Uno strumento per evitare i costi computazionali e di manodopera nell'analisi filogenetica

Read2Tree: Ricostruzione di alberi filogenetici a partire da dati di sequenziamento grezzi

Gli alberi filogenetici sono strumenti importanti per illustrare il grado di parentela tra specie diverse a livello genetico. Possono persino rivelare l'introduzione di specie invasive in un ecosistema, ad esempio. La costruzione di questi alberi comporta in genere vari processi che richiedono molto tempo. In questo in silico talk, David Dylus presenta Read2Tree, uno strumento che ha sviluppato con i suoi colleghi del gruppo SIB guidato da Christophe Dessimoz e Natasha Glover. Read2Tree consente una rapida inferenza degli alberi filogenetici direttamente dai dati di sequenziamento grezzi, per una pipeline più efficiente e un notevole risparmio in termini di costi computazionali e di manodopera. Se siete interessati alla genomica comparativa, alla sorveglianza dei patogeni o a come creare in modo efficiente alberi filogenetici, allora questo intervento è imperdibile!

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Altoparlante
Name:
David Dylus
Institute:
Università di Losanna
Group:

David Dylus è uno scienziato senior della divisione Ricerca farmaceutica e sviluppo iniziale (pRED) della F. Hoffmann-La Roche Ltd. Dopo aver conseguito il dottorato in Biologia dei sistemi presso l'University College London sotto la guida di Paola Oliveri, ha continuato la sua attività di ricerca come borsista post-dottorato al gruppo del SIB di Christophe Dessimoz presso il Dipartimento di Biologia computazionale dell'Università di Losanna, dove ha contribuito a questo lavoro su Read2Tree. David è poi passato all'industria farmaceutica, sfruttando le sue diverse competenze, che spaziano dal lavoro di laboratorio e dall'analisi dei dati allo sviluppo di metodi e strumenti. Il suo lavoro si concentra ora sulla resistenza agli antibiotici e sulle malattie autoimmuni e i suoi attuali interessi di ricerca comprendono l'analisi dei dati omici, lo sviluppo di strumenti e metodi e i grafici di conoscenza. David è particolarmente interessato a migliorare l'identificazione dei target correlati alle malattie, con l'obiettivo finale di avere un impatto positivo significativo sui risultati dei pazienti.

Video
Duration:
13 minutes 32 seconds
Licenza:

Questo video è disponibile sotto licenza Creative Commons CC-BY-4.0

Reference(s)

Dylus et al., Inferenza di alberi filogenetici direttamente da letture di sequenziamento grezze utilizzando Read2Tree. Nature Biotechnology 2023.

DOI:
DOI: 10.1038/s41587-023-01753-4

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