Alan Bridge, co-direttore del gruppoSwiss-Prot di Il SIB, sul futuro della biocurazione

Un curatore (dal latino curare, che significa "prendersi cura") è responsabile dell'assemblaggio, della gestione e della presentazione di un determinato tipo di collezione. Sebbene la curazione sia spesso associata a istituzioni culturali e scientifiche come gallerie o musei, anche i primi scienziati, tra cui Charles Darwin, erano tenuti a svolgere attività di curazione per organizzare e conservare le proprie collezioni di campioni fisici, manoscritti, disegni e appunti... collezioni che sono state successivamente donate ai musei e incorporate in collezioni curate più ampie.
La biocurazione è una reinterpretazione moderna di questo aspetto fondamentale della ricerca biologica e potrebbe essere definita come la curazione di dati e conoscenze biologiche in forme che possono essere gestite dall'analisi computazionale.
La biocurazione potrebbe anche essere considerata una sorta di arte perduta tra i biologi, ma è un aspetto essenziale della gestione dei dati biologici e sarà un pilastro centrale dei piani emergenti di gestione del ciclo di vita dei dati. Quindi potremmo aspettarci una sorta di rinascita della biocurazione man mano che la biologia si evolve ulteriormente dalle sue radici riduzioniste verso una scienza dei sistemi basata sui dati.

La biocurazione mira a facilitare la conservazione e il riutilizzo dei dati, sia da parte degli scienziati che delle macchine, massimizzando così il valore dei dati biologici.
La biocurazione dovrebbe essere parte integrante di qualsiasi progetto di ricerca e piano di gestione dei dati, nonché un'attività che i biologi conoscono bene e che essi stessi svolgono.

Durante il mio periodo presso Swiss-Prot, il gruppo ha subito un'enorme evoluzione. Abbiamo assistito alla nascita di nuove risorse, come Rhea, SwissLipids e ViralZone; nuovi partner, tra cui consorzi come IMEx (The International Molecular Exchange Consortium) e Gene Ontology, riviste (come The EMBO Journal) e numerose aziende; e nuovi modi di lavorare, in cui le competenze di biocurazione costituiscono ora un elemento centrale dei piani di gestione e sfruttamento dei dati (ad esempio attraverso la modellizzazione computazionale) per i progetti di ricerca.
Si può dire che il gruppo Swiss-Prot si è evoluto da un gruppo di sviluppo di risorse a un centro di competenza per la biocurazione e la gestione delle conoscenze.

La curazione da parte di esperti umani rimarrà fondamentale per lo sviluppo di banche dati di alta qualità presso Swiss-Prot, ma è lecito aspettarsi che il lavoro dei curatori sarà supportato in modo più efficace dagli sviluppi in altri campi, come il miglioramento degli algoritmi di apprendimento automatico per il text mining automatizzato delle pubblicazioni, la comparsa di pubblicazioni strutturate compatibili con l'analisi computazionale (come l'iniziativaSourceData dell'EMBO) e forse anche la curazione delle pubblicazioni da parte dei loro autori (anche in questo caso probabilmente assistiti da macchine).
Negli ultimi anni abbiamo anche assistito a una crescente domanda di biocurazione da parte dei ricercatori: la biocurazione è ora un elemento essenziale del piano di gestione dei dati per progetti multidisciplinari complessi come i progettiIMIDIA e RHAPSODY dell'Iniziativa sui medicinali innovativi (IMI) e una base cruciale per la perennizzazione delle conoscenze provenienti da progetti come LipidX (SystemsX.ch). I biocuratori di Swiss-Prot e di altri gruppi al SIB saranno sempre più chiamati a contribuire a guidare e plasmare questo tipo di iniziative.

Insieme, i nostri due gruppi vantano una vasta gamma di competenze e conoscenze specialistiche, non solo nella biocurazione e nella gestione delle conoscenze, ma anche nello sviluppo di software, nel calcolo ad alte prestazioni, nello sviluppo di algoritmi, nella bioinformatica, nella progettazione di interfacce e siti web, nell'analisi dei dati e in molti altri settori.
Questo ci permette di identificare e cogliere le opportunità utilizzando il giusto mix di talenti provenienti da un pool molto ampio e profondo.
Recentemente abbiamo unito i nostri sforzi per lanciare nuove risorse (SwissLipids, con SystemsX.ch e LipidX), sviluppare strumenti migliorati per l'annotazione del genoma ( PROSITE accelerato ), sostenere lo sviluppo di pubblicazioni scientifiche potenziate ( l'iniziativa SourceData dell'EMBO Journal) e sviluppare piani robusti di curazione dei dati e gestione dei dati (IMIDIA, RHAPSODY).