Voici la description sommaire de cette nouvelle infrastructure de recherche, soumise à la Feuille de route 2023 pour les infrastructures de recherche du SERI.
La Suisse est à la pointe de la révolution des données dans le domaine des sciences de la vie. Pour soutenir cette transformation, les universités et instituts de recherche suisses ont massivement investi dans des plateformes locales de génération et de traitement des données et ont adopté les principes de l'ouverture des données de recherche. Cependant, le partage et la réutilisation efficaces des données nécessitent des normes de qualité et opérationnelles communément adoptées ainsi qu'une collaboration étroite entre les experts du domaine et les scientifiques des données.
SwissBioData ecosystem (SBDe) est une infrastructure décentralisée qui relève ces défis et renforce la capacité de la Suisse à convertir les données de recherche en connaissances et en innovation, avec pour objectifs (a) d'améliorer la qualité, la standardisation et l'efficacité tout au long de la chaîne de valeur des données - de la production des données à la génération de connaissances - grâce à la fédération des plateformes ; (b) de fournir un soutien de pointe à la communauté scientifique suisse afin de rendre ses données, ses méthodes, ses outils logiciels et les flux de travail FAIR (faciles à trouver, accessibles, interopérables et réutilisables) ; et (c) en créant de nouvelles ressources qui renforceront la compétitivité internationale et la position de la Suisse dans le domaine des infrastructures de données pour les sciences de la vie. Grâce à une meilleure coordination au sein de l'écosystème national et international de la science des données, SBDe s'efforce d'éviter les doubles emplois et d'utiliser plutôt les infrastructures et les initiatives existantes.
SBDe : une vision développée par 54 plateformes, installations centrales et groupes de recherche issus de 18 institutions suisses (au 31 janvier 2023)
SBDe s'articule autour de quatre piliers principaux :
- Production: SBDe harmonisera les meilleures pratiques en matière d'acquisition de données, de mise en œuvre de stratégies de contrôle de la qualité, d'analyse et de mise à jour constante du format des données et du paysage des métadonnées sur 48 plateformes, installations centrales et groupes de recherche dans 17 institutions suisses.
- Analyse: SBDe soutient le traitement, l'analyse et la modélisation prédictive des données FAIR en aidant les chercheurs à créer, adapter et déployer des outils logiciels et des flux de travail sur une infrastructure informatique distribuée, en fournissant un soutien expert à plusieurs niveaux pour aider les chercheurs dans toutes les étapes du traitement et de l'analyse des données, en favorisant la réutilisation des composants logiciels grâce à la maintenance, la documentation et la formation, et en soutenant la normalisation, le déploiement et le partage de modèles d'apprentissage automatique formés.
- Intégration: les experts SBDe aident les chercheurs suisses à structurer, décrire et partager les données de manière à maximiser les perspectives FAIR, et à automatiser les procédures de requête et d'intégration des données. Le SwissBioData Knowledge Graph (SBD-KG) est une nouvelle ressource pour les communautés suisses et mondiales qui relie des ensembles de données connexes actuellement dispersés dans différents référentiels et comprend à la fois des métadonnées et des ontologies afin d'établir une interopérabilité sémantique et de permettre l'identification et la combinaison d'ensembles de données complexes.
- Services cloud: les services et ressources SBDe s'appuient sur une couche technologique interopérable. Grâce aux technologies de virtualisation, SBDe prend en charge le traitement fédéré des données, combinant l'infrastructure locale avec les ressources informatiques disponibles sur des clouds externes. Chaque chercheur a accès à un espace FAIR comprenant des données, des workflows, des méthodes, des outils logiciels et des modèles d'apprentissage automatique.
Dans tous les piliers, les ressources et les services SBDe sont soutenus par un riche programme de formation destiné aux installations centrales et aux utilisateurs finaux, ainsi que par des projets moteurs avec appels ouverts visant à renforcer les aspects acquisition, modélisation, diffusion et/ou analyse des données des projets existants, renforçant ainsi également le lien entre SBDe et la communauté scientifique suisse.
Les incitations au partage des données au sein de l'infrastructure, essentielles à la réussite du projet, s'appuieront sur l'expérience nationale et internationale en matière de mesure de l'impact des bases de données et comprendront des mécanismes d'attribution appropriés en cas de réutilisation des ensembles de données et la fourniture de statistiques d'utilisation.
Le SIB Institut Suisse de Bioinformatique coordonnera SBDe, en s’appuyant sur des décennies d’expertise dans le développement de bases de données et de ressources bioinformatiques largement utilisées, en particulier des outils et des flux de travail de pointe pour la biologie, dans la modélisation et la diffusion décentralisées des données, et dans la formation. La contribution du SIB s’appuie également sur l’expérience récente acquise dans le développement de l’infrastructure BioMedIT/SPHN pour les données biomédicales à l’échelle suisse, tant au niveau technique qu’organisationnel.
En fédérant les plateformes de production de données, les réservoirs de données et les ressources informatiques, SBDe crée des synergies qui propulseront les sciences de la vie suisses à un niveau supérieur, entraînant dans leur sillage les bioindustries suisses, y compris le secteur pharmaceutique. Au niveau international, SBDe encourage les collaborations et les synergies et agit comme une « loupe » pour mettre en valeur les contributions suisses et en favoriser de nouvelles en rehaussant le statut de ses partenaires et utilisateurs.