José Aguilar-Rodríguez – Lauréat du prix SIB 2017 du meilleur article de fin d'études en bioinformatique
José Aguilar-Rodríguez a reçu ce prix pour son article « A thousand empirical adaptive landscapes and their navigability »(Mille paysagesadaptatifs empiriques etleur navigabilité), basé sur les travaux qu'il a menés en tant que doctorant dans l'équipe du responsable du groupe SIB Andreas Wagner à l'Université de Zurich.
José Aguilar-Rodríguez est actuellement chercheur postdoctoral au laboratoire de Dmitri Petrov, au département de biologie de l'université de Stanford, et au laboratoire de Daniel Jarosz, au département de biologie chimique et systémique de la faculté de médecine de l'université de Stanford. Il y poursuit ses recherches visant à mieux comprendre comment les génotypes se traduisent en phénotypes, en étudiant comment la fitness ou l'effet phénotypique d'une mutation est influencé par l'environnement et le contexte génétique dans lequel elle se produit. Pour en savoir plus sur les travaux de José, consultez sa page web et suivez-le sur Twitter @jaguilarrod.
À propos des SIB Bioinformatics Awards et de notre série d'entretiens « Rencontre avec les anciens lauréats des SIB Awards »
Lancés en 2008 dans le but de distinguer de jeunes bioinformaticiens en Suisse, les SIB Bioinformatics Awards ont depuis parcouru un long chemin : d'un seul prix national à trois prix différents aujourd'hui, récompensant 1) des bioinformaticiens internationaux en début de carrière (SIB Early Career Bioinformatician Award), 2) l'excellence au sein de la communauté suisse des doctorants (SIB Best Swiss Bioinformatics Graduate Paper Award) et 3) des ressources bioinformatiques innovantes (SIB Bioinformatics Resource Innovation Award). Au fil des ans, 21 prix ont été décernés, récompensant neuf lauréats pour leur début de carrière exceptionnel, dix étudiants diplômés pour leurs excellentes publications et deux ressources bioinformatiques pour leur caractère innovant.
En 2019, les SIB Bioinformatics Awards seront décernés pour la10e fois, ce qui sera l'occasion de retrouver les anciens lauréats et de leur demander où ils en sont dans leur carrière : cette interview fait partie d'une série qui vous invite à rencontrer les anciens lauréats des SIB Bioinformatics Awards.
Quels sont vos domaines de recherche actuels ?
Mes principaux domaines de recherche sont l'évolution des systèmes biologiques et les principes organisationnels fondamentaux de la vie. Plus précisément, mes recherches visent à élucider comment les génotypes se traduisent en phénotypes dans divers systèmes biologiques et à explorer leurs conséquences importantes pour l'évolution, le développement et les maladies. Cet objectif est suffisamment large pour englober bon nombre des phénomènes génétiques et évolutifs qui me fascinent, tels que la robustesse, l'évolutivité, l'épistasie, la pléiotropie, l'hétérogénéité phénotypique, le bruit de l'expression génétique ou la traduction erronée des protéines. Dans mes recherches, j'essaie d'intégrer la perspective mécanistique de la biologie des systèmes dans un cadre évolutif. Comme le type de recherche biologique que j'aime le plus est celui qui allie expérimentation et théorie, j'essaie d'améliorer mes compétences expérimentales pendant mon post-doctorat sans négliger les compétences computationnelles et quantitatives que j'ai acquises pendant mon doctorat à Zurich.
Selon vous, quelle est la découverte la plus fascinante rendue possible par la bioinformatique ?
Les outils informatiques de la bioinformatique, associés aux technologies de séquençage de nouvelle génération, ont révolutionné des domaines tels que la génétique des populations, la génétique quantitative ou l'écologie et l'évolution microbiennes. Les découvertes réalisées dans ces domaines grâce à l'alliance entre la bioinformatique et les technologies à haut débit sont trop nombreuses pour en citer une seule. Cependant, si je devais en choisir une dans l'histoire de la bioinformatique, je choisirais la découverte faite par Zuckerkandl et Pauling au début des années 60, selon laquelle les biomolécules (ADN et protéines) sont des supports d'information qui peuvent être utilisés comme « documents de l'histoire de l'évolution » pour reconstruire la « généalogie » de la vie.
Qu'aimez-vous faire pendant votre temps libre ?
J'adore lire. Ces derniers temps, je suis fasciné par l'Antiquité classique et je lis principalement des ouvrages sur la Grèce antique, mais mes centres d'intérêt sont très variés et vont de la science-fiction à l'histoire des sciences. J'ai soif d'aventure, que j'essaie d'assouvir en voyageant à travers le monde, principalement pour visiter des ruines antiques ou des paysages naturels, et maintenant en profitant de la beauté naturelle de la Californie lors de randonnées ou de séjours en camping. Cet été, j'aimerais trouver le temps d'améliorer mes compétences en voile dans la baie de San Francisco et d'apprendre la plongée sous-marine. J'aime aussi nager et passer du temps avec mes amis.
Je considère la bioinformatique comme un outil très puissant pour permettre des découvertes biologiques en association avec des technologies expérimentales à haut débit
Un message pour la future génération de bioinformaticiens ?
Je considère la bioinformatique comme un outil très puissant qui, associé aux technologies expérimentales à haut débit, permet de faire des découvertes biologiques. Je pense donc qu'il est essentiel d'avoir une compréhension approfondie des systèmes biologiques étudiés et des détails des méthodes expérimentales utilisées pour générer les données à analyser. En ce sens, je pense également qu'il est très important de ne jamais oublier que, malgré de solides connaissances théoriques ou statistiques, un bioinformaticien doit avant tout être un biologiste qui cherche à répondre à des questions sur les systèmes vivants. Nous vivons une époque vraiment fascinante pour les biologistes, qui offre de nombreuses opportunités passionnantes aux jeunes scientifiques !
