Oggi in Svizzera, la maggior parte dei tumori cancerosi viene sequenziata per caratterizzarne il profilo molecolare e decidere il trattamento più appropriato. Tuttavia, non tutte le mutazioni genetiche riscontrate nei tumori hanno la stessa rilevanza clinica. La Swiss Variant Interpretation Platform for Oncology (SVIP-O) è stata lanciata da Il SIB, ETH Zurich e HES-SO per offrire ai medici un'interpretazione armonizzata delle varianti tumorali. SVIP-O, ora disponibile nella sua prima versione pubblica, è finanziata dal progetto BioMedIT e dalla Swiss Personalized Health Network (SPHN). Si tratta di uno dei primi progetti di sviluppo infrastrutturale della SPHN ad essere operativo.
Prova di fattibilità per lo scambio sicuro di dati sanitari in Svizzera
La Swiss Variant Interpretation Platform for Oncology (SVIP-O) mira a fornire una risorsa centrale sicura che consenta a medici e ricercatori di interpretare le varianti tumorali clinicamente verificate e identificare quelle realmente significative. Il progetto è finanziato da SPHN e BioMedIT come "progetto di sviluppo infrastrutturale", e per una buona ragione: "SVIP-O ha rappresentato una sfida importante in termini di sicurezza, perché i dati clinici dei pazienti associati alle varianti stesse possono essere ospitati solo su un'infrastruttura ultra-sicura", spiega Valérie Barbié, Responsabile del gruppo di Clinical Bioinformatics al SIB e co-ricercatrice principale del progetto. "Il progetto ha quindi contribuito a gettare le basi per la protezione dei dati sanitari sensibili in Svizzera attraverso l'infrastruttura BioMedIT".
«SVIP-O non è un progetto di ricerca in senso classico, ma piuttosto un'iniziativa nazionale di miglioramento della qualità, in cui i medici convalidano congiuntamente le annotazioni delle varianti e le utilizzano nella diagnostica di routine. Inoltre, questi dati clinicamente convalidati saranno messi a disposizione in modo strutturato ed efficiente ai ricercatori di tutto il mondo», afferma Daniel Stekhoven, direttore di NEXUS Personalized Health Technologies, ETH Zurigo, e co-ricercatore principale del progetto.
Dai singoli dati NGS alle interpretazioni armonizzate
Il cancro è caratterizzato da diverse mutazioni nel DNA del tumore. Alcune hanno un effetto minimo, limitandosi a preparare il terreno per la successiva, ma a volte anche una sola modifica aminoacidica può alterare la struttura tridimensionale di una proteina. Ciò può quindi alterarne la funzione, come il controllo della divisione cellulare, causando lo sviluppo incontrollato delle cellule cancerose.
Come funziona SVIP-O nella pratica? Attualmente, il servizio è disponibile in una versione pubblica 1.0. Offre una sintesi delle annotazioni pubbliche provenienti da risorse consolidate e alcune annotazioni curate in curazione da SVIP.
In definitiva, le varianti individuate dal sequenziamento di nuova generazione nei tumori dei pazienti, ad esempio melanoma o cancro al seno, saranno inserite in SVIP-O dai medici, insieme ai dati clinici, come l'età o il sesso, aumentando così costantemente la base di conoscenze. Allo stesso tempo, ai medici saranno forniti rapporti in tempo reale sulle annotazioni delle varianti clinicamente validate per tutte le varianti individuate nei loro pazienti.
"In caso di discrepanze con le annotazioni delle varianti provenienti da altre risorse, o quando non è chiaro cosa possa significare una variante non comune, la curazione della letteratura specialistica, supportata da strumenti di text mining, fornirà un'annotazione preliminare basata su prove scientifiche e proporrà una probabile interpretazione clinica", spiega Patrick Ruch, responsabile del gruppo di text mining e co-ricercatore principale di SVIP-O. "Infine, un panel clinico composto da esperti degli ospedali partner esaminerà il risultato, per fornire un'interpretazione armonizzata e svizzera". La curazione esperta si basa sulla competenza leader nella letteratura biomedica dei biocuratori Swiss-Prot di Il SIB, che rappresenta un ulteriore fattore di fiducia per i partner clinici di SVIP-O. Il cancro è caratterizzato da diverse mutazioni nel DNA del tumore. Alcune hanno un effetto minimo, limitandosi a preparare il terreno per la successiva, ma a volte anche una singola modifica aminoacidica può alterare la struttura tridimensionale di una proteina. Ciò può quindi alterarne la funzione, come il controllo della divisione cellulare, causando lo sviluppo incontrollato di cellule cancerose.
Pronto a ricevere dati clinici
Nella sua versione 1.0, SVIP-O contiene già oltre 340.000 varianti provenienti da oltre 700 geni, aggregate da risorse internazionali esistenti quali CIViC, OncoKB, ClinVar e COSMIC. Sono stati creati oltre 270 elementi di prova curati da SVIP, e il numero continua a crescere mentre leggete.
Oltre all'interfaccia pubblica, disponibile all'indirizzo svip.ch, l'interfaccia di curazione è pienamente operativa, è stato creato uno spazio sicuro per le transazioni relative ai dati sanitari sensibili e sarà presto disponibile un'interfaccia di revisione reattiva per i partner clinici che convalidano le annotazioni SVIP. In conclusione: SVIP-O è pronto a ricevere contenuti clinici.
Oltre l'oncologia e oltre la Svizzera
Nel prossimo futuro, il progetto SVIP-O intende collaborare non solo con i progetti VICC e BRCA Exchange driver della Global Alliance For Genomics & Health (GA4GH), ma anche con i gruppi ELIXIR che stanno sviluppando la prossima generazione di Beacon API, consentendo uno scambio continuo di annotazioni a livello globale e dandoci così una possibilità di combattere il cancro e altre malattie rare.
Il progetto SVIP-O è co-guidato da tre leader di gruppo del SIB, Valérie Barbié, Daniel Stekhoven e Patrick Ruch, che guidano rispettivamenteil gruppo di Clinical Bioinformatics al SIB, NEXUS Personalized Health Technologies dell'ETH di Zurigo e il gruppo di text mining dell'HES-SO.
SVIP-O si avvale di una rete nazionale di istituzioni mediche impegnate in un obiettivo comune: Società Svizzera di Patologia Molecolare; Società Svizzera di Patologia; Personalized Health Basel; Kantonsspital Baselland; Ospedale Universitario di Berna; Dipartimento di Ricerca Biomedica e Istituto di Medicina dei Tessuti e Patologia, Università di Berna; Ospedale Universitario di Ginevra; Ospedale Universitario di Losanna; Istituto di Patologia di Locarno; Ospedale Cantonale di San Gallo; Ospedale Universitario di Zurigo
