scverse, un ensemble d'outils fondamentaux pour l'analyse des données omiques unicellulaires, a reçu le SIB Bioinformatics Innovative Resource Award 2025. Le jury a été particulièrement impressionné par l'accent mis par scverse sur l'interopérabilité, la facilité d'utilisation et la gestion communautaire, ainsi que par sa gouvernance solide et l'importance accordée aux principes de la science ouverte.Ilan Gold, ingénieur en logiciels de recherche, qui a accepté le prix au nom de l'équipe de développement du laboratoire Theis, s'est entretenu avec nous après la cérémonie pour nous parler de l'importance de cette distinction.
Comment pensez-vous que ce prix vous aidera dans votre travail à l'avenir ?
De nombreuses compétences différentes ont été nécessaires pour faire de scverse une ressource performante. Obtenir une reconnaissance et une validation externe pour cela, ainsi que pour tout le travail accompli, est très gratifiant. Cette reconnaissance aura une utilité pratique. Notre plus grand défi en tant que consortium est de faire circuler les informations sur scverse. Ce prix nous offre la possibilité d'attirer davantage de chercheurs à nos conférences, d'ouvrir des stages et d'embaucher des étudiants. Peut-être qu'un étudiant aura une idée géniale qui se transformera en subvention, puis en contrat de deux ans pour un développeur.
Un message pour les futures générations de bioinformaticiens ?
En tant qu'ingénieurs logiciels, il est important de ne pas voir trop grand et d'apprécier les progrès progressifs. Il n'y a rien de mal à publier un package qui ne fait qu'un nombre limité de choses. Si le package fonctionne bien et que les entrées, les sorties, les types et les emplacements sont très clairs, les gens apprécieront vraiment sa simplicité et sa clarté.
On le voit souvent dans JavaScript. Il existe de nombreux petits paquets qui font bien de petites choses. Ce sont eux qui finissent par être les plus téléchargés. Ce n'est pas seulement parce qu'ils sont simples, mais aussi parce que ce qu'ils font est très clairement défini.
De plus, j'encourage les bioinformaticiens à se sentir libres et à n'hésiter pas à parler aux personnes qui gèrent les logiciels, car nous voulons vraiment connaître leur avis. Si vous avez un besoin, une envie, une fonctionnalité qui manque à scverse, n'hésitez pas à nous contacter. Nous voulons ce genre de commentaires.
Sur quoi travaillez-vous ces jours-ci ?
Ma priorité actuelle est de combler le fossé entre les entrées et les sorties. Je m'efforce de réduire le temps passé à lire les fichiers en mémoire ou à les écrire sur le disque.
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