Christophe Dessimoz – Vincitore del Premio Il SIB 2012 per giovani biinformatici all'inizio della carriera
Christophe Dessimoz ha ricevuto il premio SIB Early Career Bioinformatician Award per il suo progetto incentrato su «Risolvere la congettura degli ortologhi: gli ortologhi tendono ad essere debolmente, ma significativamente, più simili nei loro funzioni rispetto ai paraloghi. Questo progetto faceva parte del lavoro post-dottorato di Christophe nel team del leader del gruppo Il SIB Gaston Gonnet presso l'ETH di Zurigo ed è stato realizzato in stretta collaborazione con il leader del gruppo Il SIB Marc Robinson-Rechavi presso l'Università di Losanna.
Oggi Christophe è titolare di una cattedra SNSF presso l'Università di Losanna e ha creato un proprio gruppo di ricerca, il Laboratorio di biologia evolutiva computazionale e genomica, per studiare le relazioni evolutive e funzionali tra i geni di molte specie. Il suo gruppo sta inoltre sviluppando OMA, il database di ortologia e la risorsa SIB. Per saperne di più sugli interessi di ricerca di Christophe, visitate la pagina web del gruppo, guardate l'entusiasmante video del laboratorio e seguite @cdessimoz su Twitter.
Informazioni sui premi SIB Bioinformatics Awards e sulla nostra serie di interviste "Incontra i vincitori delle passate edizioni dei premi SIB"
Lanciati nel 2008 come iniziativa volta a premiare i giovani bioinformatici svizzeri, i SIB Bioinformatics Awards hanno fatto molta strada da allora: da un unico premio nazionale sono diventati oggi tre diversi riconoscimenti, che premiano 1) i bioinformatici internazionali all'inizio della carriera (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'eccellenza nella comunità svizzera dei dottorandi (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) e 3) le risorse bioinformatiche innovative (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Nel corso degli anni sono stati assegnati 21 premi, con nove vincitori premiati per la loro eccezionale carriera in fase iniziale, dieci dottorandi per le loro eccellenti pubblicazioni e due risorse bioinformatiche per il loro aspetto innovativo.
Nel 2019, i SIB Bioinformatics Awards saranno assegnati per ladecima volta, offrendo una grande occasione per contattare i vincitori delle edizioni precedenti e chiedere loro a che punto sono ora nella loro carriera: questa intervista fa parte di una serie che vi invita a conoscere i vincitori delle edizioni precedenti dei SIB Bioinformatics Awards.
A che punto della tua carriera ti trovavi quando hai ricevuto il premio Il SIB? Come ti sei sentito? Qual era l'argomento principale della tua ricerca in quel momento?
Quando ho saputo del premio, mi ero appena trasferito dall'ETH di Zurigo all'EMBL-European Bioinformatics Institute per un secondo post-dottorato. Ricordo che era un periodo intenso. Ero un giovane genitore, in un nuovo paese, che cercava di portare a termine diversi articoli che avevo iniziato durante il mio soggiorno a Zurigo e, allo stesso tempo, scoprivo un mondo scientifico completamente nuovo. L'EBI è un luogo incredibile per i bioinformatici: l'intero bellissimo campus è dedicato alla bioinformatica, con molte interazioni, seminari, corsi e visitatori. È un po' come partecipare ogni giorno ai SIB days! Ma tra così tanti modelli di riferimento e colleghi che la pensano allo stesso modo, è anche molto più difficile distinguersi, fare la differenza. Ricevere il SIB Award mi ha dato fiducia.
All'epoca stavamo studiando quella che sarebbe diventata nota come la "congettura ortologa", ovvero l'ipotesi comune secondo cui gli ortologhi (geni che divergono attraverso la speciazione) tendono ad essere funzionalmente più vicini dei paraloghi (geni che divergono attraverso la duplicazione). Il nostro studio ha finito per confermare questa teoria, ma solo dopo aver scoperto e modellato pregiudizi precedentemente sconosciuti nelle annotazioni delle funzioni geniche.
Quali sono i tuoi attuali interessi di ricerca?
Il nostro laboratorio cerca di chiarire le relazioni evolutive e funzionali tra i geni di molte specie. Sviluppiamo metodi e risorse di bioinformatica e li applichiamo in collaborazione con ricercatori sperimentali. Questo ci offre l'opportunità di lavorare su argomenti molto diversi nell'ambito dell'intero albero della vita. Negli ultimi anni abbiamo realizzato progetti sulla biotecnologia delle colture, l'individuazione di focolai batterici, la filogenesi dei vermi piatti, la comparsa dell'ecolocalizzazione nei pipistrelli, la fusione delle membrane negli archei o il furetto come modello per le malattie respiratorie!
Secondo te, qual è la scoperta più interessante che è stata fatta grazie alla bioinformatica?
È difficile pensare a una scoperta biologica che non coinvolga la bioinformatica al giorno d'oggi! Ma se dovessi citarne solo una, penso che sarebbe la ricostruzione e l'annotazione del genoma umano, in cui il ruolo della bioinformatica è stato fondamentale.
C'è ancora molto da fare. Il meglio della bioinformatica deve ancora venire!
Qualche consiglio per la futura generazione di bioinformatici?
C'è ancora molto da fare. Il meglio della bioinformatica deve ancora venire!
