi: 10.1111/febs.15213
- Drysdale R, Cook CE, Petryszak R, Baillie-Gerritsen V, Barlow M, Gasteiger E, Gruhl F, Haas J, Lanfear J, Lopez R, Redaschi N, Stockinger H, Teixeira D, Venkatesan A ; Elixir Core Data Resource Forum ; Blomberg N, Durinx C, McEntyre J. The ELIXIR Core Data Resources : infrastructure fondamentale pour les sciences de la vie. Bioinformatique. 15 avril 2020 ; 36(8) : 2636-2642. doi : 10.1093/bioinformatics/btz959.
- MacDougall A, Volynkin V, Saidi R, Poggioli D, Zellner H, Hatton-Ellis E, Joshi V, O'Donovan C, Orchard S, Auchincloss AH, Baratin D, Bolleman J, Coudert E, de Castro E, Hulo C, Masson P, Pedruzzi I, Rivoire C, Arighi C, Wang Q, Chen C, Huang H, Garavelli J, Vinayaka CR, Yeh LS, Natale DA, Laiho K, Martin M, UniProt Consortium. UniRule : une ressource de règles unifiées pour l'annotation automatique dans la base de connaissances UniProt. Bioinformatique 2020. doi : 10.1093/bioinformatics/btaa485
- Morgat A, Lombardot T, Coudert E, Axelsen K, Batista Neto T, Gehant S, Bansal P, Bolleman J, Gasteiger E, de Castro E, Baratin D, Pozzato M, Xenarios I, Poux S, Redaschi N, Bridge A, UniProt Consortium. Annotation des enzymes dans UniProtKB à l'aide de Rhea. Bioinformatique 2020, 36(6) : 1896-1901. doi : 10.1093/bioinformatics/btz817
- Porras P, Barrera E, Bridge A, Del-Toro N, Cesareni G, Duesbury M, Hermjakob H, Iannuccelli M, Jurisica I, Kotlyar M, Licata L, Lovering RC, Lynn DJ, Meldal B, Nanduri B, Paneerselvam K, Panni S, Pastrello C, Pellegrini M, Perfetto L, Rahimzadeh N, Ratan P, Ricard-Blum S, Salwinski L, Shirodkar G, Shrivastava A, Orchard S. Vers un ensemble de données ouvertes et unifiées sur les interactions moléculaires. Nat Commun. 1er décembre 2020 ; 11(1) : 6144. doi : 10.1038/s41467-020-19942-z
- Touré V, Vercruysse S, Acencio ML, Lovering RC, Orchard S, Bradley G, Casals-Casas C, Chaouiya C, Del-Toro N, Flobak Å, Gaudet P, Hermjakob H, Hoyt CT, Licata L, Lægreid A, Mungall CJ, Niknejad A, Panni S, Perfetto L, Porras P, Pratt D, Saez-Rodriguez J, Thieffry D, Thomas PD, Türei D, Kuiper M. Informations minimales sur une déclaration causale d'interaction moléculaire (MI2CAST). Bioinformatique 2020. doi : 10.1093/bioinformatics/btaa622
- Wood V, Carbon S, Harris MA, Lock A, Engel SR, Hill DP, Van Auken K, Attrill H, Feuermann M, Gaudet P, Lovering RC, Poux S, Rutherford KM, Mungall CJ. Term Matrix : un nouveau système de contrôle de la qualité des annotations de la Gene Ontology basé sur les modèles de co-annotation des termes ontologiques. Open Biol. Septembre 2020 ; 10(9) : 200149. doi : 10.1098/rsob.200149. Publication électronique : 2 septembre 2020.
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