Alan Bridge, codirecteur du groupe Swiss-Prot du SIB, s'exprime sur l'avenir de la biocuration

Un conservateur (du latin curare, qui signifie « prendre soin ») est chargé de rassembler, de gérer et de présenter un certain type de collection. Si la conservation est souvent associée à des institutions culturelles et scientifiques telles que les galeries ou les musées, même les premiers scientifiques, dont Charles Darwin, étaient également tenus d'effectuer un travail de conservation afin d'organiser et de conserver leurs propres collections de spécimens physiques, de manuscrits, de dessins et de notes... collections qui ont ensuite été données à des musées et intégrées à des collections conservées plus importantes.
La biocuration est une réinterprétation moderne de cet aspect fondamental de la recherche biologique. Elle pourrait être définie comme la conservation des données et des connaissances biologiques sous des formes pouvant être traitées par analyse informatique.
La biocuration peut également être considérée comme un art perdu parmi les biologistes, mais elle constitue un aspect essentiel de la gestion des données biologiques et sera un pilier central des nouveaux plans de gestion du cycle de vie des données. Nous pouvons donc nous attendre à une sorte de renaissance de la biocuration à mesure que la biologie évolue, passant de ses racines réductionnistes à une science des systèmes fondée sur les données.

La biocuration vise à faciliter la conservation et la réutilisation des données, tant par les scientifiques que par les machines, afin de maximiser la valeur des données biologiques.
La biocuration devrait faire partie intégrante de tout projet de recherche et de tout plan de gestion des données, et constituer une activité familière aux biologistes, voire une activité qu'ils exercent eux-mêmes.

Au cours de mon passage chez Swiss-Prot, le groupe a énormément évolué. Nous avons vu apparaître de nouvelles ressources, telles que Rhea, SwissLipids et ViralZone, de nouveaux partenaires, notamment des consortiums comme IMEx (The International Molecular Exchange Consortium) et Gene Ontology, des revues (telles que The EMBO Journal) et un certain nombre d'entreprises, ainsi que de nouvelles méthodes de travail, où l'expertise en biocuration constitue désormais un élément central des plans de gestion et d'exploitation des données (par exemple, grâce à la modélisation informatique) pour les projets de recherche.
On peut dire que le groupe Swiss-Prot est passé d'un groupe de développement de ressources à un centre de compétences en biocuration et en gestion des connaissances.

La biocuration par des experts humains restera au cœur du développement de bases de connaissances de haute qualité chez Swiss-Prot, mais nous pouvons nous attendre à ce que le travail des curateurs soit soutenu plus efficacement par des développements dans d'autres domaines, tels que l'amélioration des algorithmes d'apprentissage automatique pour l'exploration automatisée de publications, l'émergence de publications structurées compatibles avec l'analyse computationnelle (comme l'initiativeSourceData de l'EMBO) et peut-être même la curation des publications par leurs auteurs (là encore probablement assistés par des machines).
Ces dernières années, nous avons également constaté une demande croissante en matière de biocuration de la part des chercheurs. La biocuration est désormais un élément essentiel du plan de gestion des données pour des projets multidisciplinaires complexes tels que les projetsIMIDIA et RHAPSODY de l'Initiative en matière de médicaments innovants (IMI), et une base cruciale pour la pérennisation des connaissances issues de projets tels que LipidX (SystemsX.ch). Les biocurateurs de Swiss-Prot – et d'autres groupes SIB – seront de plus en plus sollicités pour aider à diriger et à façonner ce type d'efforts.

Ensemble, nos deux groupes disposent d'un très large éventail de compétences et d'expertises, non seulement dans le domaine de la biocuration et de la gestion des connaissances, mais aussi dans le développement de logiciels, le calcul haute performance, le développement d'algorithmes, la bioinformatique, la conception de sites web et d'interfaces, l'analyse de données et bien d'autres domaines.
Cela nous permet d'identifier les opportunités et d'y répondre en combinant les talents d'un vivier très large et très riche.
Nous avons récemment uni nos efforts pour lancer de nouvelles ressources (SwissLipids, avec SystemsX.ch et LipidX), développer des outils améliorés pour l'annotation du génome ( PROSITE accéléré ), soutenir le développement de publications scientifiques améliorées ( l'initiative SourceData de The EMBO Journal) et élaborer des plans robustes de curation et de gestion des données (IMIDIA, RHAPSODY).