Incontra i vincitori delle precedenti edizioni dei SIB Awards – Julien Roux

Ho ricevuto il premio all'inizio della mia carriera per il mio primo articolo! Sono stato davvero entusiasta e onorato di ricevere il premio e di poter presentare questi risultati alla conferenza [BC]².

In questo articolo abbiamo esaminato la pressione selettiva che agisce sull'evoluzione dei geni dei vertebrati in base al loro momento di espressione durante lo sviluppo. Ci siamo ispirati a studi che avevano osservato che la morfologia degli embrioni di diverse specie di vertebrati si assomiglia maggiormente in un periodo di sviluppo intermedio chiamato periodo "filotipico", intorno allo stadio faringula. Ma nel nostro studio abbiamo scoperto che a livello genomico il massimo grado di conservazione si osserva prima dello stadio filotipico, intorno alla gastrulazione. I geni espressi precocemente sono chiaramente più antichi dal punto di vista evolutivo, hanno tassi di evoluzione della sequenza più bassi, hanno un impatto fenotipico maggiore e si duplicano meno. È intuitivo che siano i più sensibili ai cambiamenti evolutivi, perché lo sviluppo embrionale precoce è cruciale per la sopravvivenza di un animale e per la sua capacità di riprodursi in seguito. Come ha affermato Lewis Wolpert: "Non è la nascita, il matrimonio o la morte, ma la gastrulazione il momento veramente più importante della vita"

Al momento del premio, stavo anche lavorando intensamente alla pipeline di integrazione dei dati per il database Bgee, che ora è una risorsa del SIB. L'integrazione dei dati in Bgee mi ha fornito una risorsa fantastica per la maggior parte dei miei articoli di dottorato. Da allora Bgee si è ampliato notevolmente, ma sono piuttosto orgoglioso che alcune parti della mia pipeline siano ancora utilizzate.

Presso il DBM Bioinformatica Core Facility, forniamo competenze in bioinformatica a molti gruppi DBM, principalmente per quanto riguarda l'analisi di esperimenti genomici ad alta produttività. Le persone si rivolgono a noi con domande e progetti di ricerca provenienti da una vasta gamma di aree di ricerca: immunologia, oncologia, neurobiologia... È molto interessante, perché bisogna imparare qualcosa di nuovo praticamente per ogni progetto. Ciò che mi piace molto di questo lavoro è che siamo coinvolti nei progetti sin dalle prime fasi, prima ancora della generazione dei dati, il che ci dà l'opportunità di discutere la progettazione degli esperimenti e quindi di contribuire a orientare la direzione dei progetti.

Sono troppi per elencarli tutti! Ho iniziato il mio dottorato quando Illumina si chiamava ancora Solexa, quindi vedere l'espansione del sequenziamento ad alta velocità e tutte le sue applicazioni (RNA-seq, ChIP-seq, sequenziamento di singole cellule) è stato ed è tuttora affascinante.
A livello più personale, anche se non posso davvero parlare di "scoperta", trovo sempre molto affascinante quando, dopo aver trascorso un po' di tempo a pre-elaborare un nuovo set di dati, finalmente riesci a visualizzare i tuoi campioni, ad esempio su un grafico PCA, e sei il primo a vedere se un esperimento o un'idea hanno funzionato. Questi momenti di analisi dei dati sono davvero speciali!