À l'ère des données, la quantité de données biomédicales et biologiques augmente de manière exponentielle. Ces données sont souvent stockées dans des silos, dispersées et très hétérogènes. Ces problèmes entravent la (ré)utilisation et l'échange des données, et donc les progrès et les avancées dans les domaines des sciences de la vie et de la recherche en matière de santé. Le groupe de réflexion sur le web sémantique des données travaille à l'élaboration de solutions communes pour l'intégration transparente des ensembles de données et des bases de données en sciences de la vie, ainsi que pour leur mise en conformité avec les principes FAIR.
À propos du Web sémantique des données
Le Web sémantique fournit un cadre commun qui permet le partage et la réutilisation des données entre les applications, les entreprises et les communautés. Il repose sur le Resource Description Framework (RDF), un modèle de données graphiques. En savoir plus
Des silos de données à un Web sémantique des données
Les données relatives aux sciences de la vie sont intrinsèquement hétérogènes, par exemple en termes de formats, de modélisation, de stockage, de modes d'accès et de sémantique. Cette hétérogénéité rend très difficile la découverte et l'intégration transparente des données, qui sont essentielles pour mettre au jour les processus et les modèles biologiques.Le « groupe de réflexion sur le web sémantique des données » vise à construire un web sémantique de données biologiques et biomédicales (voir encadré) afin de favoriser l'intégration et la réutilisabilité des données de recherche. Ce web de données peut inclure des ensembles de données privés et publics de manière souple. Rendre les données FAIR est une condition préalable à la réussite.
À propos des groupes de discussion du SIB
Les groupes de réflexion ont pour objectif de favoriser les échanges de connaissances et les collaborations au sein de la communauté des 900 membres du SIB, autour de thèmes scientifiques spécifiques et/ou transversaux, allant du séquençage unicellulaire à l'égalité, la diversité et l'inclusion. Voir tous les groupes de réflexion
Un groupe de réflexion dédié à l'échelle du SIB
Lancé en 2022, ce groupe de réflexion est un groupe de R&D très dynamique composé de plus de 30 membres issus de plusieurs groupes du SIB, qui se réunit tous les deux mois pour discuter des technologies, des défis et des solutions récents liés au RDF. Leurs dernières réalisations sont communiquées par la co-rédaction et la publication d'articles de recherche, des réunions externes et des présentations lors de conférences. Par exemple, un an après le lancement de ce groupe de réflexion, un article a été publié dans le numéro de la base de données Nucleic Acids Research (voir référence 1 : https://doi.org/10.1093/nar/gkad902).
Membres coordinateurs du groupe de réflexion :
- Tarcisio Mendes de Farias (président), responsable de la représentation des connaissances
- Ana Claudia Sima, Responsable de la représentation des connaissances
- Marco Pagni, chef d'équipe, biologie computationnelle
- Jerven Bolleman, ingénieur logiciel principal
Vous êtes membre du SIB et souhaitez rejoindre le groupe ? Contactez Tarcisio Mendes
RÉFÉRENCES
- Membres du groupe RDF du SIB, Le SIB Institut Suisse de Bioinformatique Le web sémantique des données, Nucleic Acids Research 2023. DOI : 10.1093/nar/gkad902
- Bolleman J. et al, Une vaste collection de paires question-réponse en bioinformatique sur des graphes de connaissances fédérés : méthodologie et applications, GigaScience 2025, DOI : 10.1093/gigascience/giaf045